조심-2025-서-2150 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)는 1947.6.28. “F 주식회사”라는 상호로 설립되어 건설사업, 석유화학사업 등을 영위하다가, 2021.1.4. 상호를 “A 주식회사”로 변경하고 A그룹(구 G)의 지주회사로 전환하면서, 건설사업부분을 청구법인 D 주식회사(이하 “D”, A과 합하여 “청구법인”이라 한다)로 하는 인적분할 등을 하였다.

나. 청구법인은 아래 <표1> 기재와 같이 2014∼2024년 H 등 발주처로부터 OOO 건설공사(이하 각각 OOO라 하고, 이들 공사를 합하여 “쟁점공사1”이라 한다) 및 OOO건설공사(이하 “쟁점공사2”, 쟁점공사1과 합하여 ”쟁점공사“”라 한다)를 각 도급받고, E 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 구조물공사 등 도급받은 공사의 일부를 하도급하면서 2019년 아래의 거래를 하고 관련한 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

<표1> 쟁점공사 내역

○○○

(1) A은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 아래 <표2> 기재와 같이 쟁점공사1의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원(이중 OOO원을 “쟁점금액1”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서1”, 관련한 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 수취하였다.

<표2> 쟁점세금계산서1 내역

○○○

(2) A은 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 쟁점공사2의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액2”, 쟁점금액1과 합하여 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서2”, 쟁점세금계산서1과 합하여 “쟁점세금계산서”, 관련한 거래를 “쟁점거래2”, 쟁점거래1과 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다.

다. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2024.9.25.∼2025.2.11. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2019.5.2. 쟁점법인이 A에게 <별지1> 기재와 같이 그동안 청구법인에게 지급받지 못한 공사수주지원금, 미수령 공사대금, 공상처리비 등 합계 OOO원의 지급을 요청하는 내용의 정산요청서[이하 “쟁점정산요청(서)”라 한다]를 송부하였고, 조사청은 쟁점세금계산서1의 공급가액 중 아래 <표3> 기재와 같이 쟁점금액1 및 쟁점세금계산서2의 공급가액 전부인 쟁점금액2가 쟁점공사와 무관하게 쟁점정산요청에 따라 쟁점법인에게 지급된 것으로 보아 다른 세무조사결과와 합하여 과세자료를 통보하자, 처분청은 <별지2> 기재와 같이 ①쟁점세금계산서의 공급가액 중 쟁점금액만큼 과다기재된 것으로 보아 2025.1.21. A에게 2019년 제1기‧제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지하고, ②쟁점금액만큼 공사원가를 과다하게 손금산입한 것으로 보아 그 상당액만큼 손금불산입하면서(2019사업연도), 이에 따라 변경된 공사진행률로 익금과 손금을 재산정하여(2020∼2022사업연도) 2025.3.10. A에게 2019∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하면서 쟁점금액만큼 그 지급 당시 A의 대표이사였던 B(쟁점금액1) 및 C(쟁점금액2)의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 2025.3.12. D에게 다른 세무조사결과와 합하여 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.

<표3> 쟁점세금계산서1 내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.18. 심판청구를 제기하였다.