조심-2025-인-2332 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 폐플라스틱 재활용 가공업을 영위하는 법인으로, 2016 년 제1기부터 2017년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 이를 반영하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 수취 내역

(단위 : 원)

○○○

나. 처분청은 OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 청구법인이 실물거래 없이 A으로부터 위장으로 쟁점①세금계산서를 수취하였다는 내용의 과세자료를 통보받았고, B에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 실물거래 없이 쟁점②세금계산서를 수취하였다고 보았으며, 2025.2.14. 청구법인에게 2016년 제1기분～2017년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원(2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 쟁점②세금계산서에 대하여 10년의 국세부과 제척기간을 적용하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) A의 실제 대표자에 대한 형사소송(허위 세금계산서 교부 등) 판결 등은 아래와 같다.

(가) 서울서부지방법원(OOO 등 병합)은 2019.9.25.A의 실제 대표자 a의 「조세범 처벌법」 위반 등에 대한 사건에 대하여 아래 <표2>와 같은 판결을 선고하였다 .

<표2> 판결문(서울서부지방법원, 1․23․27～28면)

○○○

(나) a은 2018.10.12. 서울남부구치소에서 아래 <표3>과 같은 진술서를 작성하였다.

<표3> a의 진술서(발췌)

○○○

(2) 청구법인이 쟁점①세금계산서와 관련하여 제출한 자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인은 쟁점①세금계산서에 대하여 아래 <표4>와 같이 정리한 자료와 계량확인서, 입금표 및 약속어음 등을 제출하였다.

<표4> A 입고 및 결제현황

(단위 : ㎏, 원)

○○○

(나) 청구법인은 어음과 관련하여 a이 청구법인의 대표이사인 b에게 개인적으로 어음할인하였고, 그에 대한 증빙자료가 없는 것은 사업장의 화재로 당시 보관 중이던 자료를 소실하였다고 주장하면서 경기도 김포소방서장이 2023.8.4. 발급한 화재증명원(화재일시 2016.1.25. 00:53, 장소 청구법인)과 현장사진을 제출하였다.

(다) 청구법인은 ‘C가 2016년 제1기부터 2017년 제1기까지 과세기간 동안 A으로부터 수취한 세금계산서에 대한 해명자료를 처분청에 제출하였고, 처분청은 C가 수취한 세금계산서에 대하여 과세하지 않았다’고 주장하면서 아래 <표5>와 같은 ‘해명자료에 대한 처리결과 통지서’를 제출하였다.

<표5> 부가가치세 해명자료에 대한 처리결과 통지서

○○○

(3) 처분청이 쟁점①세금계산서와 관련하여 제출한 자료는 아래와 같다.

(가) 처분청은 쟁점①세금계산서에 대한 대금이 A을 거쳐 청구법인, 청구법인의 대표자 및 청구법인 대표자 자녀에게 다시 반환되었다는 의견으로 아래 <표6>․<표7>과 같은 자료을 제시하였다.

<표6> 계좌이체 내역(발췌)

(단위 : 원)

○○○

<표7> 약속어음 및 당좌수표 등 제시내역

○○○

(4) 쟁점②세금계산서와 관련된 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 B이 부가가치세를 신고․납부하였고, 경정청구를 통해 부가가치세를 환급받은 사실이 없으므로 쟁점②세금계산서를 수취하면서 국가의 조세수입이 감소하게 될 것이라는 인식이 없었다고 주장한다.

(나) 처분청은 세무조사의 결과에 따라 B에게 부과된 부가가치세(2016년 제2기～2017년 제2기) 및 법인세(2016～2017사업연도)가 체납되었고, 시효 완성으로 체납세액이 소멸하였다는 의견이며, 세무조사 시 B의 대표자 d가 처분청에 출석하여 진술한 자료를 제출하였다.

<표8> B 대표자 d의 심문조서(발췌)

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 지급한 쟁점①세금계산서에 대한 대금이 청구법인의 대표자 등에게 다시 반환되어 쟁점①세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 법원은 A의 실제 대표자 a에 대한 형사소송(허위 세금계산서 발급)에서 청구법인이 제출한 ‘계량확인서 등의 거래내역’, ‘송금확인증 등의 대금지급에 대한 구체적인 내역 및 진술’ 등을 감안하여 청구법인과의 쟁점①세금계산서에 대한 거래를 실물이 전혀 존재하지 않았다고 보이지 않는 것으로 판결한 점, 청구법인은 위 소송 및 이 건 심판청구에서 동일한 자료를 제출하였을 것으로 보이는 점, 조사청이 가공거래로 보아 자료파생한 A의 거래처인 C의 경우에도 법원이 청구법인과 같은 취지로 판단하여 처분청은 해당 거래에 대하여 실물 거래가 있는 것으로 보아 부가가치세를 부과하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 B이 쟁점②세금계산서와 관련한 부가가치세를 신고․납부하였으므로 쟁점②세금계산서를 수취함으로 인해 국가의 조세수입을 감소시킨다는 인식이 없었다고 주장하나, B 대표자 d의 심문조서에 따르면 청구법인은 쟁점②세금계산서에 대한 대금(부가가치세를 포함한 공급대가)을 지급한 사실이 없어 보이고, 설령 B이 쟁점②세금계산서와 관련한 부가가치세를 신고․납부하였다 하더라도 청구법인은 B에게 부가가치세 상당액을 지급하지 않으면서 실물 없이 과다하게 쟁점②세금계산서를 수취한바, 그로 인해 국가의 조세수입이 감소하게 될 것이라는 인식이 없었다고 단정하기 어려운 점, B은 쟁점②세금계산서를 발급하면서 해당 부가가치세액에 상당하는 금액을 국가에 납부하지 않기 위해 실물거래 없이 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

가. 「소득세법」 제81조의10 제1항 제4호

나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호 , 같은 조 제3항 및 제4항

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 부가가치세법

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(4) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위