조심-2024-서-4212 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 부동산업 및 부동산매매업 등을 영위하는 개인사업자로, 2018.2.29. 서울특별시 서초구 OOO 소재 사업시설인 OOO의 총 35개호(지하 1층 33개호 및 지하 2층 2개호, 이하 “쟁점상가”라 한다)를 공매로 취득하여 2018년 총 11개호를 분양하고 관련 공통원가를 분양면적을 기준으로 안분하여 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급받았다.

나. OO세무서장은 2021.12.15.〜2022.1.29. 기간 동안 청구인에 대한 부가가치세 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 2018년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 A(이하 “쟁점분양대행사”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서 총 5매를 수취한 것으로 보아 공급가액 OOO원에 대한 매입세액을 불공제하여 2022.3.2. 청구인에게 2018년 제2기 부가가치세를 경정·고지하는 한편, 관련 소득세 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구인이 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 필요경비에 산입한 위 사실과 다른 세금계산서 수취분 공급가액 OOO원을 필요경비 불산입하여 2023.12.4. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.2.5. 이의신청을 거쳐 2024.7.12. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점상가의 분양원가 산정 시 분양면적이 아닌 분양예정가액 비율로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

② 계약해지된 미분양상가에 대한 분양수수료를 취득원가가 아닌 당기비용으로 보아 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

② 거주자가 매입·제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다.

⑤ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

제70조【종합소득과세표준 확정신고】④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

2. 종합소득금액 계산의 기초가 된 총수입금액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것

3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서

(2) 소득세법 시행령

제55조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

(3) 건축물의 분양에 관한 법률

제5조【분양신고】① 분양사업자는 건축물을 분양하려는 경우에는 「건축법」 제11조 에 따른 허가권자(이하 “허가권자”라 한다)에게 신고하여야 한다.

② 분양사업자는 제1항에 따라 분양신고를 할 때에는 신탁계약서, 대리사무계약서, 대지의 등기사항증명서 등 대통령령으로 정하는 서류를 갖추어 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 허가권자가 「전자정부법」 제36조 제1항 에 따라 행정정보의 공동이용을 통하여 확인한 서류의 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 주택법

제15조【사업계획의 승인】① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 “사업계획승인권자”라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조부터 제19조까지 및 제21조에서 같다)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 사업계획승인을 받으려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 사업계획승인권자에게 제출하여야 한다.

③ 주택건설사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택단지를 공구별로 분할하여 주택을 건설·공급할 수 있다. 이 경우 제2항에 따른 서류와 함께 다음 각 호의 서류를 첨부하여 사업계획승인권자에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다.

1. 공구별 공사계획서

2. 입주자모집계획서

3. 사용검사계획서

④ 제1항 또는 제3항에 따라 승인받은 사업계획을 변경하려면 사업계획승인권자로부터 변경승인을 받아야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항 또는 제3항의 사업계획은 쾌적하고 문화적인 주거생활을 하는 데에 적합하도록 수립되어야 하며, 그 사업계획에는 부대시설 및 복리시설의 설치에 관한 계획 등이 포함되어야 한다.

⑥ 사업계획승인권자는 제1항 또는 제3항에 따라 사업계획을 승인하였을 때에는 이에 관한 사항을 고시하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관은 관할 시장·군수·구청장에게, 특별시장, 광역시장 또는 도지사는 관할 시장, 군수 또는 구청장에게 각각 사업계획승인서 및 관계 서류의 사본을 지체 없이 송부하여야 한다.

(5) 소득세 집행기준

27-55-7【층별·용도별 분양금액을 달리하는 건물의 매출원가】상가신축판매업의 경우 분양되는 상가의 취득가액은 원칙적으로 개별원가계산방법 또는 분양면적 비율에 의한 안분계산방법에 의하는 것이나, 각 상가의 층별·위치별·용도별 분양금액이 다르고 전체 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의해 명백히 확인되는 경우에는 분양예정가액 비율에 의하여 안분계산한 금액으로 할 수 있는 것이며, 이 경우 원가계산방법은 해당 상가의 분양이 완료될 때까지 계속 적용해야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점분양대행사로부터 수취한 세금계산서상 공급가액 OOO원을 필요경비에 산입하여 2018년 귀속 종합소득세를 신고하였으나, 처분청은 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액 상당액을 필요경비 불산입하여 아래 <표1>과 같이 청구인에게 이 건 종합소득세를 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 종합소득세 신고 및 경정 내역

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다

(가) 청구인은 2018.2.1.부터 현재까지 서울특별시 OO구 OOO, 판매시설 및 운동시설동 지하 101호 및 201호(OOO)를 사업장 소재지로 하고 상호를 ‘E’으로 하여 비거주용 건물 개발 및 공급업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하여 쟁점상가 중 일부를 분양하고 잔여분 14개호를 운동시설 및 상가 등으로 임대 중인 것으로 나타나는바, 쟁점상가와 관련한 청구인의 사업자등록 이력은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 사업자등록 신청 및 변경 이력

구분 | 신청일자 | 주업종 | 부업종 | 신규 신청

2018.2.1.

