조심-2024-서-0413 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)는 2016.4.22.부터 부동산개발 및 시행업을 영위하는 법인으로, 2020.2.20. B 주식회사(이하 “수탁자”라 한다)와 수탁자가 강원도 춘천시 OOO 외 1필지에 생활형숙박시설을 건축하여 분양․운용(이하 “쟁점사업”이라 한다)하는 내용의 ‘책임준공관리형토지신탁 계약’을 체결하고 쟁점사업을 진행하면서 체납법인(위탁자) 명의로 세금계산서를 발급하였으며, 2023년에 부과된 2022년 제2기 부가가치세를 체납하였다.

나. 처분청은 체납법인에게 부과된 2022년 제2기 부가가치세 납세의무성립일(2022.12.31.) 현재 체납법인의 대표이사로 등재되어 있는 청구인이 주주명부상 체납법인의 주식을 51% 소유하고 있어 체납법인의 과점주주에 해당되는 것으로 보아 2023.10.6. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고, 체납법인의 체납세액(OOO원) 중 청구인 출자지분에 상당하는 OOO원을 청구인에게 납부고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.4. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인의 출자지분(51%)에 상당하는 체납액을 납부고지한 처분의 당부

② 수탁자가 이 건 부가가치세 납세의무자에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

(2) 부가가치세법

제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 “신탁재산”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 「신탁법」 제2조 에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 “수탁자”라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「신탁법」 제2조 에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 “위탁자”라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우

2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우

⑤ 제2항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 신탁 관련 납세의무의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 <법률 제17653호, 2020.12.22.>

제5조(종전 신탁의 납세의무자에 관한 특례) 2022년 1월 1일 전에 설정한 신탁의 경우 다음 각 호의 구분에 따른 자를 제3조 제2항 및 제3항의 개정규정에 따른 납세의무자로 본다.

1. 다음 각 목의 처분을 하는 경우 : 수탁자

가. 수탁자가 위탁자로부터 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제103조제1항제5호 또는 제6호의 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위하여 수탁으로 운용하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 체결한 경우로서 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우

나. 수탁자가 「도시 및 주거환경정비법」 제27조제1항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제19조제1항 에 따라 지정개발자로서 재개발사업ㆍ재건축사업 또는 가로주택정비사업ㆍ소규모재건축사업을 시행하는 과정에서 신탁재산을 처분하는 경우

2. 제1호 외의 경우 : 위탁자

(3) 부가가치세법 시행령

제5조의2(신탁 관련 납세의무) ① 법 제3조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 신탁재산”이란 「신탁법」 또는 다른 법률에 따른 신탁재산(해당 신탁재산의 관리, 처분 또는 운용 등을 통하여 발생한 소득 및 재산을 포함한다)을 말한다.

② 법 제3조 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 수탁자가 위탁자로부터 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제103조 제1항 제5호 또는 제6호의 재산을 수탁받아 같은 조 제4항에 따라 부동산개발사업을 목적으로 하는 신탁계약을 체결한 경우로서 그 신탁계약에 따른 부동산개발사업비의 조달의무를 수탁자가 부담하지 않는 경우.(단서생략)

2. 수탁자가 「도시 및 주거환경정비법」 제28조 제1항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제56조 제1항 에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업 또는 가로주택정비사업ㆍ소규모재건축사업ㆍ소규모재개발사업의 사업대행자인 경우

3. 수탁자가 위탁자의 지시로 위탁자와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 , 제2항, 같은 조 제3항 제1호 또는 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 각 호의 관계에 있는 자에게 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 경우

4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제18항 제1호 에 따른 투자신탁의 경우

③ 법 제10조 제8항에 따라 위탁자의 지위 이전을 신탁재산의 공급으로 보는 경우에는 법 제3조 제1항에 따라 기존 위탁자가 해당 공급에 대한 부가가치세의 납세의무자가 된다.

(4) 신탁법

제2조(신탁의 정의) 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 내용이 확인된다.

(가) 체납법인의 등기사항전부증명서 및 주주명부 등에 의하면, 체납법인은 2016.4.22. 목적사업을 부동산 개발업 및 시행업 등으로 설립되었고, 청구인은 체납법인 설립 당시부터 심리일 현재까지 체납법인의 대표이사이면서 발행주식의 51%를 보유하고 있는 것으로 나타난다 .

(나) 체납법인의 2016.5.2.자 ‘법인설립신고서’에 의하면, 체납법인의 대표자란에 청구인 이름과 본인의 휴대전화번호(010-****-3533)가 기재되어 있고, 첨부된 임대차계약서에 의하면, 청구인을 임차인으로 하여 사업장에 대한 임대차계약이 체결된 것으로 확인된다.

(다) 근로소득지급명세서 등에 의하면, 청구인은 2018.8.14.∼2022.12.31. 기간 동안 체납법인으로부터 아래 <표>와 같이 급여를 지급받고 이에 따른 종합소득세를 신고․납부한 것으로 나타난다.

