조심-2024-서-4635 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2011.3.15. 취득한 서울특별시 강남구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2021.4.15. OOO원에 양도한 후, 「소득세법」제104조 제7항의 조정대상지역 내 1세대 다주택자 중과규정에 따른 중과세율을 적용하는 한편, 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2024.2.20. 쟁점주택의 양도소득에 대하여 「소득세법」 부칙 제14조(2008.12.26. 법률 제9270호로 신설된 후 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 것을 말하고, 이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 양도소득세 기본세율 및 장기보유특별공제 적용대상이라며 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 기본세율의 적용은 인정하되 장기보유특별공제의 적용은 부인하는 것으로 하여 2024.5.4. OOO원만을 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.2. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2009.3.16.〜2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점주택을 양도한 경우 쟁점부칙에 따라 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 양측이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 사실관계가 나타난다.

(가) 청구인은 2011.3.15. 쟁점주택을 OOO원에 취득한 후 2021.4.15. OOO원에 양도하였고, 이에 대하여 3주택자 중과규정을 적용하여 장기보유특별공제 배제 및 양도소득세율 62%(3주택자 20%p 중과)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

(나) 청구인은 2024.2.20. 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점부칙에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제 적용대상이라는 취지로 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 처분청은 기본세율(45%)은 적용하였으나 장기보유특별공제를 부인하는 등 경정청구를 일부인용하여 2024.5.4. 양도소득세 OOO원을 환급하였다.

(2) 쟁점부칙의 개정연혁은 아래와 같다.

(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙은 제1항에서 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 쟁점부칙 제2호에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다.

(나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙은 제1항에서 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다.

(다) 2010.12.27. 법률 제10408호(시행 2011.1.1.)로 개정된 쟁점부칙 제1항은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다.

(라) 2012.1.1. 법률 제11146호(시행 2012.7.1.)로 개정된 쟁점부칙에서는 제2항을 삭제하였다.

(3) 「소득세법」 제95조 제2항 본문 괄호의 장기보유특별공제가 제외되는 자산에 관한 개정연혁은 아래와 같다.

(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 「소득세법」 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다.

(나) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 「소득세법」에서는 장기보유특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

(다) 2012.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

(라) 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되었다.

(4) 기획재정부의 개정 세법 해설 내용은 다음과 같다.

(가) 2008년 개정세법 해설(쟁점부칙 신설 시)

Ⅲ. 다주택자 중과제도 개선 및 보완

1. 다주택자 중과 한시적 완화(소득법§104, 부칙§14)

(1) 개정내용

종 전

개 정

□ 다주택자 양도세 중과

ㅇ 1세대 2주택 : 50%

ㅇ 1세대 3주택 이상 : 60%

※ 다주택자는 장기보유특별공제

적용배제

□ 2년간(’09.1.1～’10.12.31) 양도

하거나 취득한 주택에 대해 | 다주택 중과완화 | ㅇ 1세대 2주택 : 기본세율 | * 기본세율 : 6%∼33% | ('09 : 6%∼35%)

ㅇ 1세대 3주택 이상 : 45%

※ 장기보유특별공제는 현행과 같이

적용배제

(2) 개정이유

ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 2009.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용

(나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시)

Ⅱ. 부동산 거래활성화

1. 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용(소득법 §95)

(1) 개정내용

종 전 | 개 정 | □ 장기보유특별공제* 적용배제 | * 연 3%, 최대 30% | ㅇ 1세대2주택 이상 | ㅇ 비사업용 토지 | ㅇ 미등기 양도자산 | <삭 제> | (좌동) | (좌동)

(2) 개정이유

◦주택거래 활성화 지원

(3) 적용시기 및 적용례

◦2012.1.1. 이후 양도분부터 적용

(다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입 시)

2. 주택시장 안정화대책 관련 양도소득세 중과 신설 등(소득법 §64, §95, §104, §104의2)

(1) 개정내용

종 전

개 정

□ 장기보유특별공제 적용 배제대상 자산

ㅇ 부동산을 취득할 수 있는 권리

(원조합원의 조합원입주권은 제외)

ㅇ 미등기양도자산

<추 가>

□ 다주택자 양도소득세 중과

□ 중과대상 주택 양도시 장기보유 특별공제 적용 배제

(좌 동)

ㅇ 양도소득세 중과 대상 주택*

* 2주택자 혹은 3주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택

□ 다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

양도소득과세표준의 100분의 40

2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

양도소득과세표준의 100분의 50

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

양도소득과세표준의 100분의 50

2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산

양도소득과세표준의 100분의 60

3. 미등기양도자산

양도소득과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제3호에서 “미등기양도자산”이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의4에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

4. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다.

부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.>

(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것)

제14조【양도소득세의 세율 등에 관한 특례】① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

양도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

양도소득 과세표준의 100분의 50

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득 과세표준의 100분의 60

5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)

양도소득 과세표준의 100분의 60

6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

양도소득 과세표준의 100분의 50

7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)

양도소득 과세표준의 100분의 50

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

양도소득 과세표준의 100분의 60

9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산

양도소득 과세표준의 100분의 60

10. 미등기양도자산

양도소득 과세표준의 100분의 70

11. (주식 생략)

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제5호에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다

부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.>

(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제14조【양도소득세의 세율 등에 관한 특례】① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(4) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2010. 12. 27.>

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

양도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

양도소득 과세표준의 100분의 50

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득 과세표준의 100분의 60

5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)

양도소득 과세표준의 100분의 60

6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는