조심-2024-서-4656 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.5.29. 매매로 취득한 인천광역시 강화군 OOO 토지(1,167㎡) 및 건물(237.71㎡, 이하 “기타건물”이라 한다), 같은 리 878-4 · 10 토 지 2필지와 같은 리 878-7 토지(424㎡) 및 단독주택(44.86㎡, 취득 당시 무 허가 건물로 2013.9.17. 소유권보존등기 되었으며 이하 “쟁점주택”이라 하고, 위 토지 4필지 및 건물과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2022.1.28. ㈜A에게 매매가액 OOO원에 일괄 양도한 후, 2022.3.30. 아래 <표1>과 같이 쟁점부동산별 양도가액을 구분하고 양도차익을 산정하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

<표1> 쟁점부동산 양도가액 등 구분 내역

나. 처분청은 2023.9.15.부터 2023.10.4.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산 일괄 양도 시 구분 기장한 토지 및 건물가액이 기준시가 등으로 안분계산한 가액과 비교하여 100분의 30 이상 차이가 있어 쟁점주택의 토지·건물 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 쟁점부동산의 양도가액을 아래 <표2>와 같이 기준시가로 재계산하고, 기타건물 관련 필요경비(명도비용) OOO원(이하 “쟁점명도비”라 한다)을 부인하는 등 하여 2024.2.6. 청구인에게 2022 년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

<표2> 기준시가 재계산 내역

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.12. 이의신청을 거쳐 2024.8.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 일괄양도한 토지와 건물(쟁점부동산)의 가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점명도비를 양도 관련 필요경비로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정된 것)

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및「법인세법」제121조에 따른 계산서

2.「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서

3.「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다)

(2) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)

제163조【양도자산의 필요경비】⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 부가가치세법

제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(단서 생략)

(4) 부가가치세법 시행령

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 지적도에 의해 확인되는 쟁점부동산 현황과 등기사항전부증명서 등 공부에 의해 확인되는 취득·양도 당시 지목·면 적·소유권보존등기 현황 내역 등에 의하면, 쟁점주택은 인천광역시 강화군 OOO 토지 상에, 기타건물은 같은 리 878-3 토지 상에 위치한 것으로 나타나고, 쟁점부동산 중 인천광역시 강화군 OOO 도로는 취득 당시에는 면적이 149㎡였다가 2015.7.17.자로 73㎡가 분할되어 분리된 후 2020.5.29.자 지적 재조사로 3.8㎡가 증가되었으며, 같은 리 878-7 임야는 2013.8.8. 826㎡가 같은 리 878-10로 분할된 후 나머지 424㎡는 2013.9.26.자로 지목이 임야에서 대지로 변경되었고, 2013.8.8. 같은 리 878-10으로 분할된 임야 826㎡는 2020.5.29.자 지적재조사로 면적이 93.5㎡ 증가되었으며, 쟁점주택과 기타건물(펜션 사용) 모두 공부상 단독주택으로 기재된 것으로 나타나고, 취득시 무허가건물이었던 쟁점주택은 2013.9.17.자로 소유권보존등기된 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 2009.5.29. 매매로 취득한 쟁점부동산을 2022.1.28. ㈜A에게 매매가액 OOO원에 일괄 양도하였는바, 쟁점부동산의 양도와 관련하여 쌍방간에 2022.1.5. 작성한 매매계약서에 의하면 토지 지번별로 양도대금이 구분되어 기재되어 있으며, 양도소득세 예정신고서의 양도물건 기재내역과 달리 기타건물과 쟁점주택은 토지에 포함되어 기재되어 있고, 기타건물 관련 쟁점명도비 관련 사항은 기재되지 않은 것으로 나타난다( 쌍방간에 2021.8.5. 작성한 쟁점부동산 매매계약서에는 부동산별 가액구분이 되어 있지 아니하고, 중개업자도 다른 것으로 나타나며, 매매가액은 동일한 것으로 나타남).

(3) 쟁점부동산의 취득 당시 매매계약서와 토지대장, 일반건축물대장 등에 의하면, 청구인은 2009.5.29. B으로부터 매매가액 OOO원에 쟁점부동산을 일괄 매수하였는데, 이 중 인천광역시 강화군 OOO 토지와 같은 리 878-10 토지는 2020.5.29.자 지적재조사로 면적이 증가한 것으로 토지대장 상 확인되고, 같은 리 878-7 지상의 무허가주택(쟁점주택) 사용승인일자는 1982년으로 기재되어 있으며, 관할 지방자치단체장의 양성화 조치에 따라 2013.9.17.자 소유권보존등기가 된 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점주택이 취득시에는 무허가 건물이었으나 청구인이 신축하다시피 하여 한옥으로 개조하여 양성화하였고, 쟁점부동산 중 다른 토지들이 가파른 경사면에 위치한 반면, 쟁점주택은 민머루해수욕장에 접한 평지에 위치하여 양도가액을 OOO원으로 산정한 것이 절대로 과대평가 되었다고 볼 수 없다고 주장하며 그 증빙으로 쟁점주택과 해수욕장, 기타건물 등이 촬영된 현장사진을 제출하였다.

