조심-2024-구-4496 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 망 A(2023.10.20. 사망, 이하 “A”이라고만 한다)은 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)의 과점주주이자 대표이사였던 사람이고, 청구인 C은 그 배우자이며, 청구인 D(청구인 C과 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 아들이다.

나. B의 총 발행주식은 105,000주인데, 설립시부터 A의 양도시(2018.5.25.)까지 A이 68,250주(65%), 청구인 C이 21,000주(20%), 청구인 D이 15,750주(15%)를 각 보유하고 있었다.

다. A은 2018.5.25. B 보통주식 중 57,750주를 OOO원에 ㈜E에 양도하고, 10,500주를 OOO원에 ㈜E 대표이사인 F에게 양도하는 것 외에, 청구인 C이 소유한 B 주식 21,000주 및 청구인 D이 소유한 B 주식 15,750주[이하 ㈜E에 양도된 주식을 모두 합하여 “쟁점주식”이라 한다]를 청구인들의 동의 없이 ㈜E에 양도하고 양도대금으로 <표1> 양도가액란 기재 OOO원 및 OOO원을 각 지급받았으며, 2018.8.31. 쟁점주식 양도․양수에 따른 양도소득세를 신고․납부하였다.

<표1> 쟁점주식 양도내역

○○○

라. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.1.2.부터 2024.3.12.까지 A에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점주식 양도소득세 필요경비 중 <표2> 기재와 같이 골프장 인허가용역 및 컨설팅 자문료 품목으로 ㈜G에서 수취한 전자세금계산서 및 경상북도 OOO과에서 부과한 생태보전협력금을 쟁점주식 양도와 관련없는 지출로 보아 필요경비에서 부인하여 북대구세무서장에게 양도소득세 결정결의안을 통보하였고, 북대구세무서장은 조사청의 결정결의안에 따라 2024.5.9. 청구인들에게 <표3> 양도소득세란 기재와 같이 2018년 귀속 양도소득세를 경정․고지하였다.

<표2> 필요경비 부인내역

○○○

<표3> 양도소득세 경정․고지 내역 및 지방소득세 신고 내역

○○○

마. 한편 청구인들은 북대구세무서장으로부터 <표3> 양도소득세란 기재와 같이 양도소득세를 각 경정․고지받은 직후인 2024.5.9. 위 <표3> 지방소득세란 기재 2018년 귀속분 지방소득세 합계 OOO원을 자진 신고․납부하였다.

바. 청구인들은 2018년 귀속 지방소득세와 관련하여 별도의 경정청구를 제기하지 아니한 채 2024.7.25. 북대구세무서장이 경정․고지한 양도소득세 부과처분과 함께 불복하여 심판청구를 제기하였다.

사. 청구인 D과 ㈜E간의 쟁점주식 양도양수계약 무효확인소송(대법원 2025.1.23. 선고 OOO 판결)이 청구인 D의 승소로 확정됨에 따라, 북대구세무서장은 2025년 5월 청구인들에 대한 양도소득세를 직권경정하고 관련자료를 대구광역시 북구청장에게 통지하였고, 대구광역시 북구청장도 2025.5.30. 청구인들에 대한 지방소득세를 직권경정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (지방소득세) 적법한 심판청구인지 여부

② (양도소득세) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 2024.5.9. 위 <표3> 지방소득세란 기재 2018년 귀속분 지방소득세 합계 OOO원을 자진 신고․납부한 이후 경정청구를 거치지 아니한 채 이 건 심판청구를 제기한 사실에 대해서는 다툼이 없다.

(2) 청구인 D과 ㈜E간의 쟁점주식 양도양수계약 무효확인소송(대법원 2025.1.23. 선고 OOO 판결)이 청구인 D의 승소로 확정됨에 따라, 북대구세무서장은 2025년 5월 청구인들에 대한 양도소득세를 직권취소하고 관련자료를 대구광역시 북구청장에게 통지하였고, 대구광역시 북구청장도 2025.5.30. 청구인들에 대한 지방소득세를 직권취소하였다.

(3) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부와 관련하여 청구인들과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) A은 세무사 I과 OOO 골프장 매각과 관련하여 양도소득세 및 법인세 신고 및 자문계약을 체결하였고, 세무전문가인 I의 판단을 전적으로 신뢰하고 따른 것이므로 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

(나) 청구인들은 (조사청의 책임으로) A에 대한 조사 및 처분이 장기간 지연되었고 그로 인하여 과다한 납부지연가산세가 부과되었으므로 A에 대한 납부지연가산세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다. 구체적 사실관계는 다음과 같다.

1) 조사 종결보고서는 다음과 같다.

○○○

2) 이 건 세무조사 기간은 당초 2021.8.5.부터 2021.9.3.까지 였던 것으로 확인되나, A은 ① 2021.7.23., ② 2021.11.24., ③ 2022.6.29., ④ 2023.3.15., ⑤ 2023.5.26. 5차례에 걸쳐 의무기록 등을 첨부하여 세무조사 연기신청서를 제출하였고, 그로 인하여 실제 세무조사는 2024.1.2.부터 2024.3.12.까지 진행된 것으로 확인된다.

