조심-2024-중-3035 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 아래 <표1>과 같이 주택을 소유하다가 2021.10.8. 경기도 ○○○ , ○○○ (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO에 양도(취득가액은 OOO원임)한 후 2021.10.13. 2021년 귀속 양도소득세를 비과세로 예정신고하였다.

나. 쟁점임대주택에 대하여 청구인과 그 배우자(A)는 2020.1.20. 공동사업자(주거용 건물 임대업)로 ○○○ 세무서장에게 사업자등록하였다가 2020.4.3. 그 대표자를 청구인의 배우자 단독으로 변경하였다(청구인과 배우자는 2020.5.13. 지방자치단체에 공동명의로 임대사업자등록을 하였다).

다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 쟁점임대주택은 청구인과 그 배우자가 각각 50%의 지분을 소유하고 있음에도 불구하고 그에 대한 사업자등록증에는 청구인의 배우자가 단독 대표자로 되어 있어 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」제155조 제20항의 요건인 ‘「소득세법」제168조에 따른 사업자등록이 되어 있을 것’을 충족하지 못한다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 비과세의 적용을 배제하여 2024.2.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 000원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.9. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호의 사업자등록 요건을 충족하지 못하였다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 「소득세법 시행령」제155조 제20항에서 거주주택과 장기임대주택(2020.7.10. 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청을 한 주택으로 한정) 등을 보유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항(1세대 1주택 비과세)을 적용한다고 규정하고 있고, “장기임대주택”의 요건으로 ‘양도일 현재 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 등을 규정하고 있다.

한편 처분청은 청구인과 그 배우자가 각각 2분의 1의 지분을 소유하고 있는 쟁점임대주택에 대하여 청구인의 배우자가 단독 대표자로 사업자등록되어 있는 것을 문제삼아 쟁점임대주택이 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못한다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세의 적용을 배제하여 이 건 처분을 하였다(쟁점임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록이 적정하게 되어 있다는 점에 대하여는 양 측의 이견이 없다).

(나) 「소득세법 시행령」제150조 제3항에서 공동사업장의 사업자등록 시 제출하도록 규정한 공동사업장등이동신고서의 서식은 아래와 같다.

<표2> 공동사업장등이동신고서(별지 제19호의11서식)

공동사업장등이동신고서 | 처리기간 | 7일 | 대표공동 | 사 업 자

① 성 명

② 주민등록번호

－

③ 주 소

공 동

사 업 장

④ 상 호

⑤ 사업자등록번호

－

－

⑥ 소 재 지

☎

공동사업자 구성

⑦최초(당초) 약정내용

⑧약정내용의 변동사항

. . . ∼ . . .

. . . ∼ . . .

⑨

구분

⑩성명

⑪ 주민등록번호 | ⑫ | 관계 | ⑬ | 변경 | 구분 | ⑭ | 손익분배 비율 | ⑮출자내역 | <19> | 변경 | 구분 | <20> | 손익분배 비율 | <21>출자내역 | <16>대상 | <17>금액 | <18>지분 | <22>대상 | <23>금액 | <24>지분

「소득세법 시행령」 제150조제3항 및 제4항에 따라 공동사업장등이동신고서를 제출합니다.

년 월 일

신 고 인 (서명 또는 인)

세 무 서 장 귀 하

※ 작성방법

1 . 이 서식은 공동사업자가 사업자등록을 하거나, 사업자등록사항 중 「소득세법」 제87조제4항 에 따른 신고내용에 변동이 발생한 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 종료일부터 15일 이내에 사업장관할 세무서장에게 신고하는 서식입니다.(이하 생략)

(다) 쟁점임대주택에 관한 날짜별 사실관계는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 날짜별 사실관계

날짜

내용

2018.5.25.

청구인과 배우자가 쟁점임대주택의 지분 1/2 각각 취득함

2020.1.20.

쟁점임대주택에 대하여 청구인과 배우자를 공동사업자로 하여 사업자등록함

2020.4.3.

위 사업자등록증상 대표자를 청구인의 배우자 단독으로 변경하여 사업자등록 내용을 정정함(처분청의 정정된 사업자등록증 발급)

2020.5.13.

쟁점임대주택에 대하여 경기도 ○○○ 시장에게 공동명의로 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록(장기일반민간임대주택)함

※ 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항 후문에서 공동소유 주택에 대하여 공동명의로 등록하도록 규정하고 있음

2021.10.8.

청구인의 쟁점주택 양도

(라) 청구인은 2020.4.3. 사업자등록 정정신고 시 처분청의 요구에 따라 배우자와 함께 합의서를 작성하여 처분청에 제출하였다고 주장하고 있고, 그 합의서에는 쟁점임대주택의 사업자등록상 대표자를 공동대표에서 청구인의 배우자 단독으로 변경하는 것에 합의하고 임대소득에 대하여 성실 신고ㆍ납부하겠다는 내용이 기재되어 있으며, 청구인과 배우자의 서명이 되어 있다.

(마) 청구인의 배우자는 2020〜2023년 귀속에 대하여 쟁점임대주택에 대한 사업자현황신고를 제출하면서, 쟁점임대주택 1채에 대한 임대수입을OOO원으로 각각 신고하였고, 해당 임대수입금액을 각 연도의 종합소득세 과세표준 확정신고 시 주택임대 사업소득으로 신고하였으며, 쟁점임대주택의 전체 임대수입에 대한 청구인 배우자의 종합소득세 신고ㆍ납부세액은 OOO원으로 나타난다.

(바) 청구인이 2023.12.11. 국세청장으로부터 받은 “서면질의 신청에 대한 회신” 공문(법규과-3083)에는 아래의 내용이 기재되어 있다.

귀 서면질의와 같이 거주주택과 동일세대원 간 공동으로 소유한 장기임대주택을 보유한 1세대가 「소득세법」제168조에 따른 장기임대주택의 사업자등록을 공동명의에서 그중 한 세대원의 단독명의로 변경한 경우, 공동명의 사업자등록에서 제외된 다른 세대원이 보유한 장기임대주택의 지분은 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 한 장기임대주택에 해당하지 않으므로 해당 1세대가 양도하는 거주주택은 「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따른 거주주택 특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 처분청은 청구인과 배우자가 공유지분으로 공동소유하고 있는 쟁점임대주택에 대한 사업자등록이 배우자의 단독 명의로 되어 있고, 이는 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못한다는 의견이다.

(나) 법령의 규정 내용 등을 살펴보면 아래와 같다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제154조의2(공동소유주택의 주택 수 계산) 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[괄호 생략]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우.(단서 이하 생략)

⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다.

3. 장기가정어린이집 : 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

제220조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

3. 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

4. 민간임대주택에 관한 특별법 시행령

제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ① 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(각 목 생략)

3. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(각 목 생략)