조심-2025-서-0068 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.2.13. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “보유주택”이라 한다)를 취득한 후, 2019.10.25. 서울특별시 마포구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여, 2020년 과세기준일(6월 1일) 현재 보유주택과 쟁점주택을 보유하고 있다.

나. 청구인은 쟁점주택을 2017.5.25. 분양권으로 취득 후, 쟁점주택이 완공되자 2019.8.16. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 주택임대사업자 등록 및 2019.9.16. 관할세무서장에게 사업자등록을 하였고, 2019.9.28. 임대차계약을 체결한 후, 2019.10.31.부터 임대를 개시하였다.

다. 처분청은 재산세 부과자료 및 종합부동산세 과세자료에 따라 2020년부터 2023년에 대한 종합부동산세와 농어촌특별세를 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 보유주택과 쟁점주택의 공동주택가격의 합계에서 OOO원(2023년도 OOO원)을 공제한 차액에 공정시장가액비율을 곱하여 과세표준을 산정한 후 아래 <표1>과 같이 각각 부과·고지하였다.

<표1> 처분청의 연도별 종합부동산세⋅농어촌특별세 부과 내역

(단위 : 원)

라. 청구인은 쟁점주택이 조정대상지역 지정(2024.7.24.) 전인 2017.5.25. 분양권 매매계약을 체결하였고, 임대개시 당시 공시가격이 공시되지 않은 주택으로, 「지방세법」제4조 제1항 단서 및 국세청 유권해석에 따라 공시가격으로 “취득세 시가표준액”을 적용하면 OOO원 이하 주택에 해당하여 임대주택 합산배제를 적용하여야 한다고 주장하면서 아래 <표2>와 같이 경정청구하였으나, 처분청은 2024.9.6. 이를 거부하였다.

<표2> 청구인의 연도별 종합부동산세⋅농어촌특별세 경정청구 내역

(단위 : 원)

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.27. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2019.10.31. 임대개시한 쟁점주택에 대하여 2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 2020년 귀속 재산세 과세표준시 적용한 공동주택가액으로 하여 임대주택 합산배제 공시가격 가액(OOO원 이하) 기준을 초과한 것으로 보아 종합부동산세 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인의 2020년 귀속 종합부동산세 주택분 과세대상 물건명세서는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 2020년 귀속 종합부동산세 주택분 과세대상 물건명세 발췌

(단위: 백만원)

(나) 청구인은 쟁점주택을 2017.5.22. 분양가 OOO원, 옵션대금 OOO원, 프리미엄 OOO원을 지급하고 분양권을 취득하였다.

(다) 청구인은 쟁점주택을 2019.8.29. 사용승인, 2020.8.12. 소유권이전등기를 마쳤으며, 연도별 공동주택가격은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점주택 연도별 공시가격 조회

(단위 : 원)

(라) 처분청은 서울특별시 마포구청으로부터 쟁점주택의 2019년 및 2020년 공시가격이 없다는 것을 확인하였다.

(마) 청구인은 2019.10.25. 쟁점주택을 취득하였으며, 쟁점주택의 취득세 과세표준은 OOO원(분양가+옵션대금+분양권 프리미엄)으로, 취득세 감면세액(임대주택 감면 적용) OOO원을 차감한 OOO원을 취득세로 납부하였고, 해당 취득세 납부확인서에 시가표준액 OOO원이 기재되어 있다.

<청구인의 쟁점주택 취득세 납부확인서>

(바) 청구인은 아래 <표5>와 같이 ‘준공공임대’ 및 ‘장기일반 민간임대주택’ 임대사업을 영위하였으나, 쟁점주택은 2023.10.25. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제1항 제11호에 따라 자진말소하였고, 현재는 전라남도 나주 소재 아파트만을 장기일반 민간임대주택으로 등록하여 임대사업을 영위하고 있다.

