조심-2025-서-2952 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인(2020년 “재단법인 한베재단”에서 현재의 상호로 변경되

었으며 2024.12.31.까지 이상준이 청구법인의 대표이사로 재임)은 베트

남 경제사회 발전에 기여할 인재 육성, 베트남 경제사회 발전에 기여

할 수 있는 각종 사업 지원, 한 베트남 국민 간 이해증진을 위한 문

ㆍ

화교류사업 지원 등을 목적으로 하여 2007.6.1. 외교통상부장관으로부

터 허가를 받아 2007.6.28. 「민법」 제32조 에 따라 설립된 공익법인

이다.

나. 청구법인은 2007.6.28. 주식회사 골든브릿지 (이하 “쟁점법인”이

1)

라 한다)의 자회사인 주식회사 브릿지헤드로부터 출연가액 2,000,300,0

00원에 상당하는 쟁점법인의 보통주식 100,000주(지분율 5.00%)를 출

연받았고,

청구법인은 출연받은 쟁점법인의 보통주식 100,000주를 보유하다가

2019년 쟁점법인의 유상감자 과정에서 90,000주를 양도한 대가를 재

원으로 하여 2019.12.31. 쟁점법인으로부터 제주특별자치도 제주시 조

천읍 선흘리 337-4에 소재하는 제가동호 건물(2층 단독주택으로 각

층 135㎡이며 토지 면적은 828㎡로 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 304,

056,000원에 취득하였고,

1) 당시 청구법인의 대표이사였던 이상준은 2019년 말 쟁점법인의 주식 189,400

유하고 있었다.

2019.12.31. 농업회사 제이제이주식회사 로부터 제주특별자치도 제

2)

주시 건입동 ○○○-○ 토지(전, 1,128㎡)와 제주특별자치도 제주시 한경

면 신창리 ○○○○-○ 토지(임야, 876㎡)(토지 2필지를 이하 “쟁점토지”라

한다)를 합계 897,204,000원에 일괄취득하였다.

다. 청구법인은 설립 이후 공익법인으로 당연지정되었으나, 2021년

이후 지정추천 절차를 미이행함에 따라 공익법인 지정이 배제되어 공

익법인의 지위를 상실하였고, 이에 서울지방국세청장(이하 “조사청”이

라 한다)은 청구법인을 대상으로 사후점검을 실시하였으며,

청구법인이 출연받은 주식을 양도한 대가로 취득한 쟁점토지를 3년

이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하였고, 쟁점법인의 최

대주주이자 청구법인의 대표이사인 이상준이 청구법인이 출연받은 주

식을 양도한 대가로 취득한 쟁점주택을 무상으로 사용하였다는 등의

이유로 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조

등에 따라, 2025.4.1. 청구법인에 2019.12.31. 증여분 증여세 51,811,200

원, 2022.12.31. 증여분 증여세 59,520,000원 합계 111,331,200원을 결정

고지하였다.

ㆍ

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.25. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 출연받은 재 산 의 매각대금으로 취득한 쟁점토지를 3년 이내에

직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 것 에 대한 증여세 부과처분

의 당부

② 출연받은 재 산 의 매각대금으로 취득한 쟁점주택을 특수관계인이

무상사용한 것 에 대한 증여세 부과처분의 당부

90,000주(100,000주 → 10,000주)로 확인된다.

나. 관 련 법령 : < 별지 > 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따 르 면, 다음과 같 은

사실이 나 타난 다.

(가) 심리자료에 의하면, 청구법인은 2007.6.28. 쟁점법인의 자회사

인 주식회사 브릿지헤드로부터 출연받았던 쟁점법인의 보통주식

100,000주(출연가액 2,000,300,000원)를 보유하다가 2019년 쟁점법인의

유상감자 과정에서 90,000주를 양도하였는데, 그 양도대가를 재원으로

하여 2019.12.31. 쟁점법인으로부터 쟁점주택을 304,056,000원에 취득

하였고, 2019.12.31. 농업회사 제이제이주식회사로부터 쟁점토지를 합

계 897,204,000원에 일괄취득한 것 으로 확인된다.