(5) 청구인은 기타건물의 임차인에게 쟁점명도비를 실제 지출한 사실이 있다고 주장하며 그 증빙으로 기타건물 임대차계약서와 공증사무소에서 공증받은 합의서, 임차인의 쟁점명도비 수령 영수증, 쟁점명도비 지출 관련 금융거래내역서 등을 제출하였는바, 청구인과 임차인 간에 2021.4.3. 작성(당초 계약서 분실하여 재작성)한 기타건물 임대차계약서에는 ‘본 건물이 매매될 시 임차기간 중에도 하시라도 조건없이 임차인은 철수한다’는 내용이 기재되어 있고, 경기도 김포시 소재 공증사무소에서 2021.9.10. 공증(등부 2021년 OOO)받은 합의서(청구인과 임차인 간에 2021.8.27. 작성)에는 ‘1. C 펜센(기타건물) 내 1층 한옥주택은 2021.9.26.까지 영업종료 후 27일 멸실 후 2021.9.27. 임대보증금 중 일부 OOO원을 임차인에게 지불한다. 2. C 펜션(기타건물) 전체 건물을 2021.12.31.까지 영업 종료후 건물 인도와 동시 나머지 잔금 OOO원을 임차인에게 지불한다.’라고 기재되어 있으며, 임차인 이00이 2022.6.1. 작성한 명도비 영수증에는 ‘임대계약 : OOO원, 명도비 : OOO원 합계 OOO원’을 명도비로 정히 영수하였다고 기재되어 있고, 청구인의 OOO 계좌(2020********) 거래내역조회서(기간 : 2021.4.1.∼2022.2.10.)에는 청구인이 임차인 이00에게 2021.12.31. OOO원, 2022.1.6. OOO원 합계 OOO원을 이체 송금한 것으로 나타난다.

(6) 국세통합전산망 조회자료에 의하여 확인되는 쟁점부동산 중 기타건물의 사업자등록현황은 아래 <표3>과 같은 바, 펜션으로 운영 중인 기타건물의 사업자등록 명의는 임차인이 아닌 청구인 것으로 나타난다.

<표3> 기타건물(펜션) 사업자등록 현황

상 호

석모도 C

개 업 일

2016.11.4.

성 명

청구인

사업자상태

2022.3.3. 폐업

업종/종목 | 숙박업/민박 | 휴·폐업 사유 | 신고 기타(폐업) | 사업장소재지 | 인천광역시 강화군 OOO

(7) 쟁점부동산을 양수한 법인의 사업자등록 내역은 아래 <표4>와 같은바, 개업 이후 업종변경 이력이 없고, 2022사업연도 법인세 신고서에 의하면 업태 및 종목은 숙박 및 음식점업/커피 전문점으로 개재되어 있다.

<표4> 쟁점부동산 양수법인 사업자등록 현황

상 호

주식회사 ○○○

개 업 일

2021.5.7.

성 명 | 임00 | 사업자상태 | 계속사업자 | 업종/종목

숙박 및 음식점업 / 기타 비알코올 음료점업

사업장소재지 | 정정이력 | 당초(2021.5.7.) | 강원도 고성군 OOO *** | 정정(2022.2.14.) | 인천시 강화군 OOO

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 매매계약서에 기재된 매매물건 별 양도가액이 실제 가치가 반영된 실거래가액이고, 쟁점주택의 경우 과대평가된 금액이 아니므로 처분청이 쟁점부동산 양도가액을 기준시가로 재계산한 것은 부당하다고 주장하나,「소득세법」제100조 제2항에서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 하고 있고, 같은 조 제3항에서는 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 하고 있는바, 청구인이 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 작성한 매매계약서 상 구분기재 양도가액이 관련 법령에 따라 기준시가로 안분하여 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보이는 점, 소득세 관련 법령 등에 토지와 건물 등의 위치와 현황 등을 고려하여 시가에 차이가 있는 경우 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항 등의 적용을 배제한다는 내용이 별도로 규정되어 있지 아니한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(9) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점명도비가 양도를 위해서 필수적으로 지불하여야 하는 비용에 해당하고, 그 지불내역도 금융증빙 등에 의해 확인되므로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 양도자가 지출하는 명도비가 필요경비로서 양도가액에서 공제되기 위해서는 부동산 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비로서 양도자가 그 지출에 관하여 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등 증명서류를 수취‧보관하거나, 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우에 해당하여야 하는 것인바, 쟁점부동산 매매계약서에 명도와 관련하여 청구인이 인도의무를 이행하기 위한 계약조건(명도 불이행 시 계약해지 및 위약금 등)이 기재되어 있지 아니하고, 기타건물의 임대차계약서 특약사항에 ‘본 건물이 매매될 시 임차기간 중에도 하시라도 조건없이 임차인은 철수한다’는 내용이 기재되어 있어 쟁점명도비가 인도의무를 이행하기 위해 지급된 비용이라기 보다는 청구인이 법적인 지급의무 없이 임차인과의 원만한 합의를 위해 지급한 것으로 보이는 점, 청구인이 임차인에게 63백만원을 지급한 사실이 확인되나, 쟁점명도비와 금액이 일치하지 아니하고, 쟁점명도비가 임차한 기타건물의 신고 양도가액이나 임대보증금(2천만원) 등에 견주어 지나치게 과다 해 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.