조심-2024-서-3690 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.5.30. 증여받아 소유하던 ○○시 OOO 소재 지하1층․지상4층의 연립주택 중 OOO호～OOO호 총 8호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 관하여 2017.12.5. 각 호별로 매매계약을 체결하고 2018.3.6. 주식회사 A(이하 “매수인”이라 한다)에게 합계 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후

* 청구인의 언니가 소유한 쟁점부동산 소재의 건물 1․2층은 쟁점부동산과 같은 날에 동일한 매수인에게 양도되었음

그 중 양도가액 OOO원의 OOO호(이하 “비과세신고주택”이라 한다)에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 각 호별 양도가액이 OOO원～OOO원인 나머지 부분의 양도차익에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 과세자료를 검토한 결과, 청구인이 신고한 쟁점부동산의 각 호별 양도가액이 공동주택가격으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어「소득세법」제100조 제3항에 따른 “양도가액의 구분이 불분명한 때”에 해당한다고 보아 쟁점부동산의 각 호별 양도가액을 공동주택가격으로 안분한 가액으로 재계산하고, 청구인이 신고한 OOO호를 1세대 1주택 비과세 대상으로 하여 2024.1.23. 청구인에게 과세예고통지한 후 2024.4.4. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원 을 경정․고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 호실별 양도가액이 불분명한 것으로 보아 이를 호실별 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

② 처분청의 과세처분 지연 등으로 가산세 감면에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15., 법률 제13558호로 일부개정된 것)

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2016.3.31., 대통령령 제27074호로 일부개정된 것)

제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조 에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 부가가치세법(2015.12.15., 법률 제13556호로 일부개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령(2016.2.17., 대통령령 제26983호로 일부개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

(5) 국세기본법

제1조(목적) 이 법은 국세에 관한 기본적이고 공통적인 사항과 납세자의 권리ㆍ의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고, 과세(課稅)를 공정하게 하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적으로 한다.

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제19조(세무공무원의 재량의 한계) 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

(6) 행정절차법

제3조(적용 범위) ① 처분, 신고, 행정상 입법예고, 행정예고 및 행정지도의 절차(이하 "행정절차"라 한다)에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.

② 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 대하여는 적용하지 아니한다.

8. 심사청구, 해양안전심판, 조세심판, 특허심판, 행정심판, 그 밖의 불복절차에 따른 사항

9.「병역법」에 따른 징집ㆍ소집, 외국인의 출입국ㆍ난민인정ㆍ귀화, 공무원 인사 관계 법령에 따른 징계와 그 밖의 처분, 이해 조정을 목적으로 하는 법령에 따른 알선ㆍ조정ㆍ중재(仲裁)ㆍ재정(裁定) 또는 그 밖의 처분 등 해당 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

제21조(처분의 사전 통지) ① 행정청은 당사자에게 의무를 부과하거나 권익을 제한하는 처분을 하는 경우에는 미리 다음 각 호의 사항을 당사자등에게 통지하여야 한다.

1. 처분의 제목

2. 당사자의 성명 또는 명칭과 주소

3. 처분하려는 원인이 되는 사실과 처분의 내용 및 법적 근거

4. 제3호에 대하여 의견을 제출할 수 있다는 뜻과 의견을 제출하지 아니하는 경우의 처리방법

5. 의견제출기관의 명칭과 주소

6. 의견제출기한

7. 그 밖에 필요한 사항

(7) 행정절차법 시행령

제2조(적용제외) 법 제3조 제2항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 말한다.

5. 조세관계법령에 의한 조세의 부과ㆍ징수에 관한 사항

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 부동산등기사항전부증명서 등에 따르면, 쟁점부동산은 청구인이 2006.5.30. 증여를 원인으로 취득하여 2018.3.6. 매수인에게 양도하였고, 매수인은 쟁점부동산을 멸실한 후 2019.6.10. 그 지상에 다른 건물을 신축한 것으로 나타난다.

