조심-2026-서-0177 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021.6.1. 현재

OOO, OOO, OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다), OOO 등 주택 4호를 보유하고 있다.

나. 처분청은 청구인이 2019.2.1. 단기민간임대주택으로 등록한 쟁점부동산이 2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정에 따라 폐지되는 민간임대주택으로 분류되고 2020.9.25. 임대사업자등록이 자동말소되어 과세기준일인 2021.6.1. 현재 「종합부동산세법 시행령」 제3조 에 따라 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 2025.11.11. 청구인에게 종합부동산세 및 농어촌특별세 2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 과세대상 물건명세서 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구인에 대한 주택분 과세대상 물건명세서 내역

ㅇㅇㅇ

(나) 서울특별시 송파구청장이 발급(2023.8.30.)한 임대사업자 등록증(2020-송파구-임대사업자-3996)에 의하면, 청구인은 2013.3.27. 쟁점부동산을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 매입단기민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 하였고, 쟁점부동산(임대차계약기간 2019.6.10.〜2021.6.9. 2년간)은 2020.8.18.자 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정에 따라 폐지되는 민간임대주택으로 분류되어 아래 <표2>와 같이 2020.9.25. 등록이 자동말소되었다.

<표2> 등록사항 말소(양도) 현황

ㅇㅇㅇ

(다) 처분청은 청구인이 보유한 주택분 과세대상 물건을 2건으로 하고, 조정대상지역 2주택 이상 소유자에 대한 종합부동산세 세율을 적용하여 2025.11.11. 아래 <표3>과 같이 청구인에게 종합부동산세 2021년 귀속분 합계 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함), 2022년 귀속분 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함), 2023년 귀속분 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다.

<표3> 이 건 종합부동산세 등 산출내역

ㅇㅇㅇ

(라) 처분청의 이 건 2021년 귀속 종합부동산세 세부담상한액 계산 명세는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 2021년 귀속 종합부동산세 세부담상한액 계산 내역

ㅇㅇㅇ

(마) 위 처분청의 세부담상한액 계산에 대해 청구인은 2021년 귀속분 상한비율은 200%가 적용되어야 하고, 쟁점부동산을 제외한 1주택을 과세물건으로 하여 당초 고지한 2020년 귀속 종합부동산세액(OOO원) 및 재산세액(OOO원) 합계 OOO원을 기준으로 계산한 2021년 세부담상한액 OOO원을 초과하여 부과할 수 없다고 주장한다.

(2) 기획재정부 「2020 간추린 개정세법」에 의하면, 2020.8.18. 법률 제17478호로 「종합부동산세법」 제10조 가 “다주택자 보유세 부담 강화”를 목적으로 아래 <표5>와 같이 개정되어, 2021년 종합부동산세를 과세하는 분부터 적용되었다.

<표5> 주택분 세부담 상한비율 변경 내역

종 전 | 개 정 | □ 주택분 세부담 상한 | ㅇ 적용방식 | - 금년도 합산보유세액 * 은 | 상한 이내로 부과 가능 | * 종합부동산세액 + 재산세액 | ㅇ 금년도 상한 | - 전년도 합산보유세액 | × 상한비율 | ㅇ 상한비율 | 세부담 상한(%) | 2주택 이하 | 150 | 조정대상지역 | 2주택 | 200 | 3주택 이상 | 300 | ㅇ (좌 동) | ㅇ (좌 동) | ㅇ 조정대상지역 2주택 | 상한비율 변경 | 세부담 상한(%) | 2주택 이하 | 150 | 조정대상지역 | 2주택 | 300 | 3주택 이상 | 300

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 임대사업자등록 자동말소에 따른 경과규정도 없이 종합부동산세를 부과한 것은 조세법상 실질과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙에 어긋나는 것이라고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 합산배제 임대주택의 요건으로 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호 에 따른 임대사업자로서 '과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자'일 것을 요건으로 하고 있고, 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자로 등록을 하게 되면 관계 법령상의 각종 세제혜택과 규제를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받는다는 점에서 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록이 관할 행정청의 관리목적을 위한 단순한 요식행위에 불과한 것이라고는 보기 어렵다 할 것이고, 「민간임대주택에 관한 특별법」 및 「종합부동산세법」의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정은 두고 있지 아니한 점,

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없고, 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 행위 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점(OOO), 쟁점부동산의 등록말소는 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제5항 및 부칙 제7조의 법률 규정에 의하여 직접 이루어진 것이므로 별도의 처분 또는 통지가 필요하다고 보이지 아니하는 점(조심 2022서1437, 2022.5.12., 같은 뜻임),

