조심-2025-구-1444 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1974.5.23. 설립되어「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다)에 따라 관리권자인 대구광역시장으로부터 대구OOO(이하 “OOO”라 한다)의 관리업무를 위탁받은 비영리 특수법인으로, OOO에 소재한 공장용지 및 그 지상 건축물을 소유하고 있다.

나. 처분청은 청구법인이 2024년도 재산세와 종합부동산세의 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 대구광역시 북구 OOO 외 4필지 토지 9,833.9㎡ 중 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 재산세의 관할 지방자치단체가 종합합산과세대상으로, 나머지 필지는 별도합산과세대상으로 구분하여 재산세를 부과하였음을 확인하여 쟁점토지를 종합부동산세의 과세대상으로 보아, 2024.12.6. 청구법인에게 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.25. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 재산세 분리과세 또는 별도합산과세 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 1974.5.23. 설립되어 OOO의 효율적 관리 및 재생사업의 성공적 추진 등을 목적으로 하는 비영리 특수법인이다.

(나) OOO는 1967년 3월 대구OOO 조성공사의 착공에 들어가 1968년 12월 조성공사가 준공되었고, 2013.12.30. 쟁점토지를 포함한 OOO 일원 1,678,885㎡에 대하여 OOO 재생사업지구로 지정되었으며, 2015.12.30. 재생시행계획이 승인·고시되어 현재까지 OOO 재생사업이 진행 중이다.

(다) 대구광역시장은 산업집적법에 따른 OOO의 관리권자로, 2016.2.22. 청구법인과 OOO 관리업무 위·수탁 협약서를 체결하여 청구법인에게 산업용지의 매각·임대, 그 사후관리 및 산업단지의 입주에 관한 업무 등의 관리업무를 위임(위탁)하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 등기사항전부증명서 및 건축물대장에 의하면, 청구법인은 아래 <표1>과 같이 2017.9.20., 2020.3.5. 쟁점토지 및 지상의 쟁점건물을 취득하고, 2023.7.27., 2023.5.1. 쟁점건물의 멸실 및 건축물대장말소가 이루어진 것으로 나타난다.

<표1> 쟁점토지 등 보유 현황

(단위 : ㎡)

구분 | 지번 | 취득일 | 면적 | 비고 | 쟁점토지 | (공장용지) | OOO 31

2017.9.20.

2020.3.5.

6,206.7

분할, 매매,

일부 재취득 후

OOO 31-7

2017.11.20.

2020.3.5.

2,626.1

쟁점건물

(공장건물)

OOO 31외 1

2017.9.20.

12,637.3

연면적

※ 건축물 멸실 및 건축물대장 말소 : 2023.7.27.(OOO 31), 2023.5.1.(OOO 31-7)

(마) 쟁점토지는 2013.12.30. OOO 재생사업지구로 지정(대구광역시 고시 OOO)되었는데, 해당 재생사업지구계획은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후에도 수차례 변경되었고, 대구광역시 고시 OOO(2024.8.30.)의 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 대구광역시 고시 OOO(2024.8.30.)

○○○

(바) OOO내 자원시설 용지 매수 의향서 등에 의하면, A 주식회사가 2018년 3월부터 2020년 11월까지 쟁점토지의 매수를 희망하였으나, 대구광역시장과의 협의가 어려워 매수가 철회된 것으로 나타난다.

(사) 대구광역시 북구청장은 2024.9.19. 2024년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 31 외 4필지 토지 9,833.9㎡ 중 쟁점토지를 종합합산과세대상으로, 나머지 필지는 별도합산과세대상으로 구분하여 청구법인에게 재산세 등을 부과·고지하였다.

(아) 처분청은 청구법인이 2024년도 재산세와 종합부동산세의 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 토지 4필지 중 쟁점토지(2필지)를 재산세의 관할 지방자치단체(대구광역시 북구청장)가 종합합산과세대상으로, 나머지 필지를 별도합산과세대상으로 각 구분하여 재산세를 부과하였음을 확인하여 쟁점토지를 종합부동산세의 과세대상으로 보아 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 쟁점토지에 대한 인터넷 지도 상 사진은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점토지 사진

○○○

(3) 행정안전부는 2020.12.31. 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제5호 를 개정한 후 지방자치단체에 적용요령을 송부하였는데, 그 개정 주요내용을 보면 아래 <표4>와 같이 해당 규정은 산업단지개발사업의 시행자를 지원하기 위한 규정으로, 해당 토지가 분리과세 대상으로 적용되는 종기는 개발사업시행자가 산업단지를 조성공사 완료 후 5년까지이나, 분양·임대된 부분에 대하여는 그 분양·임대를 한 시점까지로 개정된 것으로 확인된다.

□ 개정개요

현 행

개 정 안

□ 산업단지개발사업(§102⑦5호)

□ 대상 명확화 및 적용기간 확대

○ 산업단지개발사업의 시행자 소유 토지

○ 산업단지개발사업에 제공 토지

○ (기간) 산업단지조성공사 착공 ∼ 조성 공사 완료

○ (기간) 산업단지조성공사 착공 ∼ 분양‧임대 완료 시까지 (조성공사 완료 후 5년 한도)

□ 개정내용

○ 재산세 분리과세 취지에 따라 사업시행자가 산업단지 조성에 제공한 토지에 대해서도 분리과세 적용

- 또한, 산업단지 감면 기간(공사 완료 후 5년간) 분리과세 적용

※ 지방세특례법에서 조성공사가 끝난 토지에 대해서도 5년간 재산세 60%(수도권 35%) 5년간 감면하므로 지원체계의 일관성 제고

□ 개정조문

종전

개정

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ (생 략)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ (현행과 같음)

1. ∼ 4. (생 략)

1. ∼ 4. (현행과 같음)

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조 에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행 하고 있는 토지

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조 에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지 조성공사에 제공하는 토지. 다만, 다음 각 목의 기간으로 한정한다.

