조심-2024-인-4697 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.9.6.부터 경기도 양주시 OOO에서 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 복지시설 관리운영 및 컨설팅업을 운영하였다.

나. 청구인은 2017.9.11. ㈜A(이하 “양도법인 본점”이라 한다)로부터 경기도 양주시 OOO 외 4필지 1,378㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상에 건축허가 및 건축 중인 준공 전 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하는 계약을 체결하였고, 2018.10.5. ㈜A지점(이하 “양도법인”이라 한다)과 쟁점부동산 매매계약을 다시 체결하였으며, 2019년 1월경 양도법인과 사업(부동산) 포괄 양도․양수 계약(이하 “쟁점계약”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)을 체결하고, 2019.2.8. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 및 2019.2.14. 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 이후 청구인은 2019.2.28. 쟁점부동산 소재지에서 쟁점사업장과는 별도로 OOO(면세사업자)을 개업하여 현재까지 운영 중이다.

라. 한편, 양도법인은 2018년 제1기부터 2019년 제1기까지 쟁점건물 신축에 따른 부가가치세 OOO원을 신고하여 환급받은 후 2019.3.31. 사업의 포괄 양도를 사유로 폐업하였다.

마. 처분청은 쟁점사업장에 대한 서면확인 결과, 청구인이 포괄 양수로 취득한 쟁점부동산을 면세사업에 전용한 것으로 보아 2024.2.7. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.15. 이의신청을 거쳐 2024.7.31. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점부동산을 포괄양수한 후 면세사업에 전용한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것)

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제9항 제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

3. 제21조 제2항 제3호에 따른 수출에 해당하여 영(零) 퍼센트의 세율을 적용받는 재화

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

나. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

다. 수탁자가 변경되어 새로운 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정된 사항 외에 재화 공급의 특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우 : 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액

6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

(3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것)

제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

전 사업장의 면세공급가액

전 사업장의 총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 쟁점사업장에 대한 2019년 제1기 부가가치세 경정내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 부가가치세 경정내역

ㅇㅇㅇ

* 세금계산서 수취내역 및 매입세액공제 받은 사실 없음

(나) 쟁점사업장의 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 부가가치세 신고내역

구분 | 신고내역 | 신고일자 | 2018년 제2기 | 무실적 신고

2019.1.25.

2019년 제1기

무실적 신고

2019.7.17.

2019년 제2기

무실적 신고

2020.1.7.

2020년 제1기

무실적 신고

2020.7.9.

2020년 제2기

무실적 신고

2021.1.11.

2021년 제1기

무실적 신고

2021.7.22.

2021년 제2기

무실적 신고

2022.1.3.

2022년 제1기 | 무신고 | - | 2022년 제2기 | 무실적 신고

2023.1.12.

(다) 청구인의 사업이력은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구인의 사업이력

상호 | 구분 | 소재지 | 업종 | 개업일자 | (성립일자) | 폐업일자 | (탈퇴일자) | 비고 | C | 면세 | 서울 중랑 | 서비스/보육시설운영

1994.1.5.

2021.2.28.

B㈜

법인

서울 마포

서비스/빌딩관리

1998.2.7.

2002.12.1.

㈜A

법인

경기 용인

서비스/노유자시설관리 운영 및 컨설팅

2017.3.3.

(2017.10.20.)

계속사업자 (2018.12.18.)

양도법인 본점

면세

서울 중랑

부동산/임대

2018.2.27.

계속사업자

㈜A지점

법인

경기 양주

서비스/노유자시설관리 및 컨설팅

2018.4.2.

(2018.4.2.)

2019.3.31.

(2018.12.25.) | 양도법인 | A * | 일반 | 경기 양주

서비스/복지시설 관리운영 및 컨설팅

2018.9.6.

2018.9.6.

쟁점사업장 | D | 면세 | 경기 양주 | 서비스/노인요양복지시설 운영

2019.2.28.

계속사업자 | E | 면세 | 서울 중랑 | 건설/주택신축판매

2021.4.23.

