조심-2025-중-1683 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.6.4. OOO에서 ‘A’이라는 상호로 설립(2019.8.14. B로 상호변경, 2023.8.31. 폐업)되어 재생재료수집 및 판매업을 영위한 사업자이다.

나. 처분청은 2024.8.8.부터 2024.10.31.까지 청구법인에 대한 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사(2024.9.30. 조세범칙조사로 전환)를 실시한 결과, 청구법인이 아래 <표1>과 같이 위 과세기간 동안 주식회사 C(이하 “C”라 한다)에 실물 거래 없이 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하고, 같은 기간 동안 OOO 외 2곳으로부터 실물 거래 없이 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 보아 2024.12.6., 2024.12.26., 2025.4.4. 아래 <표2>와 같이 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원 및 2016∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

<표1> 이 건 세금계산서 수수내역

ㅇㅇㅇ

<표2> 이 건 부가가치세 및 법인세 부과내역

ㅇㅇㅇ

다. 또한 처분청은 청구법인이 2025.8.1. 현재 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 및 2016∼2019사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 체납한데 대해, 2025.5.26. 청구인을 청구법인의 과점주주로 지정하고 청구법인의 2016년 제1기부터 2017년 제2기까지 부가가치세 체납세액 중 청구인의 출자지분(89.50%)에 해당하는 세액 합계 OOO원을 청구인에게 납부고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.17., 2025.3.31., 및 2025.7.22. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 적법한 청구인지 여부

② 쟁점세금계산서를 실물 거래없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

③ 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 컴퓨터, 액정모니터 등을 제조하여 판매하는 사업자로, 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표5>와 같이 OOO 외 2개 업체로부터 OOO원의 세금계산서를 수취하고, 같은 기간동안 아래 <표6>과 같이 ㈜C에 OOO원의 세금계산서를 발급하고 관련 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

<표5> 쟁점매입세금계산서 수취 내역

ㅇㅇㅇ

<표6> 쟁점매출세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

(나) 처분청은 2023.2.7.부터 2023.8.4.까지 OOO에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여, OOO가 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 ㈜E에 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, 청구법인으로부터 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 확인하였고, 청구법인이 위 과세기간 동안 OOO, ㈜E, OOO, OOO와 세금계산서 및 거래대금을 수수한 내역은 아래와 같다.

(표 삽입을 위한 여백)

<표7> 2016년 제2기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표8> 2016년 제2기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표9> 2017년 제1기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표10> 2017년 제1기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표11> 2017년 제2기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표12> 2017년 제2기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표13> 2018년 제1기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표14> 2018년 제1기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표15> 2018년 제2기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표16> 2018년 제2기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표17> 2019년 제1기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표18> 2019년 제1기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

<표19> 2019년 제2기 거래흐름도

ㅇㅇㅇ

<표20> 2019년 제2기 세금계산서 발급 내역

ㅇㅇㅇ

(다) 위 세금계산서와 관련하여 처분청은 청구법인과 이 건 거래당사자들의 2016.9.30.부터 2019.12.27.까지 기간동안 금융거래내역 일부를 제출하였고, 동일 날짜에 유사한 금액을 순환하는 형태로 송금ㆍ수취하면서 실제 거래가 있었던 것처럼 외형을 꾸몄다는 의견이다.

(라) 처분청 조사결과에 따르면, 청구법인과 D, OOO가 전자세금계산서 발급 시 사용한 컴퓨터의 랜카드와 CPU는 아래 <표21>과 같이 동일한 것으로 나타난다.

<표21> 전자세금계산서 IP주소 및 랜카드 고유번호 내역

ㅇㅇㅇ

(마) 처분청은 청구법인에 대한 조세범칙조사 후 OOO 외 2개 업체로부터 수취한 공급가액 OOO원의 매입세금계산서와 OOO에 발급한 공급가액 OOO원의 매출세금계산서에 대하여 가공거래로 확정하여 청구법인을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였고, 이에 대해 경기안양만안경찰서장(사건번호 제2025-00149호)은 2025.9.9. 청구법인 및 대표자 A을 「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서 교부등) 등(일부 인정공소시효 완성)으로 송치 결정하였으며, 2025.9.19. 수원지방법원 안양지원(OOO)에 공소장이 접수된 것으로 확인된다.