<표5> 청구인 임대사업 현황

(사) 청구인은 2019.10.31. 쟁점주택을 임대하였으며, 임대당시에는 쟁점주택의 공시가격이 OOO원을 초과할 것으로 예상하여 합산배제 신고하지 않았으나, 추후 관련 유권해석을 확인하고 2024.7.15. 2020년 귀속 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고서를 제출하면서 2020∼2023년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 경정청구하였으나, 처분청은 2024.9.6. 이를 거부한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 임대개시일 기준 공동주택 공시가격이 존재하지 아니하므로 취득세 납부확인서에 기재된 시가표준액을 기준으로 종합부동산세 합산배제 대상 여부를 판단하여야 한다고 주장하나,

「종합부동산세법」 제7조 제1항 에서 종합부동산세의 납세의무자는 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자가 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 OOO원을 초과한 자로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항 제8호 가목에서 “합산배제 임대주택의 요건 중 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 OOO원 이하일 것”을 규정하고 있는바,

종합부동산세의 입법 및 과세체계 등을 감안할 때 종합부동산세 과세표준 계산시 합산배제 여부는 종합부동산세 납세의무 성립 당시를 기준으로 임대한 쟁점주택의 공시가격으로 판단하는 것이 합리적인 점, 쟁점주택은 임대개시일이 속하는 사업연도는 공시가격이 존재하지 아니하나 최초 과세기준일이 속하는 사업연도의 재산세 과세표준이 존재하고 있는 점, 종합부동산세 과세대상은 공시가격을 기준으로 하는바, 합산배제 공시가격 요건은 임대개시일 또는 합산배제를 신고한 과세기준일로 되어 있으므로 이 중에서 어느 하나의 공시가격이 있다면 이를 적용하는 것으로 해석하는 것이 타당하다고 보이는 점, 공동주택 공시가격이 존재하지 아니한 경우 「종합부동산세법」 제2조 제9호 단서 및 「지방세법」 제4조 제1항 단서에 따라 공동주택 가격을 산정해야 함에도 관할 구청에서는 같은 조 제2항에 따라 건축물에 대한 시가표준액으로 산정한 점, 청구주장과 같이 우선적으로 임대개시일로만 해석하는 경우에는 합산배제를 신고한 과세기준일은 적용할 여지가 없어지는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 2020년 귀속 종합부동산세 최초 과세기준일 현재 재산세 과세표준인 공동주택가격OOO을 기준으로 하여 쟁점주택을 합산배제대상에서 제외되는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기 본 법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.

<별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 일부 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

(3) 종합부동산세법 시행령(2022.9.23. 대통령령 제32918호로 일부 개정된 것)

제10조(추징액 등) ① 법 제17조 제5항 제1호에 따라 추징해야 하는 경감받은 세액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하지 않는다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제1항 제11호 또는 같은 조 제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(4) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 일부 개정된 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액) ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다.

② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.

제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

(5) 지방세법 시행령(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 일부 개정된 것)

제2조(토지 및 주택의 시가표준액) 「지방세법」(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항 본문에 따른 토지 및 주택의 시가표준액은 「지방세기본법」제34조에 따른 세목별 납세의무의 성립시기 당시에 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격으로 한다.

제3조(공시되지 아니한 공동주택가격의 산정가액) 법 제4조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 지역별ㆍ단지별ㆍ면적별ㆍ층별 특성 및 거래가격 등을 고려하여 행정안전부장관이 정하는 기준을 말한다. 이 경우 행정안전부장관은 미리 관계 전문가의 의견을 들어야 한다.

제4조(건축물 등의 시가표준액 결정 등) ① 법 제4조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 과세대상별 구체적 특성을 고려하여 다음 각 호의 방식에 따라 행정안전부장관이 정하는 기준을 말한다.

1. 건축물: 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 나목에 따라 산정ㆍ고시하는 건물신축가격기준액에 다음 각 목의 사항을 적용한다.

가. 건물의 구조별ㆍ용도별ㆍ위치별 지수

나. 건물의 경과연수별 잔존가치율

다. 건물의 규모ㆍ형태ㆍ특수한 부대설비 등의 유무 및 그 밖의 여건에 따른 가감산율(加減算率)

② 제1항 제11호에 따른 건축물에 딸린 시설물(이하 이 항에서 “시설물”이라 한다)의 시가표준액을 적용할 때 그 시설물이 주거와 주거 외의 용도로 함께 쓰이고 있는 건축물의 시설물인 경우에는 그 건축물의 연면적 중 주거와 주거 외의 용도 부분의 점유비율에 따라 제1항 제11호에 따른 시가표준액을 나누어 적용한다.

