조심-2025-서-3154 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.9.1. 개업하여 주택임대부동산업 등을 영위하는 법인으로, 2021년 종합부동산세 과세기준일 현재 서울특별시 OOO 외 21개의 공동주택 (이하 “쟁점주택”이라 한다)을 보유하고 있다.

나. 처분청은 2024년 8월 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합 점검을 실시한 결과, 청구법인이 2013.9.16. 서초구청에 한 임대사업자등록이 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제6조(임대사업자 등록의 말소) 제5항에 따라 2020.8.18. 자동말소된 것을 확인하여, 쟁점주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.1.17. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.21. 이의신청을 거쳐, 2025.7.10. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

(3) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18.>

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조( 임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

제6조( 임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

부칙 <2020.8.18. 제17482호>

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산자료상 쟁점주택의 명세는 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점주택의 명세

(단위 : ㎡)

○○○

(2) 처분청은 2021년 과세기준일 현재 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상으로 보아 2021.11.17. 청구법인에게 종합부동산세 OOO원을 결정·고지하였다가, 청구법인이 2021.11.29. 쟁점주택에 대해 장기민간임대주택(10년)으로 재등록하고 2021.12.2. 합산배제 신고서를 제출한 것을 인정하여 2021.12.6. 당초 결정을 취소한 것으로 결의서상 확인된다.

(3) 청구법인은 정상적으로 임대사업을 진행하고 있다는 증빙으로 등록면허세 납부영수증 3매를 그 증빙으로 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 합산배제 신고를 인정한 당초 결정을 번복하고 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 건 종합부동산세 등을 부과한 것은 신의성실의 원칙 등을 위반한 것이고, 청구법인이 서울특별시 서초구청의 일방적인 임대사업자등록 말소 이후에도 임대사업 등록면허세 등을 납부하는 등 실질적으로 계속하여 임대사업을 진행하고 있었음에도 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하고(조심 2016부3139, 2016.10.26., 조심 2021서2042, 2021.6.21. 등 참조), 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인바, 쟁점주택은 2021년 종합부동산세 과세기준일 현재 임대사업자 등록이 말소된 청구법인이 보유하고 있는 주택으로 법 소정의 합산배제 요건을 갖추었다고 보기 어려운 점, 청구법인의 임대사업자등록이 말소된 것은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 의하여 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 민간임대주택법과 「종합부동산세법」 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니한 점, 처분청이 청구법인에게 종합부동산세를 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명이 있었다거나 비과세 관행이 성립될 정도의 정황이 확인되지 않으므로 처분청이 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 점검 결과 기존 결정에 오류가 있음을 발견하고, 이를 바로 잡아 종합부동산세를 경정․고지한 것이 신의성실의 원칙에 위배되었다거나 법적안정성 및 예측가능성에 위배되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2025서3155, 2025.11.4., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.