(바) 청구법인 대표이사 A에 대한 처분청의 조세범칙혐의자 심문조서(2024.10.30.) 주요내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

(사) 처분청의 청구법인 매입처 OOO 대표자 D에 대한 심문조서(2023.8.1.)에 의하면, “D 대표 B은 알지 못하고, 청구법인 대표 A을 통해 매입ㆍ매출하였다”고 진술한 내용이 나타난다.

ㅇㅇㅇ

(아) 조사종결보고서에 의하면, OOO는 주 매출처인 ㈜F에 수액 용기제조에 사용되는 합성수지를 판매하고 남은 재고를 청구법인에 판매하였다고 답변하였으나, OOO는 산업용접착제, 접착필름, 산업용 시트지 등을 매입하여 판매하는 회사로 합성수지 원료 도소매는 부업종으로도 등록한 사실이 없고, A이 대표로 있는 청구법인으로부터 합성수지 원료를 매입 후 그 매입액만큼 다시 A 업체에게 매출한 이유를 오염이 심하거나 훼손된 경우 등으로 진술하였는데 이에 대해 반품하지 아니한 것은 순환거래구조 내 업체들이 공모하여 거짓세금계산서를 발급한 것으로 본 것으로 나타난다.

(2) 구로세무서장의 청구법인 매입처 D에 대한 조사내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 매입처 D 대표자 B에 대한 진술조서(2024.9.30.)에 의하면, “2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 ㈜C로부터 수취한 총 51건의 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서 및 같은 기간 OOO에 발급한 총 21건의 공급가액 합계 OOO원 상당의 매출세금계산서는 청구법인 대표자 A이 거래하던 업체로 그 내용을 모른다”고 진술한 내용이 나타난다.

ㅇㅇㅇ

(나) 조사종결보고서에 의하면, 매출처 OOO(2020.11.15. 폐업) 전 대표자 C은 서면 문답서(2024.9.24.)를 통해, “OOO은 중고 컴퓨터를 취급하는 업체로 합성수지 원료를 취급하여 매입ㆍ매출한 거래내용에 대해서는 알지 못하고, 세금계산서, 공인인증서, 대금관리는 청구법인 대표 A이 주도하였다”고 답변한 내용이 나타난다.

ㅇㅇㅇ

(다) 조사종결보고서에 의하면, C은 “OOO은 중고 컴퓨터를 취급하는 업체로 주요 거래품목은 중고컴퓨터 본체 및 부품(CPU, 메모리, 보드, HDD 등), 모니터 등 전부 컴퓨터 관련된 것이 90%, 나머지는 서버 전산관련품이며 주요유통은 입찰을 통해 구입하거나 거래처(신성상사, 정컴, 개미, 월드메모리 등 용산업체들)로부터 매입, 수출 또는 같은 업종 업체에 매출, 부품으로 기능하지 못하는 스크랩은 대부분 고려아연으로 보내 금 추출 등을 하여 부수입을 얻고, OOO이 합성수지 원료를 취급하여 매입ㆍ매출한 내용은 금시초문이며 만약 매입했다면 전 대표 A이 거래하였을 거라고 하면서도 새 컴퓨터만 취급하는 청구법인에 합성수지 원료를 매출한 사실은 이해가 가지 않는다”는 내용으로 조사청에 회신하였다.

(라) 조사종결보고서에 의하면, 매출처 OOO 대표자 E는 조사청의 거래사실확인 요청에 대해, “2017년 A이 본인의 친구라 하여 E를 B에게 소개할 당시에도 E는 신도리코 복사기 렌탈ㆍ납품을 하던 사업자이고 2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 OOO가 청구법인을 제외한 매출처에 발급한 전자세금계산서 품목 기재내용은 ‘유지보수수수료ㆍ복사기렌탈ㆍ컴퓨터 및 주변기기 등’으로 합성수지 원료 품목은 일체 없다”고 회신한 내용이 나타난다.

