조심-2025-서-1363 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO를 개교하여 운영하고 있는 공익법인으로 1993.3.11. 학교법인으로 설립되었으며, 고유업무에 직접 사용하기 위하여 2023.10.26. 주식회사 a(이하 “종전 소유자”라 한다)이 주유소 부지로 사용하였던 OO 시 OO 구 OOO토지 1,261㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다.

나. 처분청은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2024.6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 쟁점토지가 종전의 지상 건축물(이하 “쟁점건물”이라 한다)이 사실상 철거·멸실된 날부터 6개월이 경과하여 「지방세법 시행령」 제103조의2 제1호 에 따른 ‘건축물이 사실상 철거·멸실된 날부터 6개월이 지나지 않은 건축물의 부속토지’로서 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 각 목의 별도합산과세대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 2024.11.27. 청구법인에게 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.24. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 지상의 쟁점건물이 철거·멸실된 날부터 6개월이 지난 것으로 보아 쟁점토지를 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993.3.16. OO 시 OO 구 OO 동에 설립되어 O OO 도 OO 시 OOO에 소재한 「고등교육법」에 따른 학교 등을 경영하는 학교법인이다.

(2) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 지목은 주유소용지로, 청구법인은 2023.10.26. 종전 소유자로부터 OOO원에 쟁점토지를 취득하였다.

(3) 처분청은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지를 나대지로 보아 종합합산과세대상으로 구분하여 2024.11.27. 청구법인에게 종합부동산세를 부과하였다.

(4) 종전 소유자가 2022.12.9. 쟁점토지의 종전의 지상 건축물을 철거한 내용은 다음과 같다.

(가) 종전 소유자는 쟁점토지를 주유소 부지로 사용하다가 2022.10.5. 건축물 해체 허가를 받았고, 2022.12.6. 건축물 해체공사 완료 신고를 하였으며, 2022.12.9. OO 시 OO 구청장(건축과)으로부터 건축물( OO 주유소 근생동 및 영업동) 해체공사 완료 처리( OO 구청 건축과-41416, 2022.12.9.)를 받았고, 같은 날 건축물대장은 말소 처리되었다.

(나) 건축물 해체공사는 2022.10.31.~2022.11.18. 기간 동안 근린생활시설 1동, 영업동 1동(자동차 관련 시설, 위험물 저장 및 처리시설)에 대하여 ① 주유동 전면부 캐노피 철거, ② 주유동 철거, ③ 본관동 철거, ④ 유류탱크 및 기초철거, ⑤ 부지 정리 및 되메우기 순서로 이루어졌고, 잔여 폐기물 없이 반출 처리완료한 것으로 나타난다.

(다) 아래 <표1>의 건축물 해체공사 완료신고서(2022.12.6.)를 보면, 건축물 해체 사유는 노후 건축물 해체이고, 해체 건축물 현황은 주건축물 2동(연면적 합계 1,090.66㎡)이다.

<표1> 건축물 해체공사 완료신고서(2022.12.6.) 주요내용

(라) 아래 <표2>의 건축물 해체감리 완료 보고서(2022.11.30.)에는 쟁점토지 지상의 근린생활시설동 1동, 영업동 1동 철거와 관련하여 해체공사계획서를 기준으로 작업을 안전하게 완료하였고, 지하층은 ‘본 공사 시 해체’한다고 기재되어 있다.

<표2> 건축물 해체감리완료 보고서(2022.11.30.) 주요내용

(마) 쟁점토지의 건축물에 대한 건축물대장(말소) 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 건축물대장(말소) 주요내용

(바) OO 시 OO 구청장은 2023.5.19. 쟁점토지에 현지출장하여, 건축물이 멸실된 상태로 사실상 지하 공간을 활용할 수 없는 상태임을 확인하였고, 지하층 건축물 포함 건축물대장이 철거‧멸실을 사유로 말소된바,

종전 소유자에게 2023년도 재산세를 부과하면서 건축물분은 과세하지 아니하고, 토지분에 대해서 「지방세법 시행령」 제103조의2 제1호 에 따라 건축물이 사실상 철거‧멸실된 날부터 6개월이 지나지 않은 건축물의 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 구분하였다.