3) 청구인들은 처분청의 적극적인 권유 내지 안내에 따라 세무조사 연기신청서를 작성하여 제출한 것이고, 자발적인 의사로 제출한 것이 아니라고 주장하며 그 근거로, ① 청구인들이 세무조사 연기신청을 할 당시 조사청이 납부지연가산세가 부과될 것이라는 점에 대한 안내를 하지 아니한 점, ② 당시 청구인들은 쟁점주식 양수도거래의 효력에 대하여 민사소송을 통해 다투고 있었거나 다툴 예정이었으므로 세무조사를 종결하고 양도소득세를 납부할 경우 관련 소송절차에서 불리해질 가능성이 있어, A만 먼저 세무조사를 받는 것을 고려해달라고 조사청에 요청하였으나 조사청은 쟁점주식 양도인인 A과 청구인들을 별도로 조사할 수 없고 일률적으로 조사하여 결론을 내야 한다는 이유로 A만 먼저 세무조사를 진행하는 것은 불가능하다고 답변한 점 등을 들었다.

4) 청구인 D은 2023.3.15. 쟁점주식 양도무효확인소송이 진행 중임을 이유로 세무조사 연기신청서를 제출하였던 것으로 확인된다.

5) A에 대한 납부지연가산세 계산내역은 다음과 같다.

<표6> 납부지연가산세 계산 내역

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방세기본법」 제89조 제1항 에 의하면 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이 건 심판청구를 하기 위해서는 ‘위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당하였을 것’이 필요한데, 청구인들은 2018년 귀속 지방소득세를 자진신고․납부한 이후 「지방세기본법」 제50조 제1항 에서 규정하는 경정청구를 하지 아니한 채 곧바로 이 건 심판청구를 제기한 것으로 확인되는바, 이 건 심판청구 중 지방소득세와 관계된 부분은 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 부적법한 청구로 판단된다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(1) 지방세기본법

제50조[경정 등의 청구] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터 2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하거나 결정ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 청구를 한 자가 제3항에서 정한 기간 내에 같은 항에 따른 통지를 받지 못한 경우 그 청구를 한 자는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심판청구나 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

⑤ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장이 제3항에서 정한 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황과 제4항에 따라 이의신청, 심판청구나 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.

⑥ 「국세기본법」 제45조의2 제5항 에 따른 원천징수대상자가 지방소득세의 결정 또는 경정의 청구를 하는 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 중 "과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자"는 " 「지방세법」 제103조의13 , 제103조의18, 제103조의29, 제103조의52에 따라 특별징수를 통하여 지방소득세를 납부한 특별징수의무자나 해당 특별징수 대상 소득이 있는 자"로, "법정신고기한이 지난 후"는 " 「지방세법」 제103조의13 , 제103조의29에 따른 지방소득세 특별징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서나 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액"은 "지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서나 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 환급세액"으로, 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 " 「지방세법」 제103조의13 , 제103조의18, 제103조의29, 제103조의52에 따라 특별징수를 통하여 지방소득세를 납부한 특별징수의무자나 해당 특별징수 대상 소득이 있는 자"로 본다.

⑦ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제89조[청구대상] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

2. 제121조 제1항에 따른 통고처분

3. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

4. 과세전적부심사의 청구에 대한 처분

5. 이 법에 따른 과태료의 부과

③ 제1항에 따른 자가 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리 또는 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자

2. 이 법 또는 지방세관계법에 따라 물적납세의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자

3. 보증인

(2) 국세기본법

제6조[천재 등으로 인한 기한의 연장] 관할 세무서장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출 또는 통지를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의7[세무조사의 통지와 연기신청 등] ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

③ 제2항에 따라 연기신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기신청 승인 여부를 결정하고 그 결과(연기 결정 시 연기한 기간을 포함한다)를 조사 개시 전까지 통지하여야 한다.

④ 관할 세무관서의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 제3항에 따라 연기한 기간이 만료되기 전에 조사를 개시할 수 있다.

1. 제2항에 따른 연기 사유가 소멸한 경우

2. 조세채권을 확보하기 위하여 조사를 긴급히 개시할 필요가 있다고 인정되는 경우

⑤ 관할 세무관서의 장은 제4항 제1호의 사유로 조사를 개시하려는 경우에는 조사를 개시하기 5일 전까지 조사를 받을 납세자에게 연기 사유가 소멸한 사실과 조사기간을 통지하여야 한다.

⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하거나 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시할 때 다음 각 호의 구분에 따른 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하는 경우: 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

2. 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시하는 경우: 조사를 긴급히 개시하여야 하는 사유

(3) 국세기본법 시행령

제2조[기한연장의 사유] 법 제6조에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 정전, 프로그램의 오류나 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우

4. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무나 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

5. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

6. 「세무사법」 제2조 제3호 에 따라 납세자의 장부 작성을 대행하는 세무사(같은 법 제16조의4에 따라 등록한 세무법인을 포함한다) 또는 같은 법 제20조의2에 따른 공인회계사( 「공인회계사법」 제24조 에 따라 등록한 회계법인을 포함한다)가 화재, 전화, 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

7. 그 밖에 제1호, 제2호 또는 제5호에 준하는 사유가 있는 경우