조심-2025-서-1599 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 a(이하 “도급인”이라 한다) 및 유한회사 b 대표이사인 c은 충청남도 OOO일대에 태양광 발전시설을 건설하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하여 2021년 10월경 충청남도 태안군수로부터 개발행위 허가를 받았다.

나. 청구법인은 석유화학 소재 제조업 및 신재생에너지 솔루션 사업을 영위하는 법인으로, 2022.3.21. d 주식회사와 공동으로 도급인으로부터 쟁점사업의 태양광발전단지를 구축하는 EPC(설계·조달·시공) 사업을 수급하여 OOO구축사업 공사도급계약(이하 “EPC계약”이라 한다)을 체결하고, 2022.5.17. 도급인과 OOO원 상당의 주민상생시설 조성공사 도급계약(이하 “쟁점계약1”이라 한다)을 체결하여 이 두 계약을 통해 도급인에게 민원 응대, 컨설팅, 주민상생시설 조성 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하기로 하였으며, 2022.6.14. 쟁점용역을 주식회사 e(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 위탁하는 용역대금 OOO원 상당의 민원 대응 위탁 및 인허가 컨설팅계약과 용역대금 OOO원 상당의 민원 대응 위탁 계약을 체결(이하 두 계약을 통칭하여 “쟁점계약2”라 한다)하였다.

다. 처분청은 2024.5.14. 서울북부지방검찰청(이하 “서울북부지검”이라 한다)이 c의 업무상 횡령 혐의에 대하여 수사 중 도급인, 청구법인, 쟁점법인의 허위세금계산서 교부 등 혐의에 대하여 고발을 의뢰하자, 2024.10.23.～2025.1.15. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 청구법인이 도급인에게 발급한 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서 및 쟁점법인으로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 매출·매입세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실제 용역의 제공 없이 발급·수취한 세금계산서라고 보아 2024.12.12. 2022년 제1기 귀속 부가가치세 가산세 OOO원 및 2022년 제2기 귀속 부가가치세 OOO원(합계 OOO원)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 민원업무 용역을 제공하기로 계약을 체결하고 용역 수행을 제3자에게 위탁한 거래에 대하여 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발급·수취한 것으로 보아 부가가치세(가산세)를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 한 이 건 부과처분 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 도급인에게 EPC계약과 쟁점계약1에 따라 쟁점용역을 공급하고 각각 두 차례에 나누어 용역대가 합계 OOO원을 받아 매출세금계산서를 발급하였고, 쟁점법인에게 쟁점계약2에 따라 쟁점용역을 위탁하고 각각 두 차례에 나누어 용역대가 합계 OOO원을 지급하여 매입세금계산서를 수취하였다.

<표2> 세금계산서 발급·수취 내역

(단위 : 원)

(나) 처분청은 쟁점세금계산서가 용역의 실물거래 없이 발급·수취된 것으로 보아 매출·매입을 모두 부인하였으며, 2022년 제1기 세금계산서 수수 금액 OOO원 및 2022년 제2기 세금계산서 수수 금액 OOO원에 대하여 가산세율 3%를 적용하고, 2022년 제1기 세금계산서 수수 금액 OOO원에 대하여 가산세율 2%를 적용하여 아래 <표3>과 같이 부가가치세(가산세) 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

<표3> 부가가치세 경정·고지 내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인이 도급인 및 쟁점법인과 체결한 계약과 관련된 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인과 도급인이 아래 <그림2>와 같이 2022.3.21. 체결한 EPC계약에 따르면, 청구법인은 EPC공사의 대가로 OOO원을 지급받고 준공이 지체될 경우 공사금액의 30%를 초과하지 않는 범위 내에서 지체일수당 공사금액의 0.2%를 도급인에게 지체상금으로 지급하며, 민원은 청구법인의 책임과 비용으로 처리하고 도급인이 청구법인에게 공사금액과는 별개로 OOO원의 범위 내에서 지급하기로 약정하였다.

