조심-2026-중-0090 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인 a와 청구인 b(이하 “청구인들”이라 한다)은 부부 사이로, 2009.10.8. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “구축아파트”이라 한다)를 합계 OOO원에 공동으로 취득(지분 5:5)하여 보유하다가, ‘OOO아파트주택재건축사업’의 결과로 서울특별시 서초구 OOO(이하 “신축아파트”이라 한다)를 취득하였고, 2019.6.28. 이를 합계 OOO원에 양도하였다. 이에 청구인들은 신축아파트의 보유기간을 구축아파트의 취득일(2009.10.8.)부터 기산한 9년으로 보아 1세대1주택 비과세(고가주택) 및 장기보유특별공제(72%) 규정을 적용하여 2019.8.31. 양도소득세 OOO원을 각 신고하였다.

나. 처분청은 청구인들의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 현재 유효한 서울고등법원의 판결(서울고등법원 2024.10.17. 선고 OOO 판결로, 이하 “쟁점2심판결”이라 한다)에 의하면, 구축아파트의 주택재건축사업은 2005.5.16. 사업시행인가를 받았으므로 청구인들이 구축아파트의 소유권을 취득할 당시에는 이미 구축아파트가 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었다고 보아야 하고, 이 때 신축아파트의 보유기간은 사용승인일(2016.8.30.)부터 기산하여 3년 미만이어서 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것이 타당하다고 보아, 2025.5.8. 청구인들에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 각각 2025.6.11. 이의신청을 거쳐, 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장기보유특별공제 적용 여부 판단 시, 주택 보유기간의 기산일을 구축아파트의 취득일로 보아야 하는지 아니면 신축아파트의 사용승인일로 보아야 하는지

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인들에 대한 각 과세처분의 세부 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 이 건 과세처분 세부 내용

(단위 : 원, %, %p)

○○○

(나) 서울특별시서초구고시 제OOO호 등에 의하면, 구축아파트 소재지에 대한 ‘OOO아파트재건축사업’의 경과를 정리하면, 아래 <표4>와 같다.

<표4> 이 건 재건축사업의 경과 및 청구인들의 아파트 취득 경과

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 구소득령 제155조 제16항이 주택재건축사업에 있어 주택이 조합원입주권으로 전환되는 기준일을 사업시행인가일로 규정하고 있으므로 청구인들의 취득 당시 구축아파트는 이미 아파트에서 조합원입주권으로 전환되어 청구인들이 취득한 것은 조합원입주권이고, 이 경우 청구인들의 신축아파트 취득시기는 사용승인일(2016.8.30.)이어서 보유기간이 3년 미만인바, 결국 청구인들의 신축아파트 양도는 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 2002.12.30. 법률 제6852호로 제정되어 2003.7.1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 주택재건축사업의 경우 사업시행인가 외에 관리처분계획인가까지 받아야 비로소 기존 건물을 철거하고 조합원에게 정비사업으로 조성된 토지와 축조된 건축시설에 대한 권리로 변환시켜 줄 수 있게 되므로, 관리처분계획인가를 받지 않는 이상 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권을 취득한 것으로 보기는 어려운데, 청구인들은 구축아파트가 조합원입주권으로 전환되는 기준일인 관리처분계획인가일(2010.8.24.) 이전인 2009.10.8. 구축아파트의 소유권을 취득하였는바 취득 당시 구축아파트는 주택에 해당한다고 볼 수 있는 점, 한편, 2006.1.1. 시행된 「소득세법」 제89조 도 도시정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획인가를 받아야 조합원입주권으로 전환된다고 명확히 규정하고 있고, 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 「소득세법 시행령」의 부칙 제4조는 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례 규정의 적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다고 명시하고 있는 점 등을 종합하면, 구소득령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대1주택 비과세 특례 규정을 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우의 취득시기에 대해서까지 일반적으로 규정한 것으로 보기는 어려운 점(조심 2024서5737, 2025.9.25., 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구인들의 신축아파트 보유기간 산정의 기산일을 사용승인일로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 각 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 일부개정된 것)

제89조 [비과세양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “讓渡所得稅”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2005.12.31.>

부칙 <법률 제7837호, 2005.12.31.>

제1조 [시행일] 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제156조의4의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

제156조의2 [주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례] ② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다.

