조심-2025-중-1491 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.8.22. LED 조명 제조․판매를 위해 ‘A’라는 상호로 설립되어 2005.11.18. 코스닥시장에 상장되었고, 2020년 화장품․의약품 제조회사 인수 후 상호를 ‘B’로 변경하였다가, 2022년 10월 종속회사인 주식회사 A을 흡수합병하면서 현재의 상호로 변경하였다.

청구법인은 2021.9.14. 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)과 ‘업무협약서’를 체결하여, B이 발주하는 LED 상품 등을 청구법인이 매입원가에 2.5% 상당의 수익을 더하여 B에게 납품하기로 약정하였다.

나. 〇〇지방국세청장(조사〇국)은 2024.7.2.〜2024.10.31. 기간 동안 청구법인의 2019〜2023년 귀속에 대한 조세범칙조사를 실시하여, 2021년 제2기 및 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 실물거래 없이 아래 <표1>의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취․발급하였다(B이 청구법인의 매입처 등에게 다시 매출하는 가공‧순환거래)는 내용의 세무조사 결과를 통보하고, 그 당시 대표이사 A(실행위자) 및 청구법인 등을 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」등의 위반혐의를 이유로 검찰에 고발하였다.

<표1> 조사청이 가공자료로 확정한 내용

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다. 이에 따라 처분청은 위 <표1>의 금액을 매출액 또는 매입액에서 각각 차감하고, 가산세를 합산하여 2024.12.5. 청구법인에게 부가가치세 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였으며, 그 세부내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 과세기간별 고지세액 세부내역

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라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.26. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 신고 매출액 등 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인의 신고 매출액 등 현황

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(나) 청구법인의 부가가치세 신고내용은 아래 <표5>과 같다.

<표5> 청구법인의 부가가치세 신고내용

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(다) 청구법인과 B이 2021.9.14. 체결한 ‘업무협약서’의 내용은 아래와 같다.

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(라) 조사청은 이 건 범칙조사 후에 청구법인과 그 대표자 A(실행위자) 및 B과 그 대표자 B(실행위자)를 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」위반(허위세금계산서 등 교부) 및 「조세범 처벌법」위반 혐의로 각각 검찰에 고발하였고, B의 관할인 광주지방검찰청 장흥지청은 2025.7.10. 조사청에 B 및 B를 기소(불구속구공판)한 사실을 통지한 것으로 나타난다.

(마) 처분청이 제시한 자료에는 아래의 내용이 확인된다.

1) 조세범칙조사 종결보고서의 주요내용은 아래와 같다.

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2) ㈜O와의 거래분과 관련하여 청구법인의 ERP와 B의 매출자료를 비교한 예시는 아래 <표6>과 같고, 동일한 품목․수량의 물품에 대하여 청구법인이 매출세금계산서 발급(2021.11.30.)하기 전에 B이 매출세금계산서를 발급(2021.11.10.)한 것으로 나타난다.

<표6> 청구법인의 ERP 자료와 B 매출자료 비교(예시)

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3) 조사청이 파악한 업체별 매입대금 지급시기는 아래와 같다.

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4) 조사청은 세무조사 당시에 보낸 ‘거래사실확인서’에 대하여, OOO, ㈜C, ㈜F, OOO의 4곳은 정상거래라고 표시한 반면, ㈜D(청구법인의 매입처)와 ㈜E(B의 매출처)은 가공거래라고 표시한 확인서를 회신한 것으로 나타난다.

5) 조사청이 세무조사 당시 문답한 자료는 아래와 같다.

<다음 쪽 그림 삽입을 위한 여백>

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6) B의 C 부장과 청구법인 D 대리의 2022.1.3.자, 2022.2.15.자 및 2022.2.24.자 통화내용은 아래와 같고, 처분청은 D이 쟁점거래를 자금만 이동하는 거래임을 언급하였고, 청구법인이 가공거래를 실물거래로 위장하기 위해 가짜 발주서 및 가짜 타처보관증을 B에게 요청하였다는 의견이다.

<다음 쪽 그림 삽입을 위한 여백>

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7) 쟁점거래와 관련하여 청구법인의 직원 J이 2022.7.7. ㈜C의 대표 E를 면담한 후 작성하여 다른 직원에게 보낸 전자메일의 내용은 아래와 같다.

