조심-2024-부-0378 조세심판원 결정

1. 처분개요

가 . 청구인은 2012.7.1. 개업하여 부동산 임대․매매업을 영위하는 주식회사 AAA( 이하 “ 체납법인 ” 이라 한다 ) 의 대표자로 , 체납법인은 2013.6.17. 부산광역시 부산진구 OOO 대지 70 ㎡ ( 이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다 ) 를 OOO 원에 취득하였고 , 청구인은 2014.1.10. 쟁점토지 지상의 단층 무허가주택 ( 이하 “ 쟁점주택 ” 이라 하고 쟁점토지와 합하여 “ 쟁점부동산 ” 이라 한다 ) 을 OOO 원에 취득하였으며 , 체납법인과 청구인은 2017.2.14. BBB 주식회사 ( 이하 “BBB- 주 ” 라 한다 ) 에 쟁점부동산을 일괄하여 OOO 원에 매각하는 내용의 매매계약을 체결하고 , BBB- 주는 2017.6.9. 까지 매매대금을 모두 지급하였으며 2019.12.2. 쟁점토지에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다 .

나 . 체납법인이 쟁점토지의 양도에 관한 법인세 신고를 하지 아니하자 처분청은 2020.5.19. 체납법인에게 과세자료 해명 안내문을 발송하였고 체납법인은 2020.7.24. 쟁점부동산 매매대금 중 쟁점토지 부분을 OOO 원 , 쟁점주택 부분을 OOO 원으로 기재하여 1 차 소명을 하였으며 , 2020.8.31. 쟁점부동산 매매대금 중 쟁점토지 부분을 OOO 원 , 쟁점주택 부분을 OOO 원으로 기재하여 2 차 소명을 하면서 2017 사업연도 법인세 기한후신고를 하였다 .

다 . 처분청은 체납법인이 특수관계인에 해당하는 대표이사인 청구인에게 이익을 분여할 목적으로 쟁점토지의 양도가액을 과소하게 신고한 것으로 보아 , 「법인세법」 제 52 조 등에 따라 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 쟁점주택의 기준시가 등으로 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 OOO 원으로 하여 2021.2.26. 체납법인에게 2017 사업연도 법인세 OOO 원을 결정ㆍ고지 ( 이하 “ 법인세 부과처분 ” 이라 한다 ) 하는 한편 , 체납법인에게 소득자를 청구인 , 소득금액을 OOO 원으로 하는 2021.2.1. 자 소득금액변동통지를 발송하였고 ( 이하 “ 소득금액변동통지 ” 라 한다 ), 위 통지서는 그 무렵 체납법인에게 도달하였다 .

라 . 처분청은 체납법인이 인정상여에 대하여 원천징수분 근로소득세 신고ㆍ납부를 하지 않자 2021.11.15. 체납법인에게 인정상여분에 대한 원천징수분 근로소득세 OOO 원을 결정ㆍ고지하였으나 체납법인은 이를 납부하지 아니하였다 .

마 . 이에 처분청은 청구인이 납세의무 성립일 현재 체납법인 발행주식 100% 를 소유한 과점주주에 해당하는 것으로 보아 , 2023.4.25. 청구인을 체납법인의 제 2 차 납세의무자로 지정하고 체납법인의 체납세액 OOO 원을 납부고지하였다 .

바 . 청구인은 이에 불복하여 2023.7.20. 이의신청을 거쳐 2024.1.4. 심판청구를 제기하였다 .

3. 심리 및 판단

가 . 쟁점

① 일괄양도한 쟁점부동산의 토지 및 건물가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가 등으로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

② 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제 2 차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

나 . 관련 법령 : < 별지 > 기재

다 . 사실관계 및 판단

(1) 체납법인과 청구인은 2017.2.14. BBB- 주에 쟁점부동산을 일괄하여 OOO 원에 매각하는 내용의 매매계약을 체결하고 , BBB- 주는 2017.6.9. 까지 매매대금을 모두 지급하였으며 2019.12.2. 쟁점토지에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으나 쟁점토지의 양도에 관한 법인세 신고를 하지 아니하였다 .

(2) 청구인은 2020.8.31. 쟁점부동산 매매대금 중 쟁점토지 부분을 OOO 원 , 쟁점주택 부분을 OOO 원으로 하여 2017 사업연도 법인세 기한후신고를 하였다 .