(나) 청구인이 처분청에 제출한 2017.12.5.자 쟁점부동산 매매계약서에 따르면, 쟁점부동산 8개호의 각 호별 매매계약서가 별도로 작성되었고, 각 계약서에는 매매대상물건과 매매대금의 금액은 각각 다르게 기재되어 있는 반면, 계약체결일․잔금지급일․매도인․매수인․공인중개사는 동일하게 기재되어 있다.

<그림 삽입을 위한 여백>

<그림> 쟁점부동산 매매계약서(301호, 예시)

OOO

(다) 양도소득세 신고서 및 경정결의서 등에 따르면, 청구인은 쟁점부동산의 각 호별 매매계약서상의 매매대금을 각 호별 양도가액으로 기재하였고, 처분청은 쟁점부동산의 전체 매매대금을 각 호별 공동주택가격으로 안분하여 각 호별 양도가액을 산정하였으며, 안분계산 결과 301호의 양도가액 차이비율이 30% 이상인 것으로 나타나며 그에 대한 구체적인 내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점부동산의 양도가액 현황

(단위 : ㎡, 천원)

OOO

(라) 처분청의 통합전산망 자료(청구인의 신고 이후 처분청에서 작성된 결의서, 결정서 일련번호 106-201801-1․2, 결재일자 2018.7.10.․2018.9.7.) 등을 살펴보면, 처분청은 청구인의 신고내용에 대하여 비과세 과다계상 혐의로 다음 (마)와 같이 개별결의 대상으로 분류하고, 신고내용을 시인하여 신고한 내용대로 경정한 것으로 보인다.

(마) 처분청의 통합전산망 자료(과세자료 관련 자료)에 따르면 청구인의 신고내용에 대하여 2018.6.2. 당시 처분청의 담당자 등에 의해 과세자료(비과세 과다 계상 혐의, 다세대주택 8호 별도 계약서 작성, 거래상대방 특수관계 없음)가 생성된 것으로 보이고, 처분청의 현재 담당자에게 문의한바, 담당자의 변경 내역은 확인되지 않으나, 2023년 중 현 담당자가 처분청에 부임하여 과세자료를 확인한 즉시 처리하였다고 답변하였다.

(바) 처분청은 청구인의 신고내용에 대하여 검토한 결과, 청구인이 신고한 쟁점부동산의 각 호별 양도가액이 공동주택가격으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이나므로「소득세법」제100조 제3항에 따른 “양도가액의 구분이 불분명한 때”에 해당한다고 보아 쟁점부동산의 각 호별 양도가액을 공동주택가격으로 안분한 가액으로 재계산하고, 청구인이 신고한 OOO호를 1세대 1주택 비과세 대상으로 하여 2024.1.23. 청구인에게 과세예고통지하였으며, 청구인은 이에 대하여 2024.2.14. 과세전적부심사를 신청하였는바, 처분청은 2024.3.28. 불채택 결정을 하고, 그 결과를 2024.3.29. 청구인에게 통지한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 당초 신고한 내역과 이에 대하여 처분청이 호실별 양도가액이 불분명한 것으로 보아 이를 호실별 기준시가로 안분하여 청구인에게 부과한 2018년 귀속 양도소득세 경정․고지한 내역은 다음 <표2>와 같고, 처분청이 청구인에게 한 이 건 부과처분 중 가산세의 세부 내역은 다음 <표3>과 같다.

<표2> 2018년 귀속 양도소득세 신고내역 및 이 건 부과처분 내역

(단위 : 원, %)

OOO

* 경정․고지액 : OOO원(납부할 세액) - OOO원(기납부세액) = OOO원

<표3> 가산세 내역

(단위 : 원, %)

OOO

* 0.030%(2018.6.1.～2019.2.11.), 0.025%(2019.2.12.～2022.2.15.), 0.022% (2022.2.15.～2024.3.29.)

