조심-2025-광-3981 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)은 광주광역시 OOO에 요양병원 건물의 신축 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 위하여 B 주식회사(이하 “B”이라 한다)와 2020.8.22. 공급가액 OOO원의 도급계약을 체결하였고, B은 쟁점공사 중 수장공사(인테리어 공사) 부분에 대하여 청구법인과 2020.10.1. 공급가액 OOO원의 하도급 계약을 체결하였다가, 2020.12.31. 하도급금액을 공급가액 OOO원으로 증액하였으며, 2020.12.31. 쟁점공사와 관련한 가전․가구 등 자재 납품을 위해 공급가액 OOO원의 자재납품계약을 체결하였고, 청구법인은 2020년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 B에 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 발급하였다.

<표1> 청구법인이 B에 발급한 세금계산서 명세

○○○

나. A은 2021.7.20. B이 건설도급계약을 이행하지 않았음을 이유로 건설도급계약의 해지를 통보하였고, A과 청구법인은 2021.8.1. 당초 B과 청구법인 간에 체결되었던 수장공사 및 자재납품계약의 수급자를 B에서 A으로 변경하는 합의서를 작성하였다.

다. 처분청은 2025.3.17.∼2025.6.14. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2020년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 과세기간동안 B 주식회사에 발급한 세금계산서 중 2020.10.8.～2021.1.14. 기간 동안 발급한 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)가 가공세금계산서에 해당하여 가산세 부과대상에 해당하고, 청구법인은 2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 A에 공급가액 OOO원의 재화 또는 용역을 공급하였음에도 A에 OOO원의 세금계산서만을 발급하여 그 차액인 OOO원이 세금계산서미발급 가산세 부과 대상에 해당하는 것으로 보아, 2025.6.23. 아래 <표3>과 같이 청구법인에게 2020년 제2기～2023년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

<표2> 처분청이 부가가치세 가산세 과세대상으로 판단한 금액 내역

○○○

<표3> 부가가치세 경정․고지 내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.15. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 실제 재화 및 용역의 공급 없이 가공세금계산서를 발급하고, 이후 재화 및 용역을 공급한 후 세금계산서를 미발급한 것으로 보아 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) A은 쟁점공사를 위하여 B과 2020.8.22. 공급가액 OOO원의 도급계약을 체결하였고, B은 쟁점공사 중 수장공사 부분에 대하여 청구법인과 2020.10.1. 공급가액 OOO원의 하도급 계약을 체결하였다가, 2020.12.31. 하도급금액을 공급가액 OOO원으로 증액하였고, 2020.12.31. 쟁점공사와 관련한 가전․가구 등 자재 납품을 위해 공급가액 OOO원의 자재납품계약을 하였으며, 청구법인은 2020년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 B에 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 발급하였다.

(나) A은 2021.7.20. B이 건설도급계약을 이행하지 않았음을 이유로 건설도급계약의 해지를 통보하였고, A과 청구법인은 2021.8.1. 당초 B과 청구법인 간에 체결되었던 수장공사 및 자재납품계약의 수급자를 B에서 A으로 변경하는 건설공사변경계약서(합의서)를 작성하였다.

(다) 광주세무서장은 2023.6.28.～2023.10.25. 기간 동안 A에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래 <표4>와 같이 A이 B로부터 세금계산서를 수취하고, 같은 날짜에 B은 청구법인으로부터 동일 금액의 세금계산서를 수취하였으며, 거래대금은 A에서 B로, B에서 청구법인으로 지급된 후, 청구법인에 지급된 금액이 A의 주주인 C, F, G, H 등을 거쳐 다시 A에 입금되었는바, 위의 정황 등을 근거로 A이 B에게서 발급받은 세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는 것으로 판단하여 부가가치세를 경정하였다.

<표4> A, B, 청구법인간 세금계산서 발급 내역

○○○

(라) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서에 해당하는 금액을 A의 주주 등을 거쳐 A에 다시 입금하였고, A과 B의 도급계약이 해지된 시점까지 재화와 용역이 제공되지 아니한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 가공세금계산서에 해당하는 것으로 판단하였고, 청구법인이 2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 A에 재화와 용역을 공급하였음에도 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서 가산세 등을 포함하여 2025.6.23. 청구법인에게 2020년 제2기～2023년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

(마) 청구법인은 2020년 제2기분, 2021년 제1기분 부가가치세를 모두 납부하였다는 청구주장과 관련하여 2021.1.25.～2021.8.31. 기간 동안 부가가치세 합계 OOO원을 납부하였다는 내용이 기재된 국세전자납부확인서를 제출하였다.

(바) 청구법인은 2021년 4월부터 쟁점공사를 진행하였다는 청구주장과 관련하여 2021.4.23. 작성한 공사완료보고서, 공사현장 사진(촬영일자 미상), 2021년 4월 및 2021년 10월～2022년 6월, 2022년 11월～2023년 9월 기간 동안 청구법인이 지급한 일용노무비 지급명세서를 제출하였다.

