조심-2025-인-3780 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 서울특별시 OOO에서 건설업(토공사, 철근콘크리트 공사업 등)을 영위하던 법인인데, B과 청구인은 2018.10.23. 쟁점법인의 주식을 인수하면서 쟁점법인의 대표이사(C→청구인) 및 사내이사(B)로 각 취임하였고, 2018사업연도말 현재 쟁점법인의 주식 각 OOO%(B, OOO주), OOO%(청구인, OOO주)를 취득․보유한 주주이며, 이후 2019.5.2. 쟁점법인의 대표이사는 청구인에서 B으로 변경되었다.

나. 쟁점법인이 2020년 사업연도 법인세를 신고하지 아니하자, □□세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2021.11.30. 「법인세법」 제60조 에 따라 쟁점법인의 소득금액을 추계․결정하고, 장부상 청구인의 명의로 계상되어 있는 가지급금 OOO원 및 인정이자 상당액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인에 대한 기타소득으로 소득처분 한 후, 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 위 기타소득 처분금액과 청구인이 2020년에 ㈜D에서 지급받은 근로소득 및 E 등 부동산임대업 외의 사업소득 등을 합산하여 2023.12.1. 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 위 종합소득세 부과처분에 불복하여 2024.3.5. 처분청에 이의신청을 제기하였는데, 처분청은 2024.5.16. ‘쟁점대여금이 누구에게 귀속되었는지, 쟁점법인의 실지 대표이사가 누구인지 그리고 그에 따른 소득처분 대상과 방법, 쟁점법인과의 특수관계가 언제 소멸되었는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 이를 경정’한다는 재조사 결정을 하였는바, 조사청은 이에 따른 재조사를 실시하였고, 재조사 결과 쟁점금액에 대한 소득처분을 2021사업연도 배당소득으로 변경하여 관련 과세자료를 처분청에 재통보하였으며, 처분청은 이에 따라 당초 처분(2020년 귀속분)을 취소한 후, 2025.8.8. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 쟁점법인의 주주로 보아 쟁점법인의 가지급금 등을 청구인에 대한 배당으로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

9. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 재정경제부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

가. 제2조 제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)

나. 제2조 제8항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제60조( 결정 및 경정 ) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조 에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제104조( 추계결정 및 경정 ) ② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

3. 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금

제105조(추계결정ㆍ경정 시의 사업수입금액계산) ② 제1항에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다.

제106조(소득처분) ② 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 이를 기타사외유출로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 법인등기사항증명서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점법인의 대표이사였던 D는 2018.10.23. C에게 쟁점법인의 주식 OOO%와 경영권을 양도하는 계약을 체결하였고, 같은 날 C은 사내이사로, 청구인은 대표이사로 각 취임한 것으로 나타나는데, 관련 쟁점법인의 등기사항일부증명서 내용은 아래 <표1>과 같고, 쟁점계약서는 아래 <표2>와 같으며, 2018사업연도말 현재 쟁점법인의 주주현황은 아래 <표3>과 같다.

<표1> 쟁점법인 등기사항일부증명서

OOO

<표2> 쟁점계약서

OOO

<표3> 쟁점법인의 주주현황

OOO

(나) 국세청에 등록된 청구인과 C의 사업자등록 이력은 아래 <표4>․<표5>와 같다.

<표4> 청구인 사업자등록 이력

OOO

<표5> C 사업자등록 이력

OOO

(다) 청구인과 C의 근로소득 발생 이력은 아래 <표6>․<표7>과 같다.

<표6> 청구인 근로소득 발생 이력

OOO

<표7> C 근로소득 발생 이력

OOO

(라) 쟁점법인의 대표이사 변경 이력은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 쟁점법인의 대표이사 변경 이력

OOO

(마) 쟁점법인의 법인세 신고내용은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 쟁점법인 법인세 신고내용

OOO

(바) 쟁점법인의 법인세 신고서 및 장부상 나타나는 가지급금 등 현황은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 쟁점법인의 가지급금 등 현황

OOO

(2) 쟁점법인의 장부 등을 보면, 2019.3.5. 청구인이 OOO 신탁상품(계좌번호 : OOO) OOO원을 인출해 간 것으로 기재되어 있으나, 처분청의 이의신청 결정에 따른 재조사 과정에서 이에 대한 금융조사는 이루어지지 않아 동 금액이 누구에게 귀속된 것인지는 확인되지 않은 것으로 보이는바, 장부상 나타나는 관련 가지급금 등의 분개내용은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 2019.3.5.자 가지급금 등 분개 내용 등

OOO

(3) 조사청은 쟁점법인이 2020사업연도에 대한 법인세를 신고하지 아니하자, 「법인세법 시행령」 제104조 등에 따라 추계결정을 한 후, 2019사업연도말 현재의 가지급금 OOO원을 청구인에 대한 상여로 소득처분(2020년 귀속분)을 하였다가, 처분청의 이의신청 재조사 결정에 따른 재조사를 실시하여 쟁점금액(OOO원)에 대한 상여를 배당으로, 그 귀속시기를 2020년에서 2021년으로 변경하여 처분청에 과세자료를 재통보하였는데, 조사청의 이의신청 재조사 주요내용은 아래 <표12>와 같다.

<표12> 쟁점법인의 가지급금 등에 대한 조사청의 이의신청 재조사 내용 일부

OOO

(4) 이 상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점법인의 법인등기부상 대표이사로 재직할 당시인 2019.3.5. 쟁점법인의 매도가능증권(OOO원, 쟁점대여금)이 청구인에 대한 가지급금 등으로 회계처리되었고, 청구인은 이를 쟁점법인에게 상환한 사실에 대한 구체적인 증거서류를 제시하지 못하고 있는바, 쟁점대여금을 청구인에게 귀속된 것으로 볼 수 있어 쟁점금액을 쟁점법인의 주주인 청구인에 대한 배당소득으로 처분하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분이 적법하다는 의견이나, 처분청의 당초 이의신청 결정문을 보면, 쟁점금액과 관련하여 ‘ 쟁점대여금이 누구에게 귀속되었는지, 쟁점법인의 실지 대표이사가 누구인지 여부’ 등을 재조사하라는 주문이 있었는데, 2018.10.23. D와 C 간에 체결된 쟁점법인의 주식양도․양수계약서를 보면, C 또는 C이 지정한 주주들에게 별도의 주식 양도․양수계약서 양식에 따라 주식을 양도하기로 한 사실이 나타나고, 쟁점법인의 사내이사인 H은 청구인이 C의 부탁으로 잠시 대표이사로 등재된 것으로 확인하고 있으며, 청구인은 약 6개월 가량 쟁점법인의 대표이사로 등재된 이후 C이 대표이사로 취임한 사실로 미루어 청구인이 쟁점법인의 실지 대표이사가 아니라는 주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구인이 쟁점법인의 대표이사 재직 당시 가지급금 등에 관한 조사청(처분청)의 금융조사가 이루어지지 않아 쟁점금액이 누구에게 귀속되었는지 등이 불분명한 점 등에 비추어, 처분청은 쟁점대여금(OOO원)을 포함하여 쟁점금액 등이 실제 청구인에게 귀속되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.