조심-2025-서-0797 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.2.3. 설립되어 강원도 원주시 OOO를 본점소재지로 하여 무역업을 영위하는 법인이고, A 주식회사, B 주식회사, C 주식회사(이하 “A”, “B”, “C”라고 하고, 3개 법인을 합하여 “관련법인들”이라 한다)은 청구법인과 특수관계법인이다.

나. 청구법인 및 관련법인들은 2021년 제2기～2023년 제2기 과세기간에 수입한 금속원료(OOO 등)를 중간 도매상을 거쳐 국내 제철소(최종 매출처)에 공급하거나 해외로 수출하는 거래(일련의 거래를 이하 “쟁점거래”라고 한다)를 하면서 각 거래에 대하여 세금계산서를 수수하여 법인세 및 부가가치세를 각각 신고하였다.

다. OO 세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.19.～2024.7.11. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, A의 대표 a이 청구법인 및 관련법인들을 실질적으로 운영하고, 청구법인, B, C는 사업장과 종사직원이 없는 명목상 법인이며, A가 쟁점거래를 실질적으로 수행한 것이므로, 청구법인이 2021년 제2기～2023년 제2기 과세기간 동안 관련법인들에게 발급한 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다) 및 관련법인들로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하고,

이에 처분청은 2024.9.6. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2021년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.

<표1> 부가가치세 고지 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.5. 이의신청을 거쳐 2025.1.10. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 부정과소신고 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조 , 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 과소신고한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액에 제1항 제1호 나목에 따른 금액을 더한 금액

가. 제1항 제1호 가목에 따른 금액

(2) 부가가치세법

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 납세지 관할 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조 제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다.

(3) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(4) 조세범 처벌법(2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것)

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인과 관련법인들 간에 수수한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 쟁점세금계산서 내역

(단위 : 원)

○○○

(나) 국세청 전산자료에 따르면 청구법인과 관련법인들의 사업자등록 내역은 아래 <표8>과 같고, 청구법인은 2024.9.3. 사업장소재지를 강원도 원주시에서 서울특별시 강남구 OOO으로 변경하였으며, 주업종을 제조업/금속가공에서 도매업/무역으로 변경하였고, 2024.9.2. 사업부진을 이유로 폐업 신고하였다가 2024.11.4. 폐업 취소하고, 대표자를 f에서 a으로 변경한 것으로 나타난다.

<표8> 사업자등록 기본사항

○○○

(다) 청구법인의 2021년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 및 2021～2023사업연도 법인세 신고 내역과 처분청의 경정 내역은 아래 <표9>, <표10>과 같다.

<표9> 부가가치세 신고 및 경정 내역

(단위 : 백만원)

○○○

<표10> 법인세 신고 및 경정 내역

(단위 : 백만원)

○○○

(라) 조사청은 2024.2.19.～2024.7.11. 기간 동안 청구법인에 대하여 다음과 같이 조사한 것으로 나타난다.

1) 청구법인의 법인등기부에는 f이 대표이사로 기재되어 있으나 f은 a의 업무지시를 받아 스크랩 분리작업과 스크랩 샘플 택배 발송 업무를 수행하고, a이 청구법인의 실질 대표자로서 주요 의사결정을 한 것으로 나타나며, a의 총 사업내역은 아래 <표11>와 같고, a의 국가별 체류 일수는 아래 <표12>과 같다.

<표11> a의 총사업내역

○○○

<표12> a의 국가별 체류 일수

○○○

2) 실사업자인 a은 2024.4.18. 조사청에 출석하여 작성한 문답서에는 다음과 같이 기재되어 있는바, a은 청구법인 및 관련법인들의 업무를 관할하고 있으며, E와 D가 제시한 요건인 ‘1사 1거래처 원칙’ 때문에 청구법인 및 관련법인들을 통해 유통 과정을 추가하였다는 취지로 진술한 것으로 나타난다.