3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

⑥ 상속받은 조합원입주권(피상속인이 상속개시 당시 주택을 소유하지 아니한 경우의 상속받은 조합원입주권만 해당하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 조합원입주권을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1조합원입주권만 해당한다)과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로써 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에만 상속받은 조합원입주권으로 본다(이하 제7항 제2호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간(주택 소유기간과 조합원입주권 소유기간을 합한 기간을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 가장 긴 1조합원입주권

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 조합원입주권이 2 이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간(주택에 거주한 기간을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 가장 긴 1조합원입주권

3. 피상속인이 소유한 기간 및 피상속인이 거주한 기간이 모두 같은 조합원입주권이 2 이상일 경우에는 상속인이 선택하는 1조합원입주권

⑦ 제1호의 주택 또는 제2호의 조합원입주권과 상속 외의 원인으로 취득한 주택(이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다) 및 상속 외의 원인으로 취득한 조합원입주권을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 일반주택과 상속 외의 원인으로 취득한 조합원입주권을 소유하고 있는 것으로 보아 제3항부터 제5항까지의 규정을 적용한다. 이 경우 제3항 및 제4항의 규정을 적용받는 일반주택은 상속개시 당시 보유한 주택(상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다)으로 한정한다.

1. 상속받은 주택. 이 경우 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제155조 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택에 한한다.

2. 피상속인이 상속개시 당시 주택을 소유하지 아니한 경우의 상속받은 조합원입주권. 이 경우 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 조합원입주권을 소유한 경우에는 제6항 각 호의 순위에 따른 1조합원입주권에 한한다.

⑧ 제1호에 해당하는 자가 제2호에 해당하는 자를 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 1주택과 1조합원입주권, 1주택과 2조합원입주권, 2주택과 1조합원입주권 또는 2주택과 2조합원입주권을 소유하게 되는 경우 합친 날부터 10년 이내에 먼저 양도하는 주택(이하 “최초양도주택”이라 한다)이 제3호, 제4호 또는 제5호에 따른 주택 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나를 소유하고 1세대를 구성하는 자

가. 1주택

나. 1조합원입주권

다. 1주택과 1조합원입주권

2. 다음 각 목의 어느 하나를 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)

가. 1주택

나. 1조합원입주권

다. 1주택과 1조합원입주권

3. 합친 날 이전에 제1호 가목 또는 제2호 가목에 해당하는 자가 소유하던 주택

4. 합친 날 이전에 제1호 다목 또는 제2호 다목에 해당하는 자가 소유하던 주택. 다만, 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 갖춘 경우에 한한다.

가. 합친 날 이전에 소유하던 조합원입주권(합친 날 이전에 최초양도주택을 소유하던 자가 소유하던 조합원입주권을 말한다. 이하 이 항에서 “합가전 조합원입주권”이라 한다)이 관리처분계획등의 인가로 인하여 최초 취득된 것(이하 제9항에서 “최초 조합원입주권”이라 한다)인 경우에는 최초양도주택이 그 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주하기 위하여 사업시행인가일 이후 취득된 것으로서 취득 후 1년 이상 거주하였을 것

나. 합가전 조합원입주권이 매매 등으로 승계취득된 것인 경우에는 최초양도주택이 합가전 조합원입주권을 취득하기 전부터 소유하던 것일 것

5. 합친 날 이전에 제1호 나목 또는 제2호 나목에 해당하는 자가 소유하던 1조합원입주권에 의하여 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 합친 날 이후에 취득하는 주택

⑨ 제1호에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 다른 자와 혼인함으로써 1세대가 1주택과 1조합원입주권, 1주택과 2조합원입주권, 2주택과 1조합원입주권 또는 2주택과 2조합원입주권을 소유하게 되는 경우 혼인한 날부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택(이하 이 항에서 “최초양도주택”이라 한다)이 제2호, 제3호 또는 제4호에 따른 주택 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나를 소유하는 자

가. 1주택

나. 1조합원입주권

다. 1주택과 1조합원입주권

2. 혼인한 날 이전에 제1호 가목에 해당하는 자가 소유하던 주택

3. 혼인한 날 이전에 제1호 다목에 해당하는 자가 소유하던 주택. 다만, 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 갖춘 경우에 한한다.

가. 혼인한 날 이전에 소유하던 조합원입주권(혼인한 날 이전에 최초양도주택을 소유하던 자가 소유하던 조합원입주권을 말한다. 이하 이 항에서 “혼인전 조합원입주권”이라 한다)이 최초 조합원입주권인 경우에는 최초양도주택이 그 재개발사업, 재건축사