(3) 처분청은 체납법인이 특수관계인에 해당하는 대표이사인 청구인에게 이익을 분여할 목적으로 쟁점토지의 양도가액을 과소하게 신고한 것으로 보아 , 「법인세법」 제 52 조 등에 따라 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 쟁점주택의 기준시가 등으로 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 OOO 원으로 하여 2021.2.26. 체납법인에게 2017 사업연도 법인세 OOO 원을 결정ㆍ고지하는 한편 체납법인에게 소득자를 청구인 , 소득금액을 OOO 원으로 하는 2021.2.1. 자 소득금액변동통지서를 발송하였다 .

( 가 ) 체납법인은 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 우리 원에 심판청구를 하였고 , 2022.3.17. 우리 원은 이를 기각결정 ( 조심 2021 부 5793, 2022.3.17.) 하였다 . 구체적 판단내용은 다음과 같다 .

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( 나 ) 체납법인은 우리 원의 결정에 불복하여 법원에 소 제기를 하였으나 2023.11.30. 대법원에서 최종 기각으로 선고 OOO 되었다 . 구체적 판단내용은 다음과 같다 .

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( 다 ) 체납법인과 청구인이 쟁점부동산을 BBB- 주에 양도하면서 작성한 부동산 매매계약서 (2017.2.14.) 에 의하면 토지 및 건물의 매매가액이 구분되어 있지 않고 전체 매매대금은 OOO 원으로 확인된다 .

( 라 ) 체납법인과 그 대표이사인 청구인은 매매대금을 체납법인 OOO 원 , 청구인 OOO 원으로 배분하기로 합의하는 내용의 합의서 (2017.6.2.) 를 작성하였다고 주장하며 합의서를 제출하였다 .

( 마 ) 체납법인 주주총회 의사록 (2017.5.29.) 에 의하면 매매대금 배분에 주주 100% 가 찬성하였다고 기재되어 있다 .

( 바 ) 체납법인은 쟁점토지의 감정평가서를 제출하였는데 , 감정기관 주식회사 CCC OOO, 감정평가 기준시점 2017.6.12., 작성일 2018.12.12., 감정가액 OOO 원 , 쟁점주택인 지상건물을 감안한 감정평가액은 OOO 원으로 기재되어 있다 .

( 사 ) 체납법인은 2020.11.21. 2017 사업연도 법인세 과세표준 기한후 신고서를 제출하면서 쟁점토지 관련 처분이익을 쟁점토지의 감정가액을 적용하여 OOO 원 ( 배분금액 OOO 원 - 취득가액 OOO 원 - 취득세 OOO 원 ) 으로 하여 신고한 것으로 확인된다 .

( 아 ) 한편 , 체납법인이 제출한 체납법인과 청구인 사이에 작성된 매매대금 배분에 관한 합의서 (2018.12.15.) 및 주주총회 의사록에 의하면 체납법인 주주는 모두 쟁점토지 매매대금을 감정가액인 OOO 원으로 배분하는 데에 찬성한 것으로 확인된다 .

( 자 ) 쟁점토지 양도와 관련하여 체납법인의 법인세 과세표준은 매매대금 배분액 OOO 원에서 취득가액 OOO 원 , 취득세 등 OOO 원 , 인건비 등 OOO 원 등을 공제하면 OOO 원이고 , 쟁점토지 양도와 관련하여 대표이사인 청구인은 1 세대 1 주택 비과세에 해당하여 양도소득세를 부담하지 않는다 .

( 차 ) 쟁점부동산에 대한 매매계약일 (2017.2.14.) 및 양도일 (2017.6.9.) 기준시가 계산내역은 < 표 1> 기재와 같고 , 쟁점부동산 양도가액에 대한 체납법인 신고 및 조사청 경정내역은 < 표 2> 기재와 같다 .

< 표 1> 쟁점부동산 기준시가 계산내역

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< 표 2> 쟁점토지 양도가액 신고 및 경정 내역

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(4) 처분청은 체납법인이 인정상여에 대하여 원천징수분 근로소득세 신고ㆍ납부를 하지 않자 2021.11.15. 체납법인에게 인정상여분에 대한 근로소득 원천징수분 근로소득세 OOO 원을 결정ㆍ고지하였으나 체납법인은 이를 납부하지 아니하였다 .

