조심-2025-서-2897 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.5.21. 경기도 하남시 OOO목장용지 1,051 m2(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공익사업의 시행자인 OOO(이하 “공익사업시행자”라 한다)에게 ‘2021.8.25.자 공공용지의 협의취득’을 등기원인으로 수용가액 OOO원(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항 단서에 따라 대토보상)에 양도하고, 2021.8.2. 2021년 귀속 양도소득세 신고 시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2 제1항의 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 쟁점토지의 양도가액 중 OOO원(77.15%)에 해당하는 부분은 세액감면(OOO원)을, 나머지 OOO원(22.85%)에 해당하는 부분은 과세이연을 각각 적용하여 세액감면 및 과세이연신청서를 제출하고, 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 위 청구인의 양도소득세 신고내용을 서면검토한 결과, 쟁점토지에 대한 공익사업시행자가 조특법 제77조의2 제2항에 따른 대토보상 명세를 통보하지 아니한 것을 확인한 후 쟁점토지가 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라고 보아, 2021.10.21. 청구인에게 과세예고통지를 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2021.11.19. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였다.

다. 한편, 처분청은 공익사업시행자가 2021.9.7. 쟁점토지에 대한 대토보상 명세를 통보하였고, 그 제출이 납세협력의무에 지나지 않는데, 동 명세의 지연제출을 이유로 쟁점토지의 양도를 양도소득세 과세특례 적용대상에서 배제할 수는 없다고 보아, 위 과세예고통지를 직권으로 취소하고 2021.12.23. 청구인에게 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지를 하였다.

라. 이후 처분청은 2022.3.16.부터 2022.4.4.까지 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 세액감면과 과세이연의 중복 적용에 따른 적정성 여부를 판단하기 위하여 양도소득세 조사를 실시하였고, 그 과정에서 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 국세청에 과세기준자문을 신청한 후 그 결과에 따라 세무조사결과통지를 받는 것으로 하여 2022.3.31. 청구인으로부터 과세기준자문 납세자 동의서를 제출받고 국세청에 과세기준자문을 신청하였으며, 이후 2022.4.14. 청구인에게 부분종결한다는 내용의 세무조사결과통지(결정 또는 경정할 내용 없음)를 하였다.

마. 처분청은 2025.2.7. 국세청장으로부터 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 세액감면(OOO원 한도)만을 적용하는 것이 타당하다는 과세기준자문 결과내용을 수보한 후, 2025.3.12. 청구인에게 세무조사결과통지를 하였고, 청구인이 과세전적부심사청구를 제기하지 않자 2025.5.7. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.29. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 처분이「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배되는지 여부

② 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제77조의2 공공용지 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 일부는 세액감면을, 나머지는 과세이연을 각각 적용할 수 있는지 여부

③ 납부지연가산세를 감면할 만한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(3) 조세특례제한법 시행령

제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 "대토"라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다.

1. 세액의 감면을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면한다.

해당 토지등의「소득세법」제95조 제1항에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 ÷ 총 보상액

2. 과세이연을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

해당 토지등의「소득세법」제95조 제1항에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 ÷ 총 보상액

② 법 제77조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 “대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 공익사업시행자의 대토보상 명세 등에 따르면, 처분청은 2021년 9월경 청구인의 양도소득세 신고서 접수 후 공익사업시행자가 쟁점토지에 대한 대토보상 명세를 통지누락하였음을 확인하고, 공익사업시행자OOO에게 대토보상 명세 제출을 요청하여 2021. 9.7. 대토보상 명세를 회신받은 것으로 나타난다.

(나) 과세예고통지 등에 따르면, 처분청은 공익사업시행자의 쟁점토지에 대한 대토보상 명세 지연통보가 양도소득세 과세특례 요건에 충족되지 않는다고 보아 2021.10.21. 청구인에게 과세예고통지를 한 것으로 나타난다.

(다) 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지 등에 따르면, 청구인은 위 과세예고통지를 받은 후 2021.11.19. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 공익사업시행자의 대토보상 명세 통보가 납세협력의무에 해당하고, 이를 지연통보하였다는 이유로 청구인의 양도소득세 과세특례 요건에 충족되지 않는 것으로 볼 수 없다고 보아, 위 과세예고통지를 직권으로 취소하고 2021.12.23. 청구인에게 과세전적부심사결정(심사제외결정) 통지를 한 것으로 나타난다.

