조심-2026-서-0185 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.8.3. 서울특별시 중구 OOO에서 “A”라는 상호로 개업하여 인쇄업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2023년에 지출한 지류 구입비 및 인건비 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 하여 쟁점비용의 100분의 25에 상당하는 금액인 OOO원을 세액공제하여 2023년 귀속 종합소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 종합소득세 신고 내용을 검토하여, 청구인이 제출한 연구보고서의 내용이 기등록된 특허 내용과 일치하거나 연구목표와 무관한 내용이 혼재되어 있고, 연구보고서 등에 기재된 기계장치가 확인되지 아니하는 등 쟁점비용이 조특법상 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.3.7. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.29. 이의신청을 거쳐 2025.11.19. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점비용이 조특법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2023.4.11. 법률 제19328호로 일부 개정된 것)

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. "연구개발"이란 과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 위하여 발생한 비용 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발을 위하여 발생한 것에 한정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2023.8.29. 대통령령 제33682호로 일부 개정된 것)

제1조의2【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제11호에서 "대통령령으로 정하는 활동"이란 다음 각 호의 활동을 말한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

10. 이미 연구개발된 제품ㆍ기술ㆍ서비스ㆍ설계ㆍ디자인 등과 동일성을 유지하는 범위에서 이를 단순하게 보완ㆍ변형ㆍ개선하는 활동

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

⑬ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.

⑭ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

별표6【연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제9조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조 제1호 가목의 연구산업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항 에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) A는 2017.8.3. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 제조업ㆍ경인쇄업을 영위하고 있고, 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고 내역상 총수입금액은 OOO원(과세표준 OOO원, 산출세액 OOO원)이고, 연구·인력개발비 세액공제액(OOO원) 대상금액은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점비용 내역

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(나) 국세청 전산망자료에 의하면, A 직원 B, D은 A 입사 전 A에 장비를 임대한 ㈜B에 근무한 자이고, A는 A㈜로부터 지류를 구입하고 위 지류비 OOO원을 지급하였다.

(다) A는 2023.5.17. 서울특별시 중구 OOO를 소재지로 연구개발전담부서를 신고하였고(아래 <표2>), 청구인이 제출한 연구개발전담부서 조직도는 아래 <표3>과 같다.

<표2> 기업부설연구소 신고 내역[OOO 기업부설연구소 신고관리시스템 (koita) 화면발췌]

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<표3> A 연구개발전담부서 조직도

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(라) 청구인은 2024.12.2. 처분청에 쟁점비용과 관련한 연구보고서, 연구노트, 회의록 등을 제출하였고, 이에 대해 처분청은 청구인이 제출한 자료에 기재되어 있는 연구활동은 조특법 시행령 제1조의2에서 정하고 있는 연구활동에 해당하지 아니하는 시장조사활동에 해당한다고 보아 청구인에게 추가로 소명자료를 요청하였으며, 청구인은 2024.12.3. 1차 소명 시 제출한 연구보고서에 광고효과 극대화를 위한 오프셋 광고 인쇄물 제작 연구와 관련된 연구개발의 내용 등과 연구노트 기재 내용을 추가하여 수정된 연구보고서를 추가로 제출하였다.

(마) 처분청은 청구인이 추가로 제출한 연구보고서를 검토하여, 아래 <표4>와 같이 일부 내용이 2020.11.24. 특허청에 등록한 다른 특허권자의 특허(특허 10-2182379) 내용과 유사한 사실을 확인하고 이에 대해 추가 소명자료를 요청하였다.

<표4> 2차 연구보고서와 특허청 등록 특허내용 비교

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(바) 청구인은 2024.12.10. 연구활동 사진이 첨부된 연구보고서 등을 추가로 제출하였고(3차 소명자료), 이에 대해 처분청은 청구인이 제출한 보고서가 아래 <표5>와 같이 기 발표된 ‘오프셋 매엽 인쇄 최적 인쇄 농도 설정 방법’에 관한 연구논문(아래 <표6>)의 내용과 일치하거나 그 내용이 성과와 일치하지 아니하고, 구체적인 실험 내용이 없다고 보아 쟁점비용을 조특법상 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 판단한 것으로 나타난다.

<표5> 3차 소명자료(연구보고서)와 처분청의 검토 내용

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가.

<표6> 기 발표된 연구논문(OOO) 내용

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나.

다. (사) 청구인은 연구개발 활동에 사용하기 위해 고모리 UV 오프셋인쇄기 1대, HP 디지털프레스 1대를 협력사 ㈜B(대표 A)로부터 임차하였다고 주장하면서, 연구장비임대계약서(계약일자 불명)를 심리자료로 제출하였다.

(아) 청구인은 2023년 연구개발용 구매자료 상세내역(2023.6.1., 2023.8.2., 2023.9.1., 2023.11.1., 2023.12.1.자 전자세금계산서, 거래명세서, 용지설명, 시험성적서 등), 2023년 연구보고서(과제명 : 잉크사용 효율을 향상시킨 오프셋 인쇄방법 연구)를 제출하였고, 연구개발보고서에는 아래 <표7>과 같은 형식으로 작성된 연구노트 17건이 포함되어 있다.

<표7> 연구노트 내용(일부 발췌)

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상이라고 주장하나, 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구개발 비용은 단순히 조특법 시행령 별표 6의 “전담부서등이 연구용으로 사용하는 원재료 구입비용”에 해당하면 그 요건을 충족하는 것이 아니라 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라는 전제조건을 충족하여야 한다고 보아야 할 것인바, 청구인이 제시한 연구보고서, 연구노트, 사진 등에 나타나는 전담부서 직원의 활동은 인쇄업체인 ‘A’의 일상적인 품질시험과 영업과 관련된 활동으로 보이고, 세액공제의 대상이 되는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에는 해당하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구인이 연구활동의 결과로 제출한 ‘광고효과 극대화를 위한 오프셋 광고 인쇄물 제작 연구’ 등은 새로운 기술개발이나 연구활동이 아니고, 한국기계연구원이 출원ㆍ등록한 특허(10-2182379, 2020.11.24.)와 내용이 동일하거나 2009년 한국인쇄학회지에 발표된 “오프셋 매엽 인쇄의 최적 인쇄 농도 설정 방법 연구” 논문과 내용이 유사한 것으로 조사된 점 등에 비추어 쟁점비용에 대하여 처분청이 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.