조심-2025-중-2983 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 미합중국에서 설립되어 컴퓨터 시스템의 기능을 향상시키고 전자장치 프로세싱 파워를 높이며, 전자장치의 전력소모를 줄여 더 효율적인 반도체 및 집적회로를 가능하도록 하는 특허를 개발·확보하여 이를 대여하는 사업을 영위하는 법인으로,

2018.1.24. 내국법인인 A 주식회사(이하 “A”라 한다)와 체결한 라이선스 계약(이하 “쟁점①계약”이라 한다)에 따라 A 및 그 계열사에게 OOO개의 특허에 대하여 변경·양도가 불가능한 사용권을 부여하였고, 그 대가로 A는 2020∼2022년까지 10차례에 걸쳐 사용료 합계 미화 OOO달러(OOO원, 이하 “쟁점①사용료”라 한다)를 청구법인에게 지급하면서 사용료 전액을 국내원천소득으로 보아「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세협약”이라 한다)의 제한세율 15%를 적용하여 2020사업연도부터 2022사업연도까지 법인세 합계 OOO원을 원천징수하여 AA세무서장에게 신고·납부하였다.

또한 청구법인은 2019.5.10. 내국법인인 B 주식회사(이하 “B”라 한다)와 체결한 라이선스 계약(이하 “쟁점②계약”이라 하고, 쟁점①계약과 함께 “쟁점계약”이라 한다)에 따라 B 및 그 계열사에게 OOO개의 특허에 대하여 변경·양도가 불가능한 사용권을 부여하였고, 그 대가로 B는 2020년 및 2021년 8차례에 걸쳐 사용료 합계 미화 OOO달러(OOO원, 이하 “쟁점②사용료”라 한다)를 청구법인에게 지급하고 사용료 전액을 국내원천소득으로 보아 한미조세협약의 제한세율 15%를 적용하여 2021사업연도 및 2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 원천징수하여 BB세무서장에게 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.2.10. 쟁점①사용료 및 쟁점②사용료(이하 쟁점①사용료와 쟁점②사용료를 함께 “쟁점사용료”라 한다)는 국내에 등록되지 않은 외국 특허권에 대한 사용료이므로 이를 청구법인의 국내원천소득으로 볼 수 없다는 취지로 쟁점①사용료에 대해서는 처분청 AA세무서장에게 2020사업연도부터 2022사업연도까지 법인세(원천분) 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를, 쟁점②사용료에 대해서는 처분청 BB세무서장에게 2021사업연도 및 2022사업연도 법인세(원천분) 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 각 제기하였으나, 처분청 AA세무서장은 2025.4.9., 처분청 BB세무서장(이하 AA세무서장과 BB세무서장을 함께 “처분청”이라 한다)은 2025.6.10. 이를 각 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.4. 각 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 특허권 사용여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 국내 미등록 특허권 관련 기술이 국내에서 사용되었는지 여부를 조사하여 사용된 특허권의 사용료만을 국내원천소득으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 등

(1) 법인세법

(가) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것

제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산ㆍ정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산ㆍ정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산ㆍ정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(나) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것

제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(다) 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따른 소득으로 한다.

8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

10. 국내원천 기타소득: 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우

다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

10. 국내원천 기타소득 : 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

차. 사용지 기준 조세조약 상대국의 법인이 소유한 특허권등으로서 국내에서 등록되지 아니하고 국외에서 등록된 특허권등을 침해하여 발생하는 손해에 대하여 국내에서 지급하는 손해배상금ㆍ보상금ㆍ화해금ㆍ일실이익 또는 그 밖에 이와 유사한 소득. 이 경우 해당 특허권등에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것과 관련되어 지급하는 소득으로 한정한다.

(2) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다.