(<그림> 삽입을 위한 여백)

<그림2> 청구법인과 도급인이 2022.3.21. 체결한 EPC계약(일부 발췌)

(나) 청구법인과 도급인이 아래 <그림3>과 같이 2022.5.17. 체결한 쟁점계약1에 따르면, 청구법인은 도급인을 위하여 EPC 사업과 연계된 주민상생시설 조성공사에 따라 발생하는 인근 지역주민 민원을 처리해주고 도급인은 그 비용을 OOO원의 범위 내에서 청구법인에게 지급하기로 약정하였다.

<그림3> 청구법인과 도급인이 2022.5.17. 체결한 쟁점계약1(일부발췌)

(다) 청구법인과 쟁점법인이 아래 <그림4>와 같이 2022.6.14. 체결한 쟁점계약2에 따르면, 청구법인은 EPC계약 제20조에 따른 민원 업무를 쟁점법인에게 위탁하면서 두 차례에 나누어 용역대금 OOO원을 지급하기로 약정하였고, 쟁점계약1 제3조에 따른 주민상생시설 조성공사 관련 민원 업무를 쟁점법인에게 위탁하면서 두 차례에 나누어 용역대금 OOO원을 지급하기로 약정하였다.

<그림4> 청구법인과 쟁점법인이 2022.6.14. 체결한 쟁점계약2(일부)

(3) 청구법인은 EPC 사업 과정에서 민원 처리 등 쟁점용역이 필수적으로 수반됨을 설명하며 다음 <그림5>와 같이 개발행위 허가서를 제출하였다.

<그림5> 개발행위허가서상 허가조건(일부 발췌)

(4) 청구법인은 쟁점용역을 통해 도급인이 민원발생 위험을 청구법인 등에게 이전할 필요성을 설명하며 다음 <그림6>과 같이 도급인의 재무제표를 제출하였으며, 전환사채 등을 제외한 채무액은 2023년 말 기준 약 OOO원이며, 2024년 말 기준 OOO원이다.

(<그림> 삽입을 위한 여백)

<그림6> 도급인의 재무제표(2023년～2024년) 일부

(5) 청구법인은 쟁점용역이 실제로 수행되었음을 주장하며 쟁점용역에 따른 주민동의서(상생협약서)를 대전지방검찰청 소속 공증인 l의 공증을 받아 제출하였으며, 아래 <그림7>과 같이 주민 동의를 받는 과정에서의 합의 변경내역을 제출하였으며, <그림8～16>과 같이 주민 면담 내용 회의록 및 공사중지 공문 등을 제출하였다.

<그림7> 쟁점용역에 따른 주민동의서 변경과정

<그림8> 2022.7.1. OOO주민 면담내역

<그림9> 2022.7.21. 태안군수 민원사항 조치 요청 공문

<그림10> 2022.7.29. 태안군수 공사중지 통보 공문

<그림11> 2022.8.7. 태안군수 주재 민원관련 대책회의 내역

<그림12> 2022.8.8. 태안군수 공사중지 해제 통보

<그림13> 2022.8.28. 민원최소화 관련 공정회의 개요

<그림14> 2022.8.29. 태안군수 공사중지 통보 공문

<그림15> 2022.8.29. 민원최소화 공청회의 후 조치사항

<그림16> 2022.9.22. 태안군수 공사중지 해제 통보 공문

(6) 청구법인은 조세회피 의도가 없음을 주장하며 아래 <그림17>과 같이 쟁점용역 대금 OOO원의 회계처리 및 세무조정 내역을 제출하였으며, 이에 따르면 청구법인이 도급인으로부터 지급받은 금액은 익금 산입하였으나 쟁점법인에게 지급한 금액은 손금에 산입하지 않았고, 비지정기부금으로 처리하여 기타사외유출 처분하였다.

<그림17> 청구법인의 회계처리 및 세무조정 내역

(7) 청구법인은 처분청이 일부 진술만을 근거로 채택하여 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하였으며 그 근거로 다음 <그림18>과 같이 청구법인 직원 i의 피의자신문조서를 제시하였다.

<그림18> 청구법인 직원 i 2024.3.27. 피의자신문조서

(8) 처분청이 청구법인에게 쟁점법인의 공급이 없었다고 하며 제시한 직원 진술 내역 및 이메일 내역은 다음 <그림19～24>과 같다.