(5) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2023.10.26. 종전 소유자로부터 쟁점토지(주유소 용지 1,261㎡)를 취득하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율(4%)을 적용하여 취득세 OOO원을 산출한 후, 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 에 따른 ‘학교 및 외국교육기관에 대한 취득세 등 면제’를 신청하여 취득세를 전액 감면받았다.

(나) 부동산 매매계약서(2023.10.26.)에는 청구법인이 2023.10.26. 종전 소유자로부터 쟁점토지를 OOO원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하면서 그 매매대금을 같은 날 일시에 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

그 특약사항 제7조 제4항에는 갑(매도인)은 계약 목적물의 해체공사 당시 해체심의 사전검토의견인 “지하층 철거 시 신축구조물 흙막이 가시설 계획과 연동된 철거계획을 수립하시기 바랍니다”의 의견을 반영하여

“지하층 외벽을 제외한 철거 및 건축물 멸실신고를 완료하였고, 청구법인은 해당 내용을 확인하였으며, 추후 신축공사 시 여분의 지하층 외벽 철거 및 신축구조물 흙막이 가시설 계획을 수립하기로 한다”라는 내용이 약정된 것으로 확인된다.

(6) 청구법인이 제출한 쟁점토지상 새로이 지상 건축물을 건축한 경위는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점토지상의 지상 건축물 건축 진행사항

(가) 청구법인은 2023.10.26. 쟁점토지를 취득한 후, 2024.2.26. OO 시 OO 구청장에게 건축허가를 신청하여, 2024.4.3. OO 시 OO 구청장(건축과)으로부터 교육연구시설 신축을 위한 건축허가(신축)를 받았다.

(나) 청구법인은 2024.4.3. b 주식회사를 시공업체로 하여, 신축공사 계약을 체결하였고, 건축허가서(2024.4.4.)는 다음과 같다.

건축허가서에의 붙임 ‘건축허가(신축) 조건 및 안내문’에는 공사착공 전 유의사항으로 ‘5 ② 굴토심의 대상 공사장(지하 2층, 깊이 10m 이상 등)에 대하여는 착공 전까지 굴토심의’를 하여야 하고, 심의도서 제출서류로 토지굴착계획서 및 옹벽도 등을 제출하도록 되어 있다.

(다) 청구법인은 이후 가설울타리공사 중 지하 지장물이 발견되어, 2024.5.7. 지하건축물 철거와 관련하여 OO 시 OO 구청장(건축과)에게 굴토심의를 신청하여, 2024.5.17. 굴토전문위원회에서 지장물 철거공사를 허가받았다.

(라) 청구법인은 2024.5.20.~2024.7.31. 기간 동안 주유소 지하건축물 조사 및 주유소 지하건축물 철거공사를 하였다.

(마) 청구법인은 주유소 지하건축물 조사를 하여 2024.5.22.부터 주유소 지하건축물 철거공사를 하였으며, 2024.6.14. 철거공사를 완료하였으므로 2024.6.1. 현재 주유소 지하건축물 철거공사가 진행중이었고, 2024.6.20. 착공신고가 승인되었다고 주장한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

건축물이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고 등을 말하는 것으로, 종전 소유자는 2022.10.5. 건축물 해체허가를 받아 2022.12.9. OO 시 OO 구청장(건축과)으로부터 건축물( OO 주유소 근생동 및 영업동) 해체공사 완료 처리를 받았고, 같은 날 쟁점건물에 대한 건축물대장이 말소 처리된 것으로 나타나며, 쟁점건물의 지하층 외벽이 남아 있었던 것은 종전 소유자가 건축물(주유소) 해체공사를 진행할 당시 구조 안전을 위하여 ‘신축 구조물 흙막이 가시설 계획과 연동된 철거계획을 수립하라’는 OO 시 OO 구청장의 해체심의 사전검토의견에 따라 지하 저유조 등 시설만을 철거하고 지하층 외벽은 철거하지 않음에 따른 것에 불과한 점, 쟁점건물은 2022.12.9. 철거되었으므로 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축물의 철거·멸실일부터 이미 6개월이 경과한 점, 청구법인이 가설 울타리 공사 중 지하 지장물에 대하여 2024.5.7. OO 시 OO 구청장(건축과)에 굴토심의를 신청하여 2024.5.17. 굴토전문위원회에서 지하층 외벽 등 지장물 철거공사를 허가받아 진행한 것은 쟁점건물이 멸실된 나대지 상태에서 착공을 위한 준비작업으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(2) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