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

이 건에 있어 쟁점토지 및 쟁점주택의 매매당시의 시가를 평가할 수 있는 증거는 제출되지 않았고 , 쟁점토지에 대한 2017.6.12. 기준의 감정평가서가 존재하나 , 쟁점주택에 대한 감정평가서는 존재하지 않으므로 , 「법인세법 시행령」 제 89 조 제 2 항 제 1 호를 적용할 수 없다 .

그리고 「법인세법 시행령」 제 89 조 제 2 항 제 2 호에 의하더라도 , 상증세법 제 61 조 제 1 항 제 1 호에 따른 쟁점토지에 대한 개별공시지가나 같은 항 제 4 호에 따른 쟁점주택에 대한 개별주택가격 ( 다만 , 부속토지로서 쟁점토지도 포함한 가격이다 ) 은 존재한다 .

그러나 상증세법 제 61 조 제 1 항 제 2 호는 제 4 호에 해당하는 건물은 제외한다고 명시적으로 규정하고 있고 , 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시 제 3 조 제 1 항도 건물 기준시가 산정방법은 일부 공공업무시설 , 교정 및 군사시설을 제외한 모든 용도의 건물 ( 무허가 건물을 포함한다 ) 에 대하여 적용하나 , 「부동산 가격공시에 관한 법률」 제 17 조 ( 개별주택가격의 결정ㆍ공시 등 ) 등에 따라 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정ㆍ공시 ( 또는 고시 ) 한 개별주택 등의 경우에는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 , 쟁점주택에 대해 상증세법 제 61 조 제 1 항 제 2 호에 따른 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액은 존재하지 않는다 .

그런데 쟁점주택에 관한 개별주택가격은 쟁점토지를 포함한 가격이고 , 쟁점토지의 개별공시지가는 쟁점토지에 대한 것이므로 , 위 요소들만으로는 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 쟁점주택에 대해 적정한 비율로 안분계산하는 것이 불가능하다 .

다만 , 아래와 같은 관련 상증세법이나 「소득세법」에서 정하고 있는 규정들의 내용과 안분계산의 현실적 필요성 등을 고려할 때 , 「부가가치세법 시행령」 제 64 조 제 3 호 , 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 이 사건 고시 제 2 조를 준용 또는 유추적용하여 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 주택에 안분하여야 할 것으로 판단된다 .

① 앞서 본 바와 같이 「법인세법 시행령」 제 89 조 제 2 항 제 2 호는 「상증세법」제 38 조 내지 제 39 조의 3, 제 61 조 내지 제 66 조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정하고 있고 , 상증세법 시행령 제 49 조 제 3 항은 ‘ 제 1 항 각 호 ( 법 제 60 조 제 2 항에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것으로 보는 매매거래가액 , 감정기관의 감정가액 , 수용ㆍ경매 또는 공매에서의 보상가액ㆍ경매가액ㆍ공매가액 ) 의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제 61 조 내지 제 65 조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액 ( 동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다 ) 이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다 . 다만 , 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」제 64 조에 따라 안분계산한다 ’ 고 규정하고 있다 . 비록 위 상증세법 시행령 제 49 조 제 3 항은 「법인세법 시행령」 제 89 조 제 2 항이 직접 준용하고 있는 규정은 아니지만 , 상증세법 제 60 조와 제 61 조 내지 제 66 조의 내용 및 관계 , 상증세법 시행령 제 49 조 제 3 항의 내용 및 입법취지 등에 비추어 보면 , 토지 , 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법을 「부가가치세법 시행령」 제 64 조에 따르도록 규정한 것이라 보아야 한다 .

② 한편 , 「소득세법」 제 100 조 제 2 항은 양도차익을 계산할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하고 있고 , 「소득세법」 제 100 조 제 2 항 위임을 받은 「소득세법 시행령」 제 166 조 제 6 항은 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제 64 조에 따라 안분계산한다고 규정하고 있다 . 그리고 「소득세법」 제 99 조 제 1 항 제 1 호 가 , 나 , 라목은 위 제 100 조에 따른 기준시가에 관하여 정하면서 원칙적으로 토지에 대해서는 개별공시지가를 , 건물 ( 주택에 해당하는 건물은 제외 ) 에 대해서는 고시 기준시가를 , 주택에 대해서는 개별주택가격 및 공동주택가격을 기준시가로 보도록 규정하고 있으며 , 이는 상증세법 제 61 조 제 1 항 제 1 호 , 제 2 호 , 제 4 호에서 규정하고 있는 내용과 매우 유사하다 .