<표> 청구인의 급여 내역

(단위 : 백만원)

구분 | 2018년 | 2019년 | 2020년 | 2021년 | 2022년 | 급여 | OOO | OOO | OOO | OOO | OOO

(라) 체납법인(위탁자), B(수탁자) 등이 2020년에 체결한 ‘책임준공관리형토지신탁 계약’에 의하면, 수탁자가 ‘강원도 조양동 OOO 외 1필지 862㎡(신탁토지) 상에 관리형토지신탁 방식으로 건물을 신축하고 이를 분양 또는 운용하여 수익자에게 신탁이익을 지급하기로 하며, 수탁자는 신탁재산 범위내에서 건축주로서의 권리와 의무를 부담하되 자금조달의 의무를 지지 않는다(계약서 제1조 및 제11조)’는 내용, ‘부가가치세 납부액은 위탁자가 납부하는 것을 원칙으로 한다(계약서 제33조 및 특약사항 제21조)’는 내용, ‘위탁자가 모든 책임과 의무를 부담하고 본 사업 관련 업무를 실질적으로 진행한다(특약사항 제2조 및 제25조)’는 내용 등이 나타난다.

(마) 이 건 2022년 제2기 부가가치세 관련 세금계산서 합계표 명세 목록 등에 의하면, 공급받는 자를 ㈜D, ㈜E, ㈜F 등으로 하여 체납법인 명의로 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(바) 그 외 청구인은 체납법인의 실질주주가 C이라는 근거자료로 C이 ‘(주)G’ 회장 직함으로 기재되어 있는 명함, 춘천 오피스텔 신축사업 거래처와의 C 핸드폰 문자 내역자료(2019년 3월∼2023년 3월), C(피고인)의 사기죄 관련 공소장(범죄사실에 C을 체납법인의 실질적으로 운영하는 사람으로 기재), 고소인 H의 진술조서(피의자 C은 체납법인의 실질적인 운영자이고, 청구인은 C의 배우자로서 체납법인의 명의상 사내이사라고 진술) 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」제39조 제1항 제2호의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식 소유 집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사 경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것인바(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 같은 뜻임), 이 건의 경우 체납법인의 등기사항전부증명서 및 주주명부 등에서 청구인이 체납법인에게 부과된 부가가치세의 납세의무성립일(2022.12.31.) 현재 체납법인의 대표이사이면서 주식을 51% 보유하고 있는 주주로 확인되어 청구인은 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었다 할 것인 점, 근로소득지급명세서 등에서 청구인이 2018.8.14.∼2022.12.31. 기간 동안 체납법인으로부터 급여를 수령한 내역이 나타나 청구인이 체납법인의 경영에 관여하지 아니하였다고 보기 어려운 점, 달리 청구인이 실질적으로 체납법인의 경영에 참가하여 회사의 의결권을 행사하지 않았다는 사실을 입증할 만한 객관적인 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인에게 출자지분에 상당하는 체납세액을 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하여야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」은 2020.12.22. 법률 제17653호로 개정되어, 제3조 제2항에 ‘신탁재산 관련 재화 등을 공급하는 때에는 수탁자가 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다’고 규정하면서 제3항에 ‘제2항에도 불구하고 신탁재산과 관련된 재화 등을 위탁자 명의로 공급하는 경우(제1호), 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(제2호) 등에는 위탁자가 부가가치세를 납부할 의무가 있다’고 규정하였다.

한편 해당 개정과 관련하여 부칙 제5조에서 ‘2022년 1월 1일 전에 설정한 신탁의 경우’에는 각 호의 구분에 따른 자를 제3조 제2항 및 제3항의 개정규정에 따른 납세의무자로 본다고 하면서 제1호에 ‘수탁자가 위탁자로부터 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제103조 제1항 제5호 또는 제6호의 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위하여 수탁으로 운용하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 체결한 경우로서 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우(가목)’와 ‘수탁자가 「도시 및 주거환경정비법」 제27조 제1항 등에 따른 지정개발자로서 재개발사업ㆍ재건축사업 또는 가로주택정비사업ㆍ소규모재건축사업을 시행하는 과정에서 신탁재산을 처분하는 경우(나목)’에는 수탁자를, 제2호에 그 외의 경우에는 위탁자를 각 납세의무자로 규정하고 있다.

체납법인은 2020.2.20. 수탁자와 책임준공관리형토지신탁을 체결하였으므로 2020.12.22. 제17653호로 개정된 법률 부칙 제5조 적용 요건인 ‘2022.1.1. 전에 설정한 신탁의 경우’에 해당하고, 신탁재산의 처분이 부칙 제5조 제1호 각 목에 따른 경우가 아니어서 부칙 제5조 제2호에 따라 위탁자인 체납법인이 이 건 부가가치세 납세의무자에 해당한다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.