부동산업

비주거용 건물임대업

업종 추가

2019.3.7.

부동산업

부동산 매매업

업종 추가

2021.12.8.

서비스업

골프연습장 운영업

(나) 쟁점상가에 대한 등기사항전부증명서 및 건축물대장에 의하면, 쟁점상가[지하 1층 : B101호부터 B133호까지(33개호), 지하 2층 : B201호] 중 분양완료(11개호)한 것을 제외한 나머지 23개호를 청구인이 소유하고 있는 것으로 확인되고, 2018.8.30. 지하 1층 B101호가 B101호부터 B133호까지 총 33개호로 분할된 것으로 등재되어 있다.

(다) OOO감정평가법인이 쟁점상가가 공매되기 전인 2017.2.7. 작성한 감정평가서에 의하면 ‘F’의 개요는 아래 <표3>과 같다.

<표3> F의 개요

(단위 : ㎡)

건축물 명칭 | 용도 | 층수 | 연면적 | 세대수 | F 101동 | 공동주택(아파트) | 업무시설(오피스텔) | 지상 25층 | 13,553.04 | 47 | F 102동 | 공동주택(아파트) | 지상 25층 | 12,523.62 | 67 | F 103동 | 공동주택(아파트) | 지상 20층 | 6,577.51 | 37 | F 104동 | 공동주택(아파트) | 지상 23층 | 4,218.86 | 19 | 판매시설 및 운동시설동 | 판매시설(상점), 운동시설 | 지하 4층/ | 지상 2층 | 32,119.87 | 6

(라) 청구인은 2018.2.9. 주식회사 OOO자산신탁으로부터 쟁점상가를 공매로 취득하여 아래 <표4>와 같이 그 중 11개호는 분양을 완료(2019.3.31.〜2018.11.21.)하였고, 3개호는 분양계약이 체결되었으나 해지되는 등 총 24개호는 현재까지 미분양 상태로 보유하고 있다.

<표4> 쟁점상가 분양 내역 등

(마) 청구인이 쟁점상가 분양 시 적용하는 평당 분양가는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점상가 평당 분양가

(바) 청구인은 쟁점상가 중 11개호를 2018년에 분양함에 따라 분양수입이 발생하였고, 그에 대응하는 분양원가를 계산함에 있어 아래 <표6>과 같이 분양수수료와 같은 직접원가를 제외한 공통원가를 면적 비율로 안분하여 종합소득세를 신고하였으나, 이 건 심판청구 시 위 공통원가를 아래 <표7>과 같이 ‘면적’이 아닌 ‘분양예정가액’을 기준으로 안분할 것을 주장한다.

<표6> 공통원가 등 분배 내역(당초 신고)

<표7> 공통원가 등 분배 내역(청구주장)

(사) 청구인이 분양계약이 체결된 후 계약이 해지된 상가에 대하여 지급한 분양수수료는 아래 <표8>과 같고, 동 금액은 OOO자산신탁과 대리사무계약에 따라 자금관리계좌로 개설한 OOO은행 거래내역을 통해 분양대행업체에 지급된 사실이 확인되며, 청구인은 동 금액을 취득원가가 아닌 당기비용으로 보아 필요경비에 산입하여야 한다고 주장한다.

<표8> 계약해지 물건에 대한 분양수수료 내역

(아) 청구인이 토지 등 매매차익 예정신고서와 함께 제출한 분양된 상가의 매매계약서를 살펴보면, 계약이 해지된 경우 계약금 전액(분양예정가액의 10%)을 위약금으로 간주한다고 약정되어 있어서 분양계약이 해지된 상가의 분양예정가액은 총 OOO원, 계약금은 OOO원으로 각각 추정되는 반면, 종합소득세 신고서상 분양계약이 해지됨에 따라 위약금으로 대체된 금액이 확인되지 아니한다.

(자) 청구인이 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 손익계산서 및 성실신고 확인 시 제출한 주요항목 명세서에 의하면 건물관리비, 광고선전비 및 지급수수료 등이 아래 <표9>와 같이 계상되어 있는 것으로 나타나는바, 청구인이 주장하는 계약해지된 상가에 대한 분양수수료가 위 지급수수료에 포함되어 있는지 여부는 불분명하다.

<표9> 손익계산서 및 필요경비 명세서상 주요 내용

(3) 청구인은 쟁점상가에 대한 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의하여 확인된다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 청구인은 2018년 쟁점상가 분양을 위하여 공인중개사들에게 배포하였다는 부동산 영업자료를 제시하였는데, 동 자료(9페이지)에 기재된 쟁점상가 지하 1층에 대한 평단가 및 분양금액 등을 정리하면 아