<a의 문답서>

○○○

3) 조사청의 조사종결보고서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

가) 청구법인은 고철 등 폐자원 재활용업을 목적으로 설립되어 수집된 폐기물을 분해하고 재분류하여 2차 폐기물 수집업체에 공급하였고, 당초 고철스크랩을 국내에서 수집하여 해외에 판매하려고 하였으나 거래하기로 했던 업체와의 거래 중단 및 관리책임자의 퇴사로 폐자원 재활용사업을 정리하고, 2021년 제2기 과세기간부터 무역업을 추가하여 금속원료를 매입 또는 수입하여 비철금속 전문 제련소 등에 납품하는 것으로 나타난다. 청구법인이 2021년말경 스크랩 가공업에 관한 기계장치를 모두 매각하고, f은 사실상 퇴사하였으며, 본점소재지에 위치한 사업장의 임대차계약이 해지되어 사실상 폐업상태에서 2021.12.23.부터 관련법인들과 실물거래 없이 거래단계를 추가하는 끼워넣기 거래를 하였다.

나) A는 2019년 1월경 설립되어 비철금속 제조 및 무역업을 영위하며 OOO 등에서 OOO 등 비철금속원료를 수입하여 국내 OOO제련소 등에 공급하고 OOO 등 동남아시아에 수출도 병행하고 있다. A의 대표자인 a은 국내 3곳에 불과한 비철금속 제련소 중 D와 E에 공급하고 있다. A의 상호로 경쟁 관계인 두 회사에 원료를 공급할 수 없기 때문에 청구법인과 관련법인들을 이용하여 끼워넣기 거래를 하였다고 진술하였다.

다) B은 2019년경 a이 음식업을 영위하기 위해 설립하였으나 2021년 6월경부터 F 등으로부터 OOO 등을 매입하여 A, C 등에 매출하는 등 끼워넣기 거래에 가담하였고, B은 사업장과 종사직원이 없어 사업자등록만 유지하는 페이퍼 컴퍼니로 판단된다.

라) C는 A의 경리담당 직원인 c를 대표자로 하여 2021년 7월경 설립되었고, c는 a의 지시에 따라 세금계산서 발행업무와 금융거래업무를 수행하고 있으며, B과 마찬가지로 사업장과 종사직원이 없어 끼워넣기 거래를 위해 사업자등록만 유지한 페이퍼 컴퍼니로 판단된다.

마) F은 도소매(무역) 업체로 주된 사업은 OOO 공급업이고, 2020년 1월경부터 OOO을 수입하여 관련법인들에게 매출하였는바, B은 F으로부터 세금계산서 20건, 공급가액 합계 OOO원을 수취하고, 청구법인은 2023년 3월과 4월경 F으로부터 세금계산서를 2건 공급가액 합계 OOO원을 수취하고, 모두 C에 매출한 것으로 확인되며, 청구법인과 C 간의 거래는 끼워넣기 거래로 확정되었으므로 청구법인이 F으로부터 수취한 세금계산서(2건, 공급가액 합계 OOO원)도 가공거래이다.

바) 청구법인과 관련법인들의 쟁점세금계산서 발급 IP내역을 조회한바, 발급 IP주소와 랜카드 고유번호, CPU 고유번호가 모두 동일한 것으로 확인된다.

4) 쟁점거래에 관한 세금계산서 및 물품대금 계좌이체 내역을 확인하여 정리한 자료에 따르면, 청구법인과 관련법인들은 아래 <표13>과 같이 수입업체가 수입한 금속원료를 중간 도매상을 거쳐 최종 매출처에 공급되는 형태로 세금계산서를 수수하였다.

가) 세금계산서의 발행 날짜를 살펴보면, 최종 매출처가 금속원료를 공급받고 세금계산서를 수취하고, 그 이후에 각 거래의 중간 도매상 간에 세금계산서를 수수하는바, 거래의 순서와 세금계산서 발행일 순서가 다른 것으로 나타난다.

나) 최종 매출처는 선행 업체로부터 물품을 공급받은 후 세금계산서를 수취하고, 공급대가를 지급하였으며, 중간 도매상들인 청구법인과 관련법인들은 대체로 같은 날, 비슷한 시각에 공급대가를 지급하였는바, 매출거래의 역순으로 공급대가를 지급한 것으로 나타난다.

<표13> 쟁점거래의 세금계산서 수수 내역

○○○

(마) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인 및 관련법인들의 표준재무상태표, 손익계산서는 아래 <표14>와 같다.

<표14> 손익계산서 내역

(단위 : 백만원)

○○○

2) 청구법인이 제출한 D의 직원 d이 2024.10.18. 작성한 사실확인서 및 E 직원 e(Sales Director)가 2024.11.2., 2025.3.6. 작성한 사실확인서에는 아래와 같이 기재되어 있고, 청구법인은 2022년 4월경부터 2023년까지 E에게