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(바) 청구법인은 실물거래가 있었다는 근거로 제시한 2022.4.1.자 청구법인과 B이 체결한 ‘물품보관계약서’의 내용은 아래와 같고, 2022.4.1.〜2023.3.30. 기간 동안 청구법인의 물품을 B의 5층 창고 80평 면적에 보관(임차료는 1평당 OOO원, 월총액 OOO원)하는 내용이 기재되어 있다.

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(사) 청구법인이 B에 대한 매출채권 회수를 위하여 노력한 근거로 제시한 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구법인의 채권회수를 위한 조치내역

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(아) B의 대표 B는 횡령 및 강제집행 면탈 등의 혐의에 대해 유죄판결(OOO)을 받았고, 그 판결서의 주요내용은 아래와 같다.

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(자) 청구법인이 B 및 그 대표 B를 상대로 제기한 물품대금 청구소송의 판결(OOO)내용은 아래와 같다.

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(차) 종전 세무조사에서 과세된 청구법인의 휴대폰단말기 거래 관련한 행정소송 1심(OOO) 판결내용(청구법인 승소)은 아래와 같고, 과세관청이 2025.2.28. 항소함에 따라 그 소송은 2심에 계류중인 것으로 나타난다.

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(카) 청구법인은 2025.11.12. 개최된 조세심판관회의에서 쟁점세금계산서와 관련한 재고를 재무상태표에 계상하였다고 진술하였고, 쟁점거래와 관련한 재고를 관리․확인하였다는 근거로 아래의 자료를 추가로 제시하였다.

1) 아래 2022.5.23.자 국내출장신청서에는 B과 C에 대한 재고 현황 파악을 목적으로 출장신청한 내용이 기재되어 있다.

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2) 청구법인의 근태요청서에 따르면, 2021.9.18.자 기안문에는 D(LED영업팀), L(영업팀)의 출장(2021.9.16.) 신청내용이, 2021.11.20.자 기안문에는 D(LED영업팀), L(영업팀)의 출장(2021.11.18. 및 2021.11.21.) 신청내용이, 2022.4.22.자 기안문에는 M과 L의 출장(2021.4.15.∼2021.4.15., OOO 대리점 업무 미팅) 신청내용이 각 기재되어 있다.

3) 청구법인은 위탁창고에 대한 재고현황을 관리하고 있다며, 아래의 내용을 제시하였다.

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4) N(구매팀)가 2022.5.18. J(경영전략실 이사)에게 보낸 전자메일[헬스케어 재고 현황(4월말 기준)]에는 전체 재고금액이 OOO원 중 충당금을 차감한 장부상 재고 금액이 OOO원으로 기재되어 있고, ‘OOO’ 파일이 첨부되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

청구법인의 ERP 자료와 B 매출자료를 보면, 청구법인은 ㈜C으로부터 공급받은 달에 세금계산서를 수취하고 그 다음달에 B에게 매출세금계산서를 발행하는 반면, B은 동일 물품에 대해 매입세금계산서를 받기도 전에 ㈜C에게 매출세금계산서를 발급한 것으로 나타나는 점, 조사청이 발송한 거래사실확인서에 대하여 ㈜D, ㈜E은 가공거래라고 회신하였고, ㈜C, OOO 등은 조사청과의 문답조사 과정에서 가공거래 사실을 인정한바, 이 건 상당 수의 거래처가 쟁점세금계산서와 관련한 거래를 가공거래라고 확인하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서와 관련된 거래가 순환거래의 형태를 띠고 있는 것으로 보이는 측면이 있다.

반면, 청구법인은 B이 매입처들에게 같은 물품을 다시 매출한 사실을 그 거래 당시에는 알지 못하였고, 쟁점세금계산서와 관련된 재고자산을 재무상태표에 계상하였으며, 청구법인의 직원이 현장에 출장하여 직접 재고를 확인하고 그 내역을 ERP를 통해 자체적으로 관리하고 있으므로, 쟁점세금계산서와 관련된 거래는 실물거래가 수반된 것으로 보아야 한다고 주장하며, 출장신청서 및 자체 EPR 자료 화면켑처본 등을 제출하였는데, 해당 자료만으로는 실물거래가 있었다고 단정하기는 어렵다.

따라서 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련한 재고자산을 감사받은 재무상태표에 계상하였는지 여부, 외부감사인이 관련 재고자산을 실사하였는지 여부 등을 확인하고, 조세심판관회의에서 추가로 제출된 출장신청서 및 자체 ERP 재고관리 자료 등을 토대로 쟁점세금계산서상 거래를 정상거래로 볼 수 있는지에 대해 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.