< 쟁점법인의 2019년 주식등변동상황명세서 일부 >

(단위 : 주, %)

주주 출자자 기초 기말

ㆍ

일 련

성명 주민등 록 번호 주식수 주식수

번호

구분 지분율 지분율

(법인명) (사업자번호) (출자 좌 수) (출자 좌 수)

24 개인 이상준 581203- ******* 1,350,150 67.51 189,400 94.98

비영 리내국

법인

3) 쟁점법인의 2019년 주식등변동상황명세서상 청구법인의 감소주식수는 양도

매매목 록 2019-2616호

< 청구법인의 2019년 감사보고서 내용 일부 >

< 쟁점주택 선흘리 ○○○-○ 등기사항증명서 일부 >

【갑 구 】 (소유 권 에 관한 사항)

순 위번호 등기목적 접수 등기원인 권 리자 및 기 타 사항

소유 권 이전 2019년3월28일 2019년3월28일 소유자 쟁점법인(110111- ******* )

제27409호 원물상 환 서울특별시 서대문구 충 정로 ** , * 층

( ***** , ******* )

17

16번신 탁 등기말소 신 탁 재 산 의

귀 속

소유 권 이전 2019년12월31일 2019년12월19일 소유자 청구법인 274122- *******

제116707호 매매 서울특별시 서대문구 충 정로 ** , * 층

18

( ***** , ******* )

거래가액 금897,204,000원

【 매 매 목 록】 | 목 록 번호 2019-2616 | 2022년12월19일 | 등기원인 | 매매

거래가액 금304,056,000원

< 쟁점토지 건입동 ○○○-○ 토지(전, 1,128㎡) 등기사항증명서 일부 >

【갑 구 】 (소유 권 에 관한 사항)

순 위번호 등기목적 접수 등기원인 권 리자 및 기 타 사항

소유 권 이전 2013년8월26일 2013년7월24일 소유자 농업회사법인제이제이주식회사

19 제70707호 임의경매로 220111- *******

인한 매각 제주특별자치도 제주시 조천읍 ** 리 ***

8번가 압 류, 2013년8월26일 2013년7월24일

9번가 압 류, 제70707호 임의경매로

11번 압 류, 인한 매각 | 13번 압 류, | 20 15번 압 류, | 16번가 압 류, | 17번임의경매개시 | 결정, 18번 압 류 | 등기말소

소유 권 이전 2019년12월31일 2019년12월19일 소유자 청구법인 274122- *******

제116708호 매매 서울특별시 서대문구 충 정로 ** , * 층

21

( ***** , ******* )

매매목 록 2019-2628호

< 쟁점토지 신창리 ○○○○-○ 토지(임야, 876㎡) 등기사항증명서 일부 >

【갑 구 】 (소유 권 에 관한 사항)

순 위번호 등기목적 접수 등기원인 권 리자 및 기 타 사항

소유 권 이전 2017년5월29일 2017년5월17일 소유자 농업회사법인제이제이주식회사

제55226호 회사합 병 220111- *******

3

제주특별자치도 제주시 조천읍 ** 리 ***

소유 권 이전 2019년12월31일 2019년12월19일 소유자 청구법인 274122- *******

제116708호 매매 서울특별시 서대문구 충 정로 ** , * 층

4

( ***** , ******* )

매매목 록 2019-2628호

【 매 매 목 록】

목 록 번호 2019-2628 2022년12월19일

등기원인

매매

(나) 청구법인은 아래와 같 이 쟁점토지의 사진을 제시하며 쟁점토

지는 농지나 주차장으로 사용되고 있는 것 이 맞 지만, 농지는 개인적

인 텃밭 으로 이용할 수 없 는 위치에 있으며 주차장은 제주시민이 무

상으로 이용할 수 있게 하고 있다고 주장하고,

조사청은 쟁점토지가 취득일부터 현재까지 텃밭 과 주차장으로 사

용되고 있는 등 청구법인의 공익목적사업에 사용되지 않 고 있으며 임

대 등 수익사업에 사용되지 않 았다는 의견이다.