청구인이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 단기민간임대주택으로 임대사업자 등록하였던 쟁점부동산에 대한 임대사업자 등록이 2020.9.25. 말소되어 2021년 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 임대사업자로 등록되어 있지 아니한 사실이 인정되는 이상, 처분청에서 청구인에 대하여 2021년 귀속 종합부동산세를 부과하면서 쟁점부동산을 종합부동산세 과세표준 합산대상으로 본 것은 잘못이 없고, 달리 처분청이 이 건 종합부동산세를 부과하면서 관련 법령을 위반한 사정이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 종합부동산세 등 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

1. 「지방세법」에 따라 부과된 재산세액(같은 법 제112조 제1항 제1호에 따른 재산세액을 말하며, 같은 법 제122조에 따라 세부담의 상한이 적용되는 경우에는 그 상한을 적용한 후의 세액을 말한다)

2. 법 제9조에 따라 계산한 종합부동산세액

② 법 제10조에서 직전 연도에 해당 주택에 부과된 주택에 대한 총세액상당액으로서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액”이란 납세의무자가 해당 연도의 과세표준합산주택을 직전 연도 과세기준일에 실제로 소유하였는지의 여부를 불문하고 직전 연도 과세기준일 현재 소유한 것으로 보아 해당 연도의 과세표준합산주택에 대한 제1호에 따른 재산세액상당액과 제2호에 따른 종합부동산세액상당액의 합계액을 말한다.

1. 재산세액상당액

해당 연도의 과세표준합산주택에 대하여 직전 연도의 「지방세법」(같은 법 제111조 제3항, 제112조 제1항 제2호 및 제122조는 제외한다)을 적용하여 산출한 금액의 합계액

2. 종합부동산세액상당액

해당 연도의 과세표준합산주택에 대하여 직전 연도의 법(법 제10조는 제외한다)을 적용하여 산출한 금액(1세대 1주택자의 경우에는 직전 연도 과세기준일 현재 연령 및 주택 보유기간을 적용하여 산출한 금액). 이 경우 법 제9조 제3항 중 “세액( 「지방세법」 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받는 경우에는 그 상한을 적용받는 세액을 말한다)”을 “세액[「지방세법」(같은 법 제111조 제3항, 제112조 제1항 제2호 및 제122조는 제외한다)을 적용하여 산출한 세액을 말한다]”으로 하여 해당 규정을 적용한다.

④ 제2항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 해당 연도의 과세표준합산주택이 법 제6조에 따라 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정을 적용받지 아니하거나 적용받은 경우에는 직전 연도에도 동일하게 이를 적용받지 아니하거나 적용받은 것으로 본다.

⑤ 해당 연도의 과세표준합산주택이 직전 연도에 법 제8조 제2항에 따라 과세표준합산주택에 포함되지 아니한 경우에는 직전 연도에 과세표준합산주택에 포함된 것으로 보아 제2항을 적용한다.

(3) 소득세법

제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

2. 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우

3. 제5조 제1항에 따라 등록한 날부터 3개월이 경과하기 전(임대주택으로 등록한 이후 체결한 임대차계약이 있는 경우에는 그 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다) 또는 제43조의 임대의무기간이 경과한 후 등록 말소를 신청하는 경우

4. 제5조 제6항의 등록기준을 갖추지 못한 경우

5. 제43조 제2항 또는 제5항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

6. 제43조 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

7. 제44조에 따른 임대조건을 위반한 경우

8. 제45조를 위반하여 임대차계약을 해제·해지하거나 재계약을 거절한 경우

9. 제50조의 준주택에 대한 용도제한을 위반한 경우

⑤ 제1항 각 호(괄호 생략)에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18.>

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 <2018.1.16.>

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

부칙 <법률 제17482호, 2020.8.18.>

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제2조(결격사유에 관한 적용례) ① 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조의6 제1호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 임대사업자로 등록하거나 제5조 제3항 본문에 따른 등록사항 변경신고를 통하여 임대주택을 변경ㆍ추가신고하는 경우부터 적용한다.

② 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조의6 제2호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 임대사업자 등록이 전부 말소되는 경우부터 적용한다.

제3조(임대주택 추가 등록 제한에 관한 적용례) 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조의7의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 임대사업자 등록이 일부 말소되는 경우부터 적용한다.

제4조(임대보증금 보증에 관한 적용례) 제49조의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 당시 등록되어 있는 민간임대주택 중 제49조 제1항 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하지 아니한 경우에는 이 법 시행 1년 후 임대차계약을 체결하는 경우부터 적용한다. 이 경우 제49조 제4항에 따른 보증의 가입기간의 시점은 그 임대차계약 개시일로 한다.

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.