조심-2025-서-2001 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1981.6.24. 설립되어 운동용품 제조 및 주택 임대업 등을 영위하는 법인으로 2017.9.8. 서울특별시 강서구 OOO(지하1층〜지상7층, 근린생활시설 및 다세대주택)을 신축하여 2～3층은 본사 사무실로 직접 사용하고, 4～6층(다세대주택 6채, 401호․402호․501호․502호․601호․602호, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)에 대해서는 임대사업에 사용하고 있다.

나. 청구법인은 쟁점임대주택에 대하여 2017.8.31. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조 등에 따라 서울특별시 강서구청장에게 의무임대기간이 4년인 임대사업자[단기임대, 다세대주택(건설)]로 신청‧등록을 하였고, 2018.9.28. 「종합부동산세법」 제8조 및 같은 법 시행령 제3조에 따라 처분청에 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였다.

다. 2020.8.18. 민간임대주택법이 개정(법률 제17482호)되어 단기민간임대주택과 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형이 폐지됨에 따라 서울특별시 강서구청장은 청구법인의 쟁점임대주택(6채)에 관한 임대사업자등록을 2021.9.24.〜2022.1.25. 기간 동안 순차적으로 자동말소하였는데, 이후 청구법인은 2022년〜2023년 기간 동안에는 임대사업자 (재)등록을 하지 않았다가, 2024.9.30. 쟁점임대주택에 대하여 장기일반민간임대주택(10년)으로 임대사업자 등록을 하였다.

라. 처분청은 2024년 11월경 민간임대주택법 개정에 따른 등록말소 임대주택의 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검을 한 결과, 쟁점임대주택이 2022년〜2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 쟁점임대주택을 종합부동산세 주택분 과세대상 물건에 포함하고 「종합부동산세법」 제9조 제2항 에 따른 세율(2022년 귀속분 6%, 2023년 귀속분 5%)을 적용하여, 2025.1.8. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.26. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점임대주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

② 청구법인이 종합부동산세 일반 누진세율 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 개정된 것)

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

제9조(세율 및 세액) ② 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체( 「공공주택특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 등 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)인 경우 제1항에도 불구하고 과세표준에 다음 각 호에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 주택분 종합부동산세액으로 한다.

1. 2주택 이하를 소유한 경우(조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다) : 1천분의 30

2. 3주택 이상을 소유하거나, 조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우 : 1천분의 60

(2) 종합부동산세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 개정된 것)

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항 에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 "임대료등"이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

4. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택

7. 건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다.

제4조의3(일반 누진세율이 적용되는 법인 등) ① 법 제9조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우"란 납세의무자가 다음 각 호의 법인 또는 법인으로 보는 단체인 경우를 말한다.

1. 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자

2. 「상속세 및 증여세법」 제16조 제1항 에 따른 공익법인등

3. 「주택법」 제2조 제11호 의 주택조합

4. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조 부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

5. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 의 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자로서 해당 민간건설임대주택과 다음 각 목에서 정하는 주택만을 보유한 경우

가. 법 제6조 제1항에 따라 재산세 비과세 규정을 준용하는 주택 및 「지방세법」 제109조 에 따라 재산세 비과세 대상인 주택

나. 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택

다. 제4조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

5. “장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18>

7. “임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <개정 2020.8.18.>

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다. <개정 2020.8.18>

부칙 ＜법률 제17482호, 2020.8.18.＞

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 종합부동산세 결정결의서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 이 건 종합부동산세 과세물건(쟁점임대주택) 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점임대주택 현황

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(나) 청구법인의 쟁점임대주택에 대한 임대사업자 등록, 자동말소 및 재등록 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점임대주택의 임대사업자등록 및 자동말소 이력

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(다) 청구법인이 제출한 쟁점임대주택의 임대차 계약현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점임대주택 임대차 계약현황 (2021⁓2023년)

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(1) 「종합부동산세법 시행령」 제3조 에서 종합부동산세 합산배제 임대주택은 ‘ 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택’으로 규정하고 있는데, 2020.8.18. 민간임대주택법(법률 제17482호)의 개정으로 단기민간임대주택과 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하는 한편, 민간임대주택의 임대의무기간을 종전 8년 이상에서 10년 이상으로 연장하였다.

(2) 위 법령 개정으로 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는데, 청구법인의 쟁점임대주택(6채)에 대한 임대사업자 등록은 2021.9.24.⁓2022.1.25. 기간에 말소되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임대주택에 대한 이 건 종합부동산세 등 부과처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항을 보면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 「법인세법」 제111조 등에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는데, 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다고 할 것인 점, 청구법인은 2017.8.31. 서울특별시 강서구청장에게 쟁점임대주택을 민간임대주택법 제5조 등에 따라 의무임대기간이 4년인 임대사업자[단기임대, 다세대주택(건설)]로 신청‧등록을 하였으나, 동 임대사업자 등록은 2021.9.24.⁓2022.1.25. 기간에 말소된 것으로 나타나는 점, 민간임대주택법 및 「종합부동산세법」의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임대주택에 대하여 종합부동산세가 부과된다고 하더라도 그 세율 적