< 쟁점토지 사진 >

동일한 것 으로 확인된다.

(다) 청구법인은 코로나-19 사태가 끝날 무렵인 2024년 초부터 주

한 베트남 명절 행사 후원, 제주도 및 경기도 김포 시 한방 의료봉사

활동 등의 공익목적사업을 계속해서 수행해나가고 있다고 주장하며

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

무상으로 거주하고 있으며 쟁점법인이 2019.8.30.부터 사업장 소재지

로 사용하고 있으나, 청구법인은 현재까지 쟁점주택 및 쟁점토지와

관 련 한 수입금액이 확인되지 않 으 므 로 정당한 대가를 받지 않 고 있다

는 의견이다.

(2) 처분청은 청구법인이 출연받은 재 산 을 재원으로 2019.12.31. 취

득한 쟁점토지를 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니

한 것 으로 보아 증여일 2022.12.31. 기준 쟁점토지의 개별공시지가 로

4)

평 가한 342,600,000원을 증여재 산 가액을 하고 배제대상 외부전문가로

부터 세무확인을 받음에 따 른 가 산 세를 포 함하여 아래와 같 이 청구법

인에 2022.12.31. 증여분 증여세 59,520,000원을 결정 고지하였고,

ㆍ

< 쟁점토지 관 련 2022.12.31. 증여분 증여세 결정내 역>

(단위 : 원)

과세표준 세율 산 출세액 가 산 세 고지세액

342,600,000 20% 58,520,000 1,000,000 59,520,000

4) 건입동 ○○○-○ 토지(전, 1,128㎡) 2022년 개별공시지가 1㎡당 260,700원, 신창

청구법인이 출연받은 재 산 을 재원으로 2019.12.31. 취득한 쟁점주

택을 취득일부터 특수관계인이 무상으로 사용한 것 으로 보아 그 취득

가액인 304,056,000원을 증여재 산 가액으로 하고 외부전문가의 세무확

인서를 미제출함에 따 른 가 산 세를 포 함하여 아래와 같 이 청구법인에

2019.12.31. 증여분 증여세 51,811,200원을 결정 고지하였다.

ㆍ

< 쟁점주택 관 련 2019.12.31. 증여분 증여세 결정내 역>

(단위 : 원)

과세표준 세율 산 출세액 가 산 세 고지세액

304,056,000 20% 50,811,200 1,000,000 51,811,200

(3) 이상의 사실관계 및 관 련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여

살펴본 다.

(가) 먼저 쟁점 ① 에 대하여 살 피건대, 청구법인은 코로나-19 감염

증 사태로 인한 접촉금지명령과 출입국 제한 등으로 공익목적사업을

수행하기 어려운 상황에 놓이게 되어 출연받은 주식의 양도대가로 취

득한 쟁점토지를 공익목적사업에 사용하지 아니한 데에는 부득이한

사유가 있다고 주장하나,

상증세법 제48조가 규정한 공익법인 등이 출연받은 재 산 에 대한 증

여세 과세가액 불 산 입 제도의 입법 취지는 공익사업을 앞 세 우 고 변 칙

적인 재 산 출연행위를 하여 탈 세나 부의 증식수단으로 악 용하는 것 을

방지하기 위하여 공익법인 등에 출연된 재 산 에 대하여는 공익법인 등

이 해당 재 산 이나 그 운용소득을 출연목적에 사용할 것 을 조건으로

증여세 과세가액에 정 책 적으로 산 입하지 아니하는 데 있고(대법원 20

13.6.27. 선고 2011 두 12580 판결, 대법원 2010.5.27. 선고 2007 두 26711

판결 등 참조), 같 은 조 제2항은 출연받은 재 산 이나 그 매각대금 등을

직접 공익목적사업 및 그에 충 당하기 위한 수익용으로 운용하지 아니

하거나 용도 외에 사용하는 경 우 에는 즉 시 증여세를 부과함으로 써 위

와 같 은 입법 취지를 관 철 하기 위하여 과세관청이 그 조건의 이행 여

부를 사후관리하도 록 규정하고 있다.