<그림19> 2024.6.18. 도급인의 대표이사 f 심문조서

<그림20> 2024.4.11. 쟁점법인 대표이사 j 피의자신문조서

<그림21> 2024.3.22. 유한회사 b 직원 h 피의자신문조서

<그림22> 2024.3.25. 유한회사 b 직원 g 피의자신문조서

<그림23> 유한회사 b 직원 g 2022.2.8. 이메일

<그림24> 2024.3.27. 청구법인 직원 i 피의자신문조서

(9) 서울북부지검은 2024.5.14. 처분청에 아래 <그림25>와 같이 고발 의뢰 요청을 하였으며, 처분청은 2025.1.10. 청구법인을 사실과 다른 세금계산서 교부 등 혐의로 서울북부지검에 고발하였으나, 서울북부지검은 2025.8.8. 청구법인 및 처분청에게 피의자 k, i, 청구법인에 대한 사실과 다른 세금계산서 수수 혐의에 관한 불기소결정서를 통지하였으며, 그 불기소이유는 아래 <그림26>과 같다.

<그림25> 수사협조 의뢰(추가 고발 의뢰 요청) 공문

<그림26> 2025.8.8. 서울북부지검 불기소결정서

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 검찰의 사실과 다른 세금계산서 수수 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)을 사유로 불기소 처분을 하였고 관련 증빙을 제시하면서 쟁점세금계산서가 실제 용역거래가 있는 세금계산서라고 주장하나,

검찰의 수사는 형사범죄의 요건 성립 여부를 가리는 절차이므로 그 결과 불기소처분된 사실이 있다고 하여 이를 곧바로 조세법에 근거한 과세요건의 성립에 대한 반증으로 삼기는 어려운 점(조심 2020전2080, 2020.9.24., 같은 뜻임), 처분청이 제시한 자료에 따르면, 쟁점용역의 실제 수행자인 쟁점법인 대표이사 j은 도급인의 대표이사 c의 지시에 따라 용역대금 마련을 위해 청구법인을 쟁점법인과 도급인 간 거래관계에 끼워넣기한 것이라고 진술하고 있는 점, 피의자신문조서 등에 의하면 쟁점계약1과 쟁점계약2는 민원처리 비용 명목 또는 형식적 쪼개기 계약 체결로서 청구법인을 끼워넣어 순차적으로 도급계약을 체결한 것으로 보이는 점, 도급인이 청구법인과 EPC계약을 체결하기 전까지는 쟁점법인으로부터 쟁점용역을 제공받은 점 등으로 볼 때, 시행사인 도급인은 직접 쟁점용역을 쟁점법인으로부터 제공받을 수 있음에도 불구하고 청구법인에 위탁하여 청구법인이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점법인에게 지급한 매입세금계산서상 금액을 비지정기부금으로 손금불산입하고 기타사외유출로 처분한 것으로 나타나는 점, 2025.10.23. 및 2025.12.11. 두 차례 개최한 조세심판관회의에서 청구법인은 실제 용역의 거래 내용을 상당 부분 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점법인이 실제 도급인에게 제공했던 용역 거래 존재 유무는 별론으로 하더라도 청구법인이 도급인에게 발급하고 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 실제 용역의 거래가 있는 세금계산서로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세(가산세)를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

(2) 부가가치세법 시행령

제3조(용역의 범위) ① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(역무)와 그 밖의 행위로 한다.

1. 건설업

2. 숙박 및 음식점업

3. 운수 및 창고업

4. 정보통신업(출판업과 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업은 제외한다)

5. 금융 및 보험업

6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조 에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업

8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정

9. 교육 서비스업

10. 보건업 및 사회복지 서비스업

11. 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업

12. 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업과 제조업 중 산업용 기계 및 장비 수리업

13. 가구내 고용활동 및 달리 분류되지 않은 자가소비 생산활동

14. 국제 및 외국기관의 사업

② 제1항 제1호 및 제6호에도 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령으로 정하는 사업은 재화(재화)를 공급하는 사업으로 본다.

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분