제114조(과세기준일) 재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

(3) 지방세법 시행령

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지(각 호 생략)

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.

제103조의2(철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 범위) 법 제106조제1항제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 부속토지"란 과세기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물 또는 주택의 부속토지를 말한다. 이 경우 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 허가 등을 받지 않은 건축물 또는 주택이거나 사용승인을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지는 제외한다.

1. 건축물 또는 주택이 사실상 철거·멸실된 날(사실상 철거·멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거·멸실된 날을 말한다)부터 6개월이 지나지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지(건축물 또는 주택의 건축을 위한 용도 외의 다른 용도로 사용하는 부속토지는 제외한다). 이 경우 건축물의 부속토지는 철거·멸실되기 전 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제101조제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지를 말한다.

(4) 건축법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대지(垈地)”란 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 각 필지(筆地)로 나눈 토지를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지는 둘 이상의 필지를 하나의 대지로 하거나 하나 이상의 필지의 일부를 하나의 대지로 할 수 있다.

2. “건축물”이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

5. “지하층”이란 건축물의 바닥이 지표면 아래에 있는 층으로서 바닥에서 지표면까지 평균높이가 해당 층 높이의 2분의 1 이상인 것을 말한다.

7. “주요구조부”란 내력벽(耐力壁), 기둥, 바닥, 보, 지붕틀 및 주계단(主階段)을 말한다. 다만, 사이 기둥, 최하층 바닥, 작은 보, 차양, 옥외 계단, 그 밖에 이와 유사한 것으로 건축물의 구조상 중요하지 아니한 부분은 제외한다.

(5) 건축물관리법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “해체”란 건축물을 건축ㆍ대수선ㆍ리모델링하거나 멸실시키기 위하여 건축물 전체 또는 일부를 파괴하거나 절단하여 제거하는 것을 말한다.

8. “멸실”이란 건축물이 해체, 노후화 및 재해 등으로 효용 및 형체를 완전히 상실한 상태를 말한다.

제30조(건축물 해체의 허가) ① 관리자가 건축물을 해체하려는 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장(이하 이 장에서 “허가권자”라 한다)의 허가를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고를 하면 허가를 받은 것으로 본다.

제30조의2(해체공사 착공신고 등) ① 제30조제1항 각 호 외의 부분 본문 또는 같은 조 제2항에 따라 해체 허가를 받은 건축물의 해체공사에 착수하려는 관리자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 착공신고를 하여야 한다. 다만, 제30조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 신고를 한 건축물의 경우는 제외한다.

제33조(건축물 해체공사 완료신고) ① 관리자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날부터 30일 이내에 허가권자에게 건축물 해체공사 완료신고를 하여야 한다.

1. 제30조제1항 각 호 외의 부분 본문 또는 같은 조 제2항에 따른 해체허가 대상의 경우, 제32조제8항에 따른 해체감리완료보고서를 해체공사감리자로부터 제출받은 날

2. 제30조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 해체신고 대상의 경우, 건축물을 해체하고 폐기물 반출이 완료된 날

제34조(건축물의 멸실신고) ① 관리자는 해당 건축물이 멸실된 날부터 30일 이내에 건축물 멸실신고서를 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 건축물을 전면해체하고 제33조에 따른 건축물 해체공사 완료신고를 한 경우에는 멸실신고를 한 것으로 본다.