전자세금계산서를 이중으로 발급했거나 계약이 해제되면 어떻게 수정하나요?

결론

착오에 의한 전자세금계산서 이중발급은 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제7호에 따라 처음 발급한 세금계산서의 작성일자를 그대로 적어 그 내용대로 음(-)의 표시를 하여 1장만 발급하며, 조문상 별도의 발급기한 제한이 없습니다. 계약해제는 같은 항 제2호에 따라 작성일자를 '계약해제일'로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일을 부기해 붉은색(음의 표시)으로 발급합니다. 최근 개정으로 정비된 부분은 이 두 호가 아니라 **제6호(착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우)의 발급기한이 종전 '확정신고기한까지'에서 '확정신고기한 다음 날부터 1년 이내'로 연장(2022-02-15 시행)**된 점과, 제5호 각 목(세무조사 통지·현지출장·해명안내 통지 등)에 해당해 경정을 미리 알고 있는 경우에는 수정발급이 제한된다는 점입니다.

근거

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  이중발급(제7호) — "착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급"(부가령 제70조 제1항 제7호). 조문 문언상 ① 작성일자는 '처음 발급한 세금계산서의 내용대로'이므로 당초 작성일자를 적고, ② 음(-) 세금계산서 1장만 발급하며(수정분 흑색 발급은 없음), ③ 발급기한이 조문에 명시돼 있지 않습니다. 다만 이 호는 '전자'세금계산서 이중발급을 대상으로 하며, 종이세금계산서 이중발급은 제5호(착오) 처리 여지가 있습니다 — 이 구분의 실무 취급을 직접 확인한 예규는 검색 근거에서 확인되지 않음.

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  계약해제(제2호) — "계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨 또는 음(-)의 표시를 하여 발급"(제70조 제1항 제2호). 즉 당초 작성일이 아니라 해제일이 작성일자이므로, 해제일이 속한 과세기간의 신고에 반영되고 당초 과세기간에 대한 경정청구·수정신고는 원칙적으로 불필요합니다.

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  계약해지·공급가액 증감(제3호) — 계약 전부의 해제가 아니라 해지 등으로 공급가액이 추가·차감되는 경우에는 증감사유 발생일을 작성일로 적습니다(제3호). 계약 취소 후 새 계약 체결로 공급가액이 차감된 사안에서 "증감사유가 발생한 날을 수정세금계산서 작성일자로 적는다"고 회신한 예규가 있습니다(회신일 2016-03-18). 전부 해제(제2호)인지 일부 변경(제3호)인지에 따라 작성일자와 처리가 갈립니다.

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  착오(제5호) vs 착오 외(제6호)의 기한 정비 — 이 부분이 질문하신 '최근 개정'의 핵심입니다.

1. •제5호(착오): 당초분 음(-) + 수정분 흑색 발급. 1년 등 별도 기한 규정이 없으며, 종래 해석도 "경정하여 통지하기 전까지" 교부할 수 있다고 보았습니다(서면인터넷방문상담3팀-629, 2005-05-10 ; 서면인터넷방문상담3팀-799, 2006-05-01).
2. •제6호(착오 외): 재화·용역 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 작성·발급. 종전 '확정신고기한까지'에서 연장된 것으로, 대통령령 제32419호 부칙 제9조(2022-02-15 공포·시행)는 "이 영 시행 전에 재화 또는 용역을 공급한 경우의 발급기한은 제70조제1항제6호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다"는 경과조치를 두고 있습니다. 즉 2022-02-15 이후 공급분부터 1년 규정 적용입니다.
3. •두 기한을 섞지 마십시오. '확정신고기한 다음 날부터 1년'은 착오 외 사유(제6호) 전용이고, 착오(제5호)에는 적용되지 않습니다.

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  공통 제한(경정을 미리 아는 경우) — 제5호·제6호·제9호는 괄호 단서로 ⓐ 세무조사 통지, ⓑ 세무공무원의 현지출장·확인업무 착수, ⓒ 세무서장의 과세자료 해명안내 통지, ⓓ 그 밖에 이와 유사한 경우로서 경정할 것을 미리 알고 있는 경우를 제외합니다(제5호 가~라목). 이 사유가 발생한 뒤에는 착오·착오 외를 불문하고 수정발급이 불가합니다. 종래 예규도 "경정을 받은 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 없다"고 보았습니다(부가46015-2931, 1993-12-16).

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  참고(옛 기준) — 1990년대 예규들은 "국세기본법 제45조의 수정신고기한 내"에 수정교부할 수 있다고 회신했으나(부가46015-2892, 1993-12-10 ; 부가46015-2450, 1994-12-03), 이는 현행 시행령 제70조 체계 이전의 옛 기준이므로 현행 결론의 근거로 삼을 수 없습니다.

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  적법한 세금계산서는 대상 아님 — 당초 세금계산서가 적법하게 발급된 경우에는 수정발급·수정신고·경정청구 모두 불가합니다(부가46015-1699, 1998-07-28; 부가가치세과-1156, 2012-11-23).

유의

• •작성일자 차이가 신고에 미치는 영향: 이중발급(제7호)은 당초 작성일자로 소급 반영되므로 이미 신고한 과세기간이면 수정신고·경정청구가 뒤따를 수 있는 반면, 계약해제(제2호)는 해제일 기준이므로 해제일이 속한 과세기간에서 차감 처리하면 됩니다.
• •가산세: 제70조 각 호에 따라 적법하게 수정발급하면 세금계산서 관련 가산세가 부과되지 않는 것이 실무이나, 지연발급·미발급 가산세와의 관계는 개별 사실관계에 따라 달라집니다 — 이를 직접 정한 조문·예규는 검색 근거에서 확인되지 않음.
• •과세유형 전환: 일반↔간이 전환 후 전환 전 공급분에 제1~3호 사유가 생기면 작성일자를 처음 세금계산서 작성일로 적고 비고란에 사유발생일을 부기합니다(제70조 제2항·제3항). 제3항 개정규정은 2021년 7월 1일 이후 세금계산서를 발급하는 경우부터 적용됩니다(대통령령 제31445호 부칙 제8조).
• •추가 확인 필요: ① 종이(수기)세금계산서를 이중발급한 경우 제7호가 아닌 제5호로 처리하는지 여부 — 근거에서 확인되지 않음. ② 계약해제가 '전부 해제'인지 '해지·감액'인지(제2호/제3호 갈림). ③ 제5호·제6호 단서 사유(세무조사 통지 등) 발생 여부. ④ 제7호의 발급기한에 관한 국세청 해석 — 조문에 명시가 없어 유권해석 확인 권고.
• •시행령 조문은 현재 시점 기준이나, 세금계산서 관련 규정은 개정이 잦으므로 발급 직전 법제처 원문으로 최신 개정 여부를 재확인하시길 권합니다.

관련 쟁점

• •계약해제로 제2호 수정발급 시 당초 과세기간분 경정청구가 필요한 경우와 불필요한 경우의 구분(해제일이 신고 후인 경우 포함).
• •제6호 1년 기한을 도과한 착오 외 오류의 구제수단(경정청구·매입세액공제 가부).
• •이중발급분에 대한 매입자 측 처리 — 이미 공제받은 매입세액의 환원 시기와 가산세 부담 주체.