조심-2024-서-4554 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인들은 2010.6.10. 서울특별시 OO구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매매로 취득(각 지분 1/2씩 취득)하여, 2018.9.18. 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2018.10.29. 청구인들은 양도가액 중 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 대해 「소득세법」 제104조 제1항 제1호 에 규정된 ‘일반세율’을 적용하고, 같은 법 제95조 제3항에 따른 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인들은 양도일(2018.9.18.) 현재 아래 <표1>같이 주택들을 보유한바, 「소득세법」 제104조 제7항 에 따른 조정대상지역 내 다주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것으로 보아, 일반세율에 20%를 더한 ‘중과세율’을 적용하는 한편, ‘장기보유특별공제’도 배제하여 2020.7.20. 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

<표1> 쟁점주택 양도일(2018.9.18.) 현재 청구인들의 주택보유 현황

다. 이후 청구인들은 2023.9.4. 수정신고 전 당초 신고한 내용과 동일하게 쟁점주택의 양도차익에 대해 일반세율을 적용하고, 장기보유특별공제도 적용하여 수정신고시 추가 납부한 양도소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 2024.5.2. 일반세율의 적용은 적정하나, 장기보유특별공제는 적용할 수 없는 것으로 보아, 청구인들의 경정청구를 일부인용(환급세액 OOO원)하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.7.30. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조정대상지역내 1세대 3주택(쟁점주택, 대체주택 및 장기임대주택)을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우, 「소득세법」 제95조 제3항 의 적용대상이고 장기보유특별 공제를 배제하는 규정을 두고 있지 않으므로, 위 규정에 따라 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 「 소득세법」 제95조 제3항 의 적용자산은 장기보유특별공제 배제대상이 규정되어 있지 않으므로, 같은 법 시행령 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도차익을 계산하고, 제2호에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것이며, 「소득세법」 제95조 제2항 의 적용대상이면 장기보유특별공제액을 계산하고, 적용대상이 아니면 장기보유특별공제액도 계산하지 않고 적용배제하면 되는 것이라고 주장하며, 순서도를 제출하였다.

(2) 처분청이 제출한 「소득세법」 제95조 제2항 및 부칙 제14조의 개정연혁은 다음과 같다.

(가) 「소득세법」 제95조 제2항 의 개정연혁은 다음과 같다.

연 혁

소득세법 제95조

2008.12.26. 개정

법률 제9270호

(2009.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 <후략>

2012.1.1. 개정

법률 제11146호

(2012.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 <후략>

2015.12.15. 개정

법률 제13558호

(2016.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산은 제외한다)으로서 <후략>

2017.12.19. 개정

법률 제15225호

(2018.4.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산은 제외한다)으로서 <후략>

1) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 「소득세법」 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다.

2) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 「소득세법」에서는 장기보유특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

3) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

4) 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되도록 규정하였다.

(나) 부칙 제14조의 개정연혁은 다음과 같다.

연 혁

부칙 제14조

2008.12.26. 신설

법률 제9270호

① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각호에 따른 세율을 적용한다.

1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택 :

양도소득과세표준의 100분의 45 (괄호 생략)

2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택 :

제104조 제1항 제1호의 개정 규정에 따른 세율 (괄호 생략)

② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

2009.5.21. 개정

법률 제9672호

① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율 (괄호 생략) 을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

2010.12.27. 개정

법률 제10408호

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(괄호 생략)을 적용한다.

② 변동 없음

2012.1.1. 개정

법률 제11146호

① 변동 없음

② 삭제

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

◦ (다주택자의 조정대상지역내 주택양도시 양도소득세 중과) ‘18.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인은 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용과 관련하여, 「소득세법」 제95조 제2항 의 적용대상 자산과 같은 조 제3항의 적용대상 자산은 겹치지 않는 별개의 자산에 해당하고, 제3항의 본문에서 양도세 중과대상에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 사실을 명확하게 규정하고 있지 않으므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나,

「소득세법」 제95조 제1항 에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상자산에서 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)을 제외하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바,

「소득세법」 제95조 제3항 은 양도자산이 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제 대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정이지 제95조 제2항의 적용대상자산과 다른 별개의 자산에 적용하는 규정에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점주택(9억원 초과분)이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 「소득세법」 제95조 제2항 의 장기보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 제95조 제3항을 적용할 여지가 없어 보이는 점(조심 2022서5663, 2022.10.12. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "讓渡價額"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "讓渡差益"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (이하생략)

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제104조(양도소득세 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

1. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

2. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택 : 양도소득과세표준의 10분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항 제2호의2에 따른 세율)

부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27>

② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것)

제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “讓渡價額”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “讓渡差益”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제104조 (양도소득세의 세율) ①거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다.

부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.>

(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것)

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으