가. 사업시행자가 직접 사용하거나 산업단지조성공사 준공인가 전에 분양ㆍ임대 계약이 체결된 경우: 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일

2) 토지 공급 완료일(매수자의 취득일, 임대차 개시일 또는 건축공사 착공일 등 해당 용지를 사실상 사용하는 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)

나. 산업단지조성공사 준공인가 후에도 분양ㆍ임대 계약이 체결되지 않은 경우: 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일 후 5년이 경과한 날

2) 토지 공급 완료일

<표4> 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제5호 적용 요령

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

(2) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법 시행령 (2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정된 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다.

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지. 다만, 다음 각 목의 기간으로 한정한다.

가. 사업시행자가 직접 사용하거나 산업단지조성공사 준공인가 전에 분양·임대 계약이 체결된 경우 : 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일

2) 토지 공급 완료일(매수자의 취득일, 임대차 개시일 또는 건축공사 착공일 등 해당 용지를 사실상 사용하는 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)

나. 산업단지조성공사 준공인가 후에도 분양·임대 계약이 체결되지 않은 경우 : 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일 후 5년이 경과한 날

2) 토지 공급 완료일

⑧ 법 제106조 제1항 제3호 아목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.

4. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 및「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용도에 직접 사용되고 있는 토지

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 토지 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 토지

부칙 <제31343호, 2020.12.31.>

제4조(산업단지조성공사에 제공하는 토지의 분리과세 적용에 관한 특례) 이 영 시행일 전에 산업단지조성공사의 준공인가를 받았으나 이 영 시행일 현재 분양·임대 계약이 체결되지 않은 토지에 대해서는 이 영 시행일을 준공인가일로 보아 제102조 제7항 제5호 나목의 개정규정을 적용한다.

(4) 지방세법 시행령 (2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정 전의 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다.

5.「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지

(5) 지방세법 시행령 (2024.5.28. 대통령령 제34528호로 개정된 것)

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ③ 법 제106조 제1항 제2호 나목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1.「여객자동차 운수사업법」또는「화물자동차 운수사업법」에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허·등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허·등록조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

2.「건설기계관리법」에 따라 건설기계사업의 등록을 한 자가 그 등록조건에 따라 사용하는 건설기계대여업, 건설기계정비업, 건설기계매매업 또는 건설기계해체재활용업의 등록기준에 맞는 주기장 또는 옥외작업장용 토지로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

3.「도로교통법」에 따라 등록된 자동차운전학원의 자동차운전학원용 토지로서 같은 법에서 정하는 시설을 갖춘 구역 안의 토지

4.「항만법」에 따라 해양수산부장관 또는 시·도지사가 지정하거나 고시한 야적장 및 컨테이너 장치장용 토지와「관세법」에 따라 세관장의 특허를 받는 특허보세구역 중 보세창고용 토지로서 해당 사업연도 및 직전 2개 사업연도 중 물품 등의 보관·관리에 사용된 최대면적의 1.2배 이내의 토지

5.「자동차관리법」에 따라 자동차관리사업의 등록을 한 자가 그 시설기준에 따라 사용하는 자동차관리사업용 토지(자동차정비사업장용, 자동차해체재활용사업장용, 자동차매매사업장용 또는 자동차경매장용 토지만 해당한다)로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

6.「한국교통안전공단법」에 따른 한국교통안전공단이 같은 법 제6조 제6호에 따른 자동차의 성능 및 안전도에 관한 시험ㆍ연구의 용도로 사용하는 토지 및「자동차관리법」제44조에 따라 자동차검사대행자로 지정된 자, 같은 법 제44조의2에 따라 자동차 종합검사대행자로 지정된 자, 같은 법 제45조에 따라 지정정비사업자로 지정된 자 및 제45조의2에 따라 종합검사 지정정비사업자로 지정된 자,「건설기계관리법」제14조에 따라 건설기계 검사대행 업무의 지정을 받은 자 및「대기환경보전법」제64조에 따라 운행차 배출가스 정밀검사 업무의 지정을 받은 자가 자동차 또는 건설기계 검사용 및 운행차 배출가스 정밀검사용으로 사용하는 토지

7.「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제22조에 따른 물류단지 안의 토지로서 같은 법 제2조 제7호 각 목의 어느 하나에 해당하는 물류단지시설용 토지 및「유통산업발전법」제2조 제16호에 따른 공동집배송센터로서 행정안전부장관이 산업통상자원부장관과 협의하여 정하는 토지

8. 특별시·광역시(군 지역은 제외한다)·특별자치시·특별자치도 및 시지역(읍·면 지역은 제외한다)에 위치한「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 레미콘 제조업용 토지(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역에 있는 토지는 제외한다)로서 제102조제1항제1호에 따른 공장입지기준면적 이내의 토지

9. 경기 및 스포츠업을 경영하기 위하여「부가가치세법」제8조에 따라 사업자등록을 한 자의 사업에 이용되고 있는「체육시설의 설치·이용에 관한 법률 시행령」제2조에 따른 체육시설용 토지(골프장의 경우에는「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」제10조의2 제2항에 따른 대중형 골프장용 토지로 한정한다)로서 사실상 운동시설에 이용되고 있는 토지

10.「관광진흥법」에 따른 관광사업자가「박물관 및 미술관 진흥법」에 따른 시설기준을 갖추어 설치한 박물관·미술관·동물원·식물원의 야외전시장용 토지

11. 「주차장법 시행령」제6조에