조심-2024-중-3796 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.12.15. 설립되어 부동산개발업 등을 영위해 오고 있는 법인으로, 의료시설(요양병원) 설립을 위해 2014.10.2.부터 2017.10.23.까지 아래 <표1>과 같이 경기도 OOO 답 58㎡ 외 9필지의 임야 등 총 10필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 각각 취득하였고, 2020.1.22. A 주식회사(이하 “A”이라 한다)에게 OOO원에 양도하였다.

<표1> 쟁점토지 취득 및 양도 현황

(단위 : ㎡)

소재지 | 종류 | 면적 | 취득일자 | 양도일자 | OOO | 답 | 58

2014.10.2.

2020.1.22.

OOO

임야

146

2014.10.30.

2020.1.22.

OOO

임야

111.5

2015.1.2.

2020.1.22.

OOO

답

7,610

2015.1.2.

2020.1.22.

OOO

임야

14,083

2015.1.2.

2020.1.22.

OOO

임야

1,040

2017.10.23.

2020.1.22.

OOO

임야

1,250

2017.4.7.

2020.1.22.

OOO

임야

210

2017.10.23.

2020.1.22.

OOO

임야

8,717

2017.10.23.

2020.1.22.

OOO

임야

8,717

2017.4.7.

2020.1.22.

나. 처분청은 청구법인이 양도한 쟁점토지는 「법인세법」 제55조의2 및 같은 법 시행령 제92조의3에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아, 2024.4.5. 청구법인에게 2020사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.20. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 착공 전에 양도된 토지로서 「법인세법」 제55조의2 에 따른 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세 법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것)

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 「산림보호법」 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 (2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것)

제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 의한다.

(3) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 일부개정된 것)

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점토지의 양도소득 및 산출세액의 내역은 아래와 같다.

<표4> 양도소득 및 산출세액 내역

(나) 청구법인이 제출한 쟁점토지에 대한 개발행위 신청 및 공사 진행상황은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 개발행위 허가 및 건축허가 신청 및 공사 진행사항

(다) 청구법인은 터파기 등 토목공사는 ㈜B을 시공사로 선정하여 공사를 진행하였고, 공사 진척에 따라 아래 <표6>과 같이 공사대금으로 총 OOO원을 지급하였으나, 양도일까지 공사 진행에 따른 공사대금 추가 지급 등의 문제로 당사자 간 분쟁이 발생하여 세금계산서를 수취하지 못하였다고 주장하며, 관련자료를 제출하였다.

<표6> 착공관련 ㈜B과의 거래내역

(2) 처분청이 이 건 쟁점관련으로 제출한 사진자료는 다음과 같다.

(가) 답으로 보이는 곳들은 평탄화 작업을 진행한 것으로 보이고, 구거(파란색)로 보이는 곳은 가파른 경사가 있는 비탈면으로 확인된다는 의견이다.

(나) 펜스공사를 한 사실은 확인되나, 이 또한 실질적인 공사의 실행으로 볼 수 있는 행위에는 해당하지 않는다는 의견이다.

(다) 쟁점토지의 현장 사진을 확인하면 현재까지도 나대지 상태로 터파기 공사 등의 흔적을 확인할 수 없다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 터파기 공사나 규준틀 설치 등과 같이 건축물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우를 착공으로 볼 수 있다 할 것이며, 가설시설물(현장사무소, 울타리, 표지판 등)의 설치, 사업부지 정리 등과 같은 준비 작업은 여기에 포함되지 않는다 할 것인바(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결 참조),

청구법인은 쟁점토지를 매입하여 목적사업에 사용하기 위해 관련 법규에 따라 허가관청과 지속적으로 협의를 진행하여 개발행위 및 건축 허가를 득하였고, 착공신고를 한 후에 건설공사를 진행한 사실이 명백하므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 처분청이 제출한 현장사진 등에 따르면 쟁점토지는 나대지 상태로, 청구법인의 목적사업인 요양병원 신축 등을 위한 터파기나 축조 등의 공사 흔적이 나타나지 않아, 청구법인이 실시하였다고 주장하는 경사면 절토, 토사운반, 평탄 및 우수관로 설치 등의 공사만으로는 쟁점토지에 건물신축(요양병원)을 위한 실질적인 공사행위인 착공 등이 진행되었다고 보기는 어려운 점,

청구법인 또한 쟁점토지와 관련하여 진행한 공사 경비를 장부상 토지의 원가로 계상하여 건물신축과 관련된 공사가 아닌 부지조성 공사에 관한 경비로 처리하였고, 착공으로 볼 수 있는 터파기 공사 등이 이루어졌다는 사실을 입증할 만한 현장사진, 계약서, 세부내역서 등을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.