제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

6. 제93조 제8호에 따른 국내원천 사용료소득 : 지급금액의 100분의 20

8. 제93조 제10호에 따른 국내원천 기타소득 : 지급금액(같은 호 다목의 소득에 대해서는 대통령령으로 정하는 금액)의 100분의 20. 다만, 제93조 제10호 차목의 소득에 대해서는 그 지급금액의 100분의 15로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 청구법인은 컴퓨터 시스템의 기능을 향상시키고 전자장치 프로세싱 파워를 높이고, 전자장 치의 전력소모를 줄여 더 효율적인 반도체 및 집적회로를 가능케 하는 특허를 개발·확보하여 이를 대여하는 사업을 영위하는 법인으로 B 및 A와 특허 라이선스 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(나) 기획재정부가 발간한 2008년 및 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된「법인세법」제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된「법인세법」제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유를 아래 <표2> 및 <표3>과 같이 밝히고 있다.

<표2> 2008년 간추린 개정세법

13. 특허권 등의 사용료에 대한 국내원천소득 범위 개선

[ 소득세법 §119(11), 법인세법 §93(9)]

종 전

개 정

ㅇ 저작권‧특허권‧상표권‧디자인권‧노하우 등 사용료의 국내원천소득 판정기준

- 지급지 또는 사용지

- 조세조약상 ‘사용지’를 채택(미국ㆍ태국)하는 경우 사용지

․ 사용지 개념 중 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당(대법원2005두8641)

- 등록을 요하는 특허권 등 * 사용료의 사용지 판정기준 보완

* 특허권‧상표권‧디자인권‧실용

신안권

․국내 등록유무에 불구하고 국내에서 사실상 사용하는 경우 사용지를 국내로 보아 국내원천소득으로 과세

(1) 개정내용

(2) 개정이유

□ 대법원 판례에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완

※ OECD모델 조세조약에서도 사용료는 공인등록기관 등록여부에 상관없이 권리를 사용․사용할 권리에 대한 지급금을 의미 (주석서12-8)

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 이 법 시행이후 최초로 소득이 발생하는 분부터 적용

<표3> 2019년 간추린 개정세법

1. 국내 미등록 특허 사용대가의 국내원천소득 과세체계 개선

① 국내원천 사용료소득 중 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경

( 소득세법 §119, 법인세법 §93)

종 전

개 정

□ 국내원천 사용료소득

ㅇ(과세대상) 다음의 권리․자산․정보의 국내 사용․지급․양도 대가

- 학술․예술상의 저작물의 저작권, 특허권 등 및 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

- 산업상․상업상․과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우

- (원천 판단의 특례) 국외에서 등록된 권리(특허권 등)가 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 국내 사용으로 간주

□ 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경

⌉ | | | | | | | | (좌동) | | | | | | | ⌋

- 사용지(사용지) 기준 조세조약 상 사용료의 정의에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산․권리’

․ 국내 미등록 특허권 등에 포함된 제조방법․기술․정보 등이 국내에서 제조․생산 등에 사용될 것

(1) 개정내용

(2) 개정이유

ㅇ 국외 등록 특허의 침해 보상대가에 대한 과세권 확보

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 2020.1.1. 이후 지급하는 소득분부터 적용

(다) 쟁점판결의 주요내용은 아래 <표4>와 같고, 이에 대하여 청구법인은 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되었는지에 대하여 재조사를 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점계약상 특허기술이 국외에서 사용되었다는 근거나 국·내외 사용분에 대한 구분 등에 대한 입증을 청구법인이 하여야 한다는 의견이다.

<표4> 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사용료 중 청구법인이 국내에 등록하지 아니한 특허권과 관련하여 지급받은 사용료에 대해서는 원천징수대상 국내원천소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 한미조세협약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하 므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」제93조 제9호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록이 되었고, 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 규정하고 있었으며, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 「법인세법」제93조 제8호에서도 “특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사용료를 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021중1160·1161·서1352, 2021.4.13. 외 다수, 같은 뜻임).

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 국내 미등록 특