<그림1> 청구법인이 제출한 공사완료보고서

○○○

<그림2> 청구법인이 제출한 공사현장 사진

○○○

<그림3> 청구법인이 제출한 일용노무비 지급명세서(일부만 첨부)

○○○

(사) 청구법인은 A과 그 대표이사인 C의 「조세범 처벌법」 위반 혐의 등에 대하여 광주지방검찰청이 작성한 불기소결정서를 제출하였고, 그 주요 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 광주지방검찰청의 A 등에 대한 불기소결정서 내용 발췌(OOO)

○○○

(아) 청구법인은 지급받은 대금이 A으로 환류된 것이 아니고, 청구법인의 지인 및 A의 주주에게 대여한 것이며, 일부 금액을 제외하고는 모두 청구법인에게 반환되었다는 청구주장과 관련하여 I(C의 배우자), J(청구법인의 전 대표자), A과 A의 주주인 C, F, G로부터 입금 받은 내역들을 제출하였다.

<그림4> 청구법인이 제출한 입금내역 일부

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 B이 청구법인에 지급한 대금은 다시 A의 주주 등을 거쳐 A에 입금되었으므로 대금의 지급이 없었는바, 2020년 제2기～2021년 제1기에 발급한 세금계산서는 선발급 세금계산서의 요건을 충족하지 못하여 가공세금계산서에 해당하고, 청구법인이 2023년 제1기에 재화 및 용역의 공급에도 불구하고 세금계산서를 미발급하였는바, 세금계산서 미발급가산세를 부과한 것은 적법하다는 의견이다.

그러나, A과 청구법인은 2021.8.1. 당초 B과 청구법인간에 체결되었던 수장공사 및 자재납품계약의 공급받는 자를 B에서 A으로 변경하는 건설공사변경계약서(합의서)를 작성하였고, 처분청은 청구법인이 2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 A에 공급가액 OOO원의 재화 또는 용역을 공급하였음을 전제로 2023년 제1기 부가가치세 가산세를 부과하였으므로, 실제 재화 및 용역의 공급이 있었다는 점에 대하여는 처분청도 인정하고 있는 것으로 보이며, 제출된 증빙에 따르면 실제로 청구법인은 A에 공사 용역 등을 제공한 것으로 보이는 점,

청구법인이 세금계산서를 발급한 후, B과의 공사 관련 분쟁, 계약 해지 및 새로운 시공사 선정 등의 과정으로 인하여 공사가 지연됨에 따라 부득이하게 실제 재화 및 용역을 공급하기까지 상당한 시간이 소요된 것으로 보이는 점,

처분청은 B이 청구법인에 지급한 대금은 다시 A의 주주 등을 거쳐 A에 입금되었으므로 대금의 지급이 없었는바, 선발급 세금계산서의 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 청구법인이 제출한 금융증빙에 따르면 일부 금액은 처분청이 세무조사에 착수하기 전인 2021～2023년 기간 동안 청구법인에게 다시 입금된 것으로 확인되어 위 금액은 A의 주주 등에게 대여한 금전이라는 청구주장이 신빙성이 있는 것으로 보이는 점,

그렇다면 당초 청구법인이 2020년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 B에 발급한 쟁점세금계산서는 재화나 용역의 공급이 없이 발급한 가공세금계산서가 아니라, 2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 A에게 공급할 재화 및 용역에 대하여 「부가가치세법」 제17조 에 따라 선발급한 세금계산서에 해당하되, 공급받는 자가 다르게 기재된 세금계산서에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어,

쟁점세금계산서와 관련하여 「부가가치세법」 제17조 제1항 에 따라 2020년 제2기 및 2021년 제1기를 그 재화와 용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다고 보이므로, 처분청이 2023년 제1기를 재화와 용역의 공급시기에 해당하는 것으로 보아 과소신고가산세와 납부지연가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되고,

또한, 청구법인이 2020년 제2기～2021년 제1기에 가공세금계산서를 발급한 것으로 보아 부과한 「부가가치세법」 제60조 제3항 제1호 의 가산세(3%)와 청구법인이 2023년 제1기에 세금계산서를 미발급한 것으로 보아 부과한 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호 본문의 가산세(2%)를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 보이는바, 청구법인이 2020년 제2기～2021년 제1기에 “재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우”에 해당하는 것으로 보아 「부가가치세법」 제60조 제3항 제3호 (2%)의 가산세만을 부과하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

부가가치세법

제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.

가. 제32조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우

나. 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 사업장 명의로 세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 자신의 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우

3. 제32조 제3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하는 경우 그 공급가액의 0.3퍼센트

4. 제32조제 3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 그 공급가액의 0.5퍼센트

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트