조심-2024-중-5341 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 경기도 수원시 OOO 소재 토지 369.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1989.7.15. 분양으로 취득하고, 1989.12.26. 쟁점토지 위에 지하 1층 지상 5층 상가건물(이하 “쟁점건물” 이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하였으며, 1990.3.3. 특수관계 없는 제3자에게 쟁점부동산의 지분 1/3을 OOO원에 매매하는 계약을 체결하고 1990.3.26. 이를 양도하였다가 1996.6.3. OOO원에 재취득(이하 쟁점부동산 1/3 지분을 “재취득지분”이라 한다)하였다.

청구인은 2018.11.20. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하면서 1996.6.3. 재취득지분의 취득가액은 실지거래가액으로, 나머지 지분 2/3의 취득가액은 1990.3.26. 재취득지분의 양도가액으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2023.12.11.부터 2024.1.14.까지의 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 재취득지분을 제외한 쟁점부동산의 지분 2/3에 대하여 재취득지분의 양도가액을 취득가액으로 신고하였으나 재취득지분의 양도계약일은 1990.3.3.이고, 이는 쟁점부동산 중 토지 지분의 2/3(이하 “쟁점토지지분”이라 한다)의 취득일은 쟁점토지의 취득일인 1989.7.15.이므로 재취득지분의 양도가액은 쟁점토지지분 취득일 전후 3개월 이내의 매매사례가액에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점토지지분의 매매사례가액을 부인하고 환산취득가액으로 하여 2024.4.5. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.27. 이의신청을 거쳐 2024.9.25. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지지분의 취득가액을 환산가액을 적용함은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제9 8조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적 으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점부동산의 취득 및 양도 과정은 아래 <표3>과 같고, 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 쟁점토지 369.5㎡를 1986.7.15. 매매를 원인으로 취득한 후 1990.3.26. 지분 1/3을 A에게 소유권 일부 이전하였다가 1996.6.3. A의 지분 전부를 재취득한 후 2018.11.20. 매매로 양도한 것으로 나타나며, 쟁점건물 양도당시 건축물대장에 의하면 토지 369.5㎡, 지하1층, 지상 5층까지는 철근콘크리트조, 라멘조(대중음식점, 사무소 등), 6층은 경량철골구조(창고)이고, 연면적 합계 1,708.18㎡ 이며, 허가일은 1989.4.21., 사용승인일은 1989.12.10.로 나타난다.

<표3> 쟁점부동산의 취득 및 양도 과정

일자

내용

1989.7.15.

쟁점토지(369.5㎡) 분양취득 소유권 등기

(분양계약일 1986.12.23.)

1989.12.10.

쟁점토지 지상 상가(지하 1층, 지상 5층) 신축

양도인 단독명의 사용승인

1989.12.26.

쟁점부동산 소유권 보존 등기

1990.3.3.

쟁점부동산 지분 1/3을 A에게 OOO원에 양도

(매매계약일 1990.3.3.,등기부등본 소유권 이전일 1990.3.26.)

1996.6.3.

A으로부터 쟁점부동산 지분 1/3을 OOO원에 매입함

2004.8.27.

6층 창고시설 증축(경량철골조)

2018.11.20.

B외 1에게 쟁점부동산 OOO원에 양도

(나) 청구인은 재취득지분의 양도당시 계약서(1990.3.3.)과 재취득지분의 재취득시 계약서(1996.5.27.)를 제출하였으나, 쟁점토지 취득가액 증빙서류 등은 제출하지 않았고, 처분청은 조사당시 재취득지분 양도계약서와 재취득계약서에 대하여 문서감정을 의뢰하였으나, 감정결과 감정이 불가하다고 회신받은 것으로 나타나며, 금융증빙 등으로 대금 지급내역이 확인되어 재취득지분의 취득가액 OOO원을 실지취득가액으로 인정하였다.

(다) 처분청은 쟁점토지지분의 취득가액을 부인하고 기준시가를 기준으로 환산취득가액을 산정하여 아래 <표4>와 같이 양도소득세를 경정·고지하였다.

<표4> 양도소득세 신고 및 경정 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 취득일 3개월 이내 제3자에게 쟁점부동산의 지분 1/3을 매매한 매매사례가액이 있음에도 쟁점부동산의 나머지 지분인 2/3에 대하여 토지와 건물의 취득시기를 달리보아 토지에 대해서만 매매사례가액을 부인하였으므로 타당하지 않은 처분이라고 주장하나,

「소득세법」제97조 제1항 제1호는 취득가액은 같은 법 제94조 제1항 각 호의 자산취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득당시의 실거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제12항 및 제176조의2 제3항은 매매사례가액에 대하여 양도일 또는 취득일 전후 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액으로 규정하고 있다.

양도소득세는 자산별로 구분하여 양도소득을 산정하여야 하고, 쟁점토지지분의 취득일은 쟁점건물의 취득일과 다른 1989.7.15.인바, 청구인이 주장하는 재취득지분의 양도계약일(매매사례가액의 기준일, 1990.3.3.)은 쟁점토지 취득일로부터 3개월이 도과하였으므로 이를 매매사례가액으로 보기는 어려운 점,

청구인은 쟁점토지 취득 당시 토지만 분양을 받았고 이후 쟁점건물을 신축하여 건물과 토지를 함께 쟁점부동산의 지분 1/3을 매매하였으므로 최초 취득한 쟁점토지와 재취득지분의 토지가 유사성이 있다고 보기도 어려워 재취득지분의 양도가액을 쟁점토지지분의 매매사례가액으로 보기도 어려운 점,

쟁점토지지분의 경우 실거래가액이나 매매사례가액이 없어 환산취득가액을 적용하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지지분의 취득일을 쟁점토지 취득일로 보아 환산취득가액을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본 법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.