(3) 법인등기사항전부증명서, 주식등변동상황명세서 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2009.6.4. 설립되었고, 2015년 기초 총 발행주식 40,000주(1주당 금액 OOO원, 자본금 합계 OOO원) 중 A이 35,800주(89.5%), A이 이사인 OOO이 4,200주(10.5%)를 보유하고 있었고, A은 2017.12.23. 자신이 소유하고 있던 청구법인 주식을 F에게 5,500주(기존 4,200주와 합하여 24.25%), C에게 5,500주(13.75%), G에게 5,500주(13.75%)를 각 양도하여 청구인 A은 19,300주(48.25%)를 보유하였다.

(나) 법인등기사항전부증명서(2023.6.13. 발급)에 의하면 A은 2015.8.28. 이후 대표이사로 등재되어 있고, 청구법인이 제출한 근로소득지급명세서에 의하면, 청구인(A)은 2016년 OOO원, 2017년 OOO원을 급여로 지급받은 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본 다.

(가) 먼저 쟁점①의 경우, 「국세기본법」 제68조 제1항 은 “심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호에서 청구기한이 지난 후에 청구된 경우 등에는 심사청구를 각하하는 결정을 하고, 같은 법 제80조의2에서 심판청구에 관하여는 제61조 제3항 및 제65조 등을 준용하도록 규정하고 있는바, 처분청은 2016년 제1기∼2017년 제2기 및 2019년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 납부고지서를 등기우편으로 발송하여 청구인 본인이 2024.12.6. 수령한 것으로 나타나고, 청구인은 2025.3.17. 심판청구서를 우리 원에 제출하였는바, 청구인이 위 납부고지서를 받은 날부터 90일이 되는 날인 2025.3.6.을 경과하여 심판청구를 제기한 것이므로, 이에 대한 심판청구는 청구기간이 경과한 부적법한 청구로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 상대방 회사들과 실제 거래계약을 체결하고 정상적으로 물품을 수수하고 대금결제까지 마쳤다고 주장하나, 이 건 거래의 경우, 청구법인을 비롯한 거래당사자들이 매출대금이 입금되면 즉시 출금하여 각자의 하위 매입처에 대금을 지급하는 순차적 자금거래내역이 확인되고, 중간 유통업체가 대금 수수 이외에 구체적으로 어떠한 역할을 하였는지가 불분명한 점, 청구법인은 중간 유통업체가 많은 복잡한 거래형태에 대하여 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 제출한 발주서, 거래명세서, 인수증, 제품 및 현장을 촬영한 사진 등만으로는 이 건 거래가 실제 거래라는 사실을 입증하기에는 부족해 보이는 점, 이 건 매입처 OOO 대표자 D, D 대표자 B, 매출처 OOO 전 대표자 C, OOO 대표자 E 등이 이 건 매입 및 매출거래에 대하여 청구법인 대표자 A이 공인인증서 등을 직접 사용하여 전자세금계산서를 수수한 것으로서, 청구법인이 거래한 합성수지 제품에 대해서는 알지 못한다고 진술하고 있는 점, 경기안양만안경찰서장은 2025.9.9. 청구법인 및 대표자 A을 「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서 교부등) 등으로 송치 결정하였고, 2025.9.19. 수원지방법원 안양지원(OOO)에 공소장이 접수된 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 주식에 관한 권리행사는 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것인바(OOO), 청구법인의 주식등변동상황명세서 등에 의하면 2015년 기초부터 2017.12.23.까지 청구법인 총 발행주식 40,000주 중 A이 35,800주(89.50%)를 보유하고 있었고, A은 2015.8.28. 이후 대표이사로 등재되어 있었으며, 청구법인으로부터 2016년 OOO원, 2017년 OOO원을 급여로 지급받은 사실 등을 감안하면, A은 청구법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 청구인을 청구법인의 과점주주로 보아 해당 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 부적법하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있