③ 상증세법 시행령 제 49 조 제 3 항 , 「소득세법 시행령」 제 166 조 제 6 항이 준용하고 있는 「부가가치세법 시행령」 제 64 조는 ㉮ 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제 99 조에 따른 기준시가 , 즉 토지에 대한 개별공시지가 , 건물 ( 주택 제외 ) 에 대한 고시 기준시가 , 주택에 대한 개별주택가격 및 공동주택가격이 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액 ( 제 1 호 ) 을 , ㉯ 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 금액 ( 제 2 호 ) 을 , ㉰ 위 두 경우를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액 ( 제 3 호 ) 을 각 공급가액으로 산정하도록 규정하고 있다 . 쟁점토지 및 쟁점주택에 대해서 개별공시지가 및 개별주택가격만으로는 안분계산이 불가능하고 , 쟁점건물에 대해서는 감정평가가액이 존재하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로 , 결국 쟁점부동산 매매대금은 위 제 3 호에 의해서만 안분계산이 가능하게 된다 .

한편 , 이 사건 고시 제 2 조는 토지의 기준가액은 「소득세법」 제 99 조 제 1 항 제 1 호 가목에 따른 토지의 기준시가 ( 개별공시지가 ) 로 하고 , 건물 등의 기준가액은 같은 법 제 99 조 제 1 항 제 1 호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법 ( 고시 기준시가 ) 을 준용하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고 있고 , 이에 의하면 쟁점주택 부분의 기준시가를 산정해낼 수 있다 .

④ 또한 , 앞서 본 바와 같이 「부가가치세법 시행령」 제 64 조 제 1 호에서 안분계산은 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 점 , 상증세법 시행령 제 50 조 제 6 항도 법 제 61 조 제 1 항 제 1 호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다고 규정하고 있는 점 , 「소득세법 시행령」 제 164 조 제 3 항이 「소득세법」 제 99 조 제 1 항 제 1 호 가 내지 라목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있는 점 , 통상 새로 고시된 개별공시지가나 공동주택가격 등은 전년도에 고시된 것보다 높으므로 , 해당연도의 개별공시지가나 공동주택가격 등이 고시되기 전에는 직전연도에 고시된 것을 해당 거래의 공동주택가격으로 보도록 의제하여야 납세자를 보호하고 법적 안정성과 예측가능성을 기할 수 있는 측면이 있는 점 ( 이후 새로 고시된 가격에 따라 매번 가액을 새로 산정해야하는 법적 불안정 상태가 초래될 수 있다 ) 등에 비추어 보면 , 이 사건 고시 제 2 조를 준용 또는 유추적용하여 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 주택에 안분계산할 때 그 기준시점은 이 건 매매계약이 체결된 날로 봄이 상당하다 .

이 사건 고시 제 2 조에 따라 쟁점부동산 매매대금 중 쟁점토지 및 주택 부분을 산정해보면 , 쟁점부동산 매매대금은 OOO 원이고 , 이 건 매매계약 체결일인 2017.2.14. 을 기준으로 당시 고시되어 있던 쟁점토지의 개별공시지가는 OOO 원 =OOO 원 ×70 ㎡인 사실 , 쟁점주택에 고시 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액이 OOO 원인 사실이 확인된다 .

따라서 쟁점부동산 매매대금은 쟁점토지 부분 OOO 원 , 쟁점주택 부분 OOO 원으로 안분되고 , 이는 처분청이 이 건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 있어 쟁점부동산 매매대금을 쟁점토지 및 쟁점주택 부분에 안분한 가액과 동일한바 , 체납법인에 대한 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다 ( 조심 2021 부 5793, 2022.3.17., 대법원 2023.11.30. 2023 두 51618 판결 , 같은 뜻임 ).

( 나 ) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대 , 청구인은 체납법인 총발행주식 5,000 주 중 2,550 주는 2012.12.5. OOO 로 양도되었는바 , 청구인은 2017 사업연도 기준으로 체납법인의 과점주주에 해당하지 않는다고 주장한다 .

「국세기본법」제 39 조 제 1 항 제 2 호의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식 소유 집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고 , 구체적으로 회사 경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며 , 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고 , 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 , 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것인바 ( 대법원 2004.7.9. 선고 2003 두 1615 판결 , 같은 뜻임 ), 주식등변동상황명세서에 의하면