<과세전적부심사결정서(심사제외결정)>

(라) 등기우편물 송달내역 등에 따르면, 처분청은 2022.3.16.부터 2022.4.4.까지 청구인의 쟁점토지에 대한 세액감면과 과세이연 중복 적용의 적정성 여부에 대한 양도소득세 조사를 실시하는 과정에서 관련 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 청구인으로부터 과세기준자문 납세자 동의서(아래 참조)를 받은 후 2022.4.14. 세무조사결과통지(부분 종결)를 한 것으로 나타난다.

<과세기준자문 납세자 동의서>

(마) 국세청 과세기준자문 관련 자료 및 납세고지서 송달내역 등에 따르면, 처분청은 2025년 2월경 국세청 과세기준자문 결과내용(아래 참조) 수보에 따라 2025.3.12. 청구인에게 세무조사결과통지를 한 후 2025.5.7. 이 건 양도소득세 납세고지를 한 것으로 나타난다.

<과세자문기준 신청 및 회신내용>

(바) 처분청의 청구인에 대한 조사종결보고서상 주요내용은 다음과 같다.

<조사종결보고서상 주요내용>

(2) 2015년 간추린 개정세법에 따르면, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조특법 제77조의2의 개정 취지 등은 다음과 같다.

<조특법 제77조의2의 개정 취지 등>

(3) 청구인은 2025.11.13. 조세심판관회의에 참석하여 이 건 과세기준자문신청일(2022년 3월경) 이후 부과처분일(2025.5.7.)까지의 약 3년여 기간 동안에 상당하는 납부지연가산세는 감면되어야 한다고 항변하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이「국세기본법」제81조의4에 따른 세무조사권 남용금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청은 2021.10.21. 청구인의 양도소득세 신고내용을 서면검토하는 과정에서 공익사업시행자가 조특법 제77조의2 제2항에 따라 대토보상 명세를 지연통보하여 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라고 보아 과세예고통지를 하였다가, 이를 직권으로 취소하고 청구인에게 과세전적부심사 제외통지를 하였는데, 이러한 일련의 행위는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고, 장부 또는 서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 세무조사에 해당한다고 볼 수 없는 점(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임), 처분청은 2022년경 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 세액감면과 과세이연 중복 적용의 적정성 여부에 대한 양도소득세 조사를 실시하는 과정에서 법령 해석상 이견이 있다고 보아, 국세청에 과세기준자문을 신청하여 그 결과에 따라 세무조사결과통지를 받는 것으로 하여 청구인에게 과세기준자문 납세자 동의서를 제출받고, 조사진행상황에 대한 중간통지의 성격으로 세무조사결과통지(부분 종결)를 하였을뿐, 2025.2.7. 과세기준자문 결과통지 수보 후 최종적으로 청구인에게 세무조사결과통지 및 이 건 부과처분을 하였던 것인바, 이는 법령상 취소 사유가 될 정도의 재조사 또는 중복조사에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 조특법 제77조의2 공공용지 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 일부는 세액감면을, 일부는 과세이연을 각각 적용할 수 있다고 주장하나, 조특법 제77조의2 제1항은 “거주자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제127조 제7항은 “거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는바, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조특법 제77조의2의 개정 취지를 살펴보면, 공익사업 대토보상 시 과세이연 대신 세액감면을 신청하는 경우 채권보상 시의 감면율로 인상․적용(당시 15%→20%)하는 것으로 설명(2015년 간추린 개정세법)하고 있는 점 등을 감안할 때, 같은 법 제127조 제7항에 따라 쟁점토지의 대토보상에 따른 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 세액감면과 과세이연 중 어느 하나를 선택․적용함이 타당해 보이고, 쟁점토지의 일부에 대하여 조특법 제77조의2 외에 다른 감면규정을 적용받은 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세 부과처분에 있어 처분청의 과세기준자문 신청일부터 부과처분일(2025.5.7.)까지의 기간에 대한 납부지연가산세는 감면되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 위 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결 참조), 국세청의 과세자문기준 절차의 지연 판단에 대한 특별한 기준이 없는 등 가산세를 감면할 만한 사유에 해당한다고 보기 어렵고, 일반적으로 가산세는 부과제척기간 내에 부과할 수 있는 점, 납부지연가산세의 경우 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일 간의 기간에 대한 이자의 성격도 있고, 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 점(조심 2021서3634, 2022.3.22. 외 다수 참조) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.