③ 법 제4조 제2항에 따른 건축물, 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 매년 1월 1일 현재 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)이 제1항의 행정안전부장관이 정하는 기준에 따라 산정하여 특별자치시장 및 특별자치도지사는 직접 결정하고, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(특별자치시장 및 특별자치도지사는 제외한다)은 특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사(이하 이 조에서 “도지사”라 한다)의 승인을 받아 결정한다. 다만, 시가의 변동 또는 그 밖의 사유로 이미 결정한 시가표준액을 그대로 적용하는 것이 불합리하다고 인정되는 경우에는 도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사는 행정안전부장관의 승인을 받아 해당 시가표준액을 변경결정할 수 있다.

④ 도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사는 제3항에 따라 시가표준액을 승인하거나 변경결정할 때 필요하다고 인정되는 경우에는 관할 지방국세청장과 협의할 수 있다.

⑤ 행정안전부장관은 제3항 본문에 따라 결정된 시가표준액에 대하여 조정이 필요하다고 인정되는 경우에는 국세청장과 협의하여 조정기준을 정한 후 해당 도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사에게 통보할 수 있다.

⑥ 도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사는 제3항에 따라 승인하거나 변경결정한 시가표준액을 관할 지방법원장에게 통보하여야 한다.

⑦ 제3항 본문에 따라 결정된 시가표준액은 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 고시하고, 같은 항 단서에 따라 변경결정된 시가표준액은 도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사가 고시하여 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

⑧ 행정안전부장관은 제1항ㆍ제3항 또는 제5항에 따라 시가표준액에 관한 기준을 정하거나 승인을 할 때에는 미리 관계 전문가의 의견을 들어야 한다.

(6) 소득세법

제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(7) 국세기본법

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(8) 민간임대주택에 관한 특별법(2023.3.28. 법률 제19313호로 일부 개정된 것)

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

(9) 부동산 가격공시에 관한 법률

제16조(표준주택가격의 조사ㆍ산정 및 공시 등) ① 국토교통부장관은 용도지역, 건물구조 등이 일반적으로 유사하다고 인정되는 일단의 단독주택 중에서 선정한 표준주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격(이하 "표준주택가격"이라 한다)을 조사ㆍ산정하고, 제24조에 따른 중앙부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 이를 공시하여야 한다.

④ 국토교통부장관은 제1항에 따라 표준주택가격을 조사ㆍ산정하고자 할 때에는 「한국감정원법」에 따른 한국감정원(이하 "감정원"이라 한다)에 의뢰한다.

⑥ 국토교통부장관은 제17조에 따른 개별주택가격의 산정을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 표준주택과 산정대상 개별주택의 가격형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하 "주택가격비준표"라 한다)를 작성하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 제공하여야 한다.

제17조(개별주택가격의 결정ㆍ공시 등) ① 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제25조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 매년 표준주택가격의 공시기준일 현재 관할 구역 안의 개별주택의 가격(이하 "개별주택가격"이라 한다)을 결정ㆍ공시하고, 이를 관계 행정기관 등에 제공하여야 한다.

⑤ 시장ㆍ군수 또는 구청장이 개별주택가격을 결정ㆍ공시하는 경우에는 해당 주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준주택가격을 기준으로 주택가격비준표를 사용하여 가격을 산정하되, 해당 주택의 가격과 표준주택가격이 균형을 유지하도록 하여야 한다.

제18조(공동주택가격의 조사ㆍ산정 및 공시 등) ① 국토교통부장관은 공동주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격(이하 "공동주택가격"이라 한다)을 조사ㆍ산정하여 제24조에 따른 중앙부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 공시하고, 이를 관계 행정기관 등에 제공하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장이 국토교통부장관과 협의하여 공동주택가격을 별도로 결정ㆍ고시하는 경우는 제외한다.

⑥ 국토교통부장관이 제1항에 따라 공동주택가격을 조사ㆍ산정하고자 할 때에는 감정원에 의뢰한다.

제45조(공동