계속사업자

* 쟁점사업장은 개업일인 2018.9.6.을 폐업일로 하여 2024.4.23. 폐업신고함

(라) 청구인은 2018.9.6. 상호를 ‘F’, 주업종을 서비스업(복지시설 관리운영 및 컨설팅)으로 하여 사업자등록 신청을 하였고, 이후 상호를 ‘A’, 사업장 소재지를 쟁점부동산 소재지(타가 16㎡, 임대차 계약기간 : 2018.10.25.〜2019.10.24., 보증금 OOO원)로 하여 사업자등록 정정신고를 하였다.

사업자등록 정정신고 시 제출한 상가건물 임대차 표준계약서에는 양도법인으로부터 쟁점부동산 중 16㎡를 임차하는 것으로 기재되어 있고, 경기도 양주시장이 발급한 개발행위(변경)허가증은 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

(마) 양도법인의 사업자등록 기본사항과 양도법인 본점의 등기사항전부증명서는 다음과 같다.

<표4> 양도법인의 사업자등록 기본사항

·상 호

㈜A지점

·개업일자

2017.11.16.

·대표이사

B

·폐업일자

2019.3.31.

· 사 업 장 | 경기 양주 OOO | ·폐업사유 | 양도·양수 폐업 | ·주 업 태 | 서비스업 | ·주 종 목 | 노유자 시설관리 및 컨설팅 | ·부 업 태1 | 부동산임대업 | ·부 종 목1 | 비주거용 건물 | ·부 업 태2 | 부동산업 | ·부 종 목2 | 매매 | ·비 고

2018.12.26. 청구인에서 B로 대표이사 변경됨

ㅇㅇㅇ

(바) 청구인과 양도법인 본점이 2017.9.11. 작성한 쟁점부동산 매매계약서(1차)의 내용은 다음과 같다.

<표5> 쟁점부동산 매매계약서(1차)

ㅇㅇㅇ

(사) 청구인과 양도법인이 2018.10.5. 작성한 쟁점부동산 매매계약서(2차)의 내용은 다음과 같다.

<표5> 쟁점부동산 매매계약서(1차)

ㅇㅇㅇ

(아) 쟁점계약서는 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

(자) 양도법인 본점이 2017.11.14. 제출한 건축․대수선․용도 변경허가신청서에 따르면, 건축주는 양도법인 본점, 신축 예정인 쟁점건물의 주용도는 노유자시설(노인복지시설)로 기재되어 있다.

(차) 청구인은 2018.10.26. 경기도 양주시장으로부터 OOO에 대한 장기요양기관지정서를 교부받았고, 2019.2.28. 면세사업자로 사업자등록한 사실이 확인된다. 또한, 쟁점부동산에 대하여 부과되는 취득세를 100% 감면받은 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래가 양도법인 본점의 실제 대표자인 A이 주도하여 이루어진 것이고, 이를 「부가가치세법」상 사업의 포괄양수도 거래로 볼 수 없다고 주장하나,

쟁점계약서에 따르면 청구인과 양도법인은 2019.2.14.을 기준일로 하여 쟁점부동산에 대한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도․양수하기로 하면서 구체적으로 건물분 부가가치세를 포괄 양도․양수하는 것으로 명시하였고, 대금지불 조건은 부동산매매계약서상에 의한 계약대로 정산한다고 하여 부동산매매계약과는 별개로 사업 포괄 양도․양수 계약을 체결한 것으로 나타나는 점, 포괄양도 시점의 양도법인의 업종은 ‘서비스업(노유자시설관리 및 컨설팅)’이고, 청구인의 업종 또한 ‘서비스업(복지시설 관리운영 및 컨설팅)’으로 동일한 점, 양도법인은 쟁점계약에 따라 쟁점건물에 대한 부가가치세를 거래징수하지 않았고, 쟁점계약을 근거로 2019.3.31. 폐업한 점, 양도법인 본점 및 양도법인의 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 2017.10.20.부터 2018.12.19.까지 양도법인 본점의 대표이사로, 2018.4.2.부터 2018.12.26.까지 양도법인의 대표이사로 등재되어 있었는바, 청구인이 요양원 신축 또는 노유자시설관리 및 컨설팅과 관련된 과세사업에 직접 관여하였을 가능성을 배제할 수 없는 점, 청구인은 양도법인 본점의 실제 대표자인 A의 지시에 따라 쟁점사업장을 개업하였고, 쟁점계약도 A의 주도하에 체결하였다고 주장하나, 이를 객관적으로 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.