(3) 쟁점부동산과 동일 소재지의 다른 호수 OOO호부터 OOO호까지 총 8호를 청구인과 거래한 동일 매수인에게 양도한 a이 불복을 제기하여 진행된 결과 등은 다음 <표4>와 같다.

<표4> a의 불복 내역

불복유형 | 사건번호 | 청구일 | 결정일 | 결과 | 과세전 | 적부심사 | 적부 남대문-OOO

2019.8.16

2019.9.18

불채택

이의신청

이의 서울청-OOO

2019.10.21

2019.12.5

기각

심판청구

조심 OOO

2020.2.12

2020.7.28

기각

소송

서울행정법원 OOO

2020.10.23

2021.9.8

국승

소송

서울고등법원 OOO

2021.10.19

2022.3.31

국승

소송

대법원 OOO

2022.4.18

2022.7.28

국승

(4) 기획재정부가 발간한 ‘2015 간추린 개정세법’에 의하면,「소득세법」제100조 제3항의 개정취지는 “자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피 방지”이고, 해당 규정은 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 있어 호실별 양도가액이 불분명한 것으로 보아 이를 호실별 기준시가로 안분하여 과세한 처분이 위법․부당하다고 주장하나,「소득세법」제100조에서 원칙적으로 양도차익은 실지거래가액에 의하고(제1항), 토지와 건물 등을 일괄로 취득 또는 양도한 경우 그 가액을 각각 구분하여 기장하되, 그 가액의 구분이 불분명할 때에는 기준시가 등을 고려하여 안분계산하며(제2항), 토지와 건물 등을 일괄로 취득 또는 양도한 경우로서 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 각 가액의 구분이 불분명한 때로 간주(제3항)하고 있는바, 일괄취득 또는 양도의 경우 제3항의 요건을 충족하는 경우에는 제2항에 따라 일괄 양도한 가액을 안분계산함이 타당해 보이는 점, 쟁점부동산과 동일한 소재지의 다른 호수 OOO호부터 OOO호까지 총 8호를 청구인과 거래한 동일 매수인에게 양도한 a이 불복을 제기하여 소송한 결과, a과 동일 매수인이 각 호실에 관한 매매계약을 체결하면서 각 호실의 매매대금을 구분한 것은 이 사건 안분계산 규정에서 말하는 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당한다고 봄이 타당하다고 판단한 점(대법원 2022.7.28. 선고 2022두40581 판결) 등에 비추어 양도소득세 과세를 위한 쟁점부동산의 각 호별 양도가액은 각 호별 기준시가로 안분계산하여 산정함이 타당하다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 과세처분 지연 등으로 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 「행정절차법」 제3조 제1항 에서 행정절차에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 동 법률이 적용된다고 규정하고 있고, 조세의 부과ㆍ징수에 관한 사항에 관하여는 「국세기본법」 및 각 세법에서 그 절차를 규정하고 있는바, 청구인에 대한 양도소득세 부과․징수 등의 행정절차에 관하여는 「행정절차법」이 아닌 「국세기본법」등의 세법이 적용되는 점, 처분청은 이 건 부과처분 전에 「국세기본법」상 규정에 따라 그 내용을 청구인에게 통지하였고, 청구인은「국세기본법」제81조의15의 규정에 따라 과세전적부심사를 청구하였으므로, 이 건 부과처분에 중대하고 명백한 절차적 하자가 있다고 보기 어려운 점, 청구인은 언니 a이 동일 쟁점에 대한 소송을 진행한 사실을 알고 있었고, 그 결과에 따라 쟁점부동산에 대한 양도소득세가 결정될 것을 예상할 수 있었음에도 당초신고 내용에 대한 수정신고를 하지 않았으며, 처분청의 부과처분 지연에 대한 귀책사실 등을 객관적이고, 구체적인 증빙을 통해 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 부과처분을 함에 있어 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.