상증세법 제48조 제2항 제4호 및 같 은 법 시행령 제38조 제4항은

출연받은 재 산 을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지 난

날까지 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경 우 즉 시 증여세

를 부과하도 록 규정하고 있는 바 , 출연받은 자 산 의 매각대금을 직접

공익목적사업 등에 사용하지 못 하게 된 부득이한 사유의 존 부나 그

사유에 해당하는지 여부 등은 고려하지 아니하는 점, 청구법인은 출

연받은 주식을 양도한 대가로 2019.12.31. 취득한 쟁점토지를 텃밭 이

나 주차장으로 사용한 사실이 있으나 3년이 지 난 날까지 직접 공익목

적사업 등에 실제 사용한 이 력 이 없 는 점, 쟁점토지를 주차장으로 무

료개방하는 것 은 청구법인의 공익목적사업과 관 련 이 있다고 보기 어

려운 점 등에 비 추어, 처분청이 쟁점토지에 대하여 청구법인에

2022.12.31. 증여분 증여세를 부과한 처분은 잘못 이 없 다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점 ② 에 대하여 살 피건대, 청구법인은 쟁점주택에

청구법인의 대표이사 이상준이 전입한 이유에 대하여 쟁점주택 및 쟁

점토지를 관리하고, 인 근 부동 산 개발업자 및 인 근 주민 등이 재 산 을

부당하게 침 해하는 것 에 대한 방어수단이라고 주장하나,

쟁점법인의 지분 94.98%를 소유한 청구법인의 대표이사 이상준이

쟁점주택에 전입하여 이를 무상으로 사용하였고 농업회사 제이제이주

식회사의 사업장으로 사용하고 있는 것 으로 나 타 나는 점, 청구법인의

대표이사가 쟁점주택을 무상으로 사용하는 데에 있어 쟁점주택과 쟁

점토지를 관리하기 위한 것 이라고 하나 이는 청구법인의 공익목적사

업 등과 직접적으로 관 련 된 것 이라고 보기 어려운 점 등에 비 추어,

처분청이 쟁점주택에 대하여 청구법인에 2019.12.31. 증여분 증여세를

부과한 처분은 잘못 이 없 다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없 으 므 로 「국세기 본 법」

제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같 이 결정한다.

2025. 12. 30.

주심조세심판관 이 호 섭 | 배석조세심판관 박 태 의 | 이 종 규 | 임 영 호 | < 별지 > 관 련 법령

(1) 상속세 및 증여세법(2018.12.31. 법 률 제16102호로 일부 개정된

것 )

제48조(공익법인등이 출연받은 재 산 에 대한 과세가액 불 산 입등) ①

공익법인등이 출연받은 재 산 의 가액은 증여세 과세가액에 산 입하지

아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결 권 있는 주식 또 는 출

자지분(이하 이 조에서 " 주식등 " 이라 한다)을 출연받은 경 우 로서 출연

받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것 이 그 내국법인의 의결

권 있는 발행주식 총 수 또 는 출자 총 액(자기주식과 자기출자지분은 제

외한다. 이하 이 조에서 " 발행주식 총 수등 " 이라 한다)의 제16조 제2항

제2호에 따 른 비 율을 초과하는 경 우 (제16조 제3항 각 호에 해당하는

경 우 는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산 입한

다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한

내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다 른 공익법

인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재 산 을 출연받은 다 른 공익

법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재 산 을 출연받은 공

익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어 느 하나

에 해당하는 경 우 에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증

여받은 것 으로 보아 즉 시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당

하는 경 우 에는 제78조 제9항에 따 른 가 산 세를 부과한다. 다만, 불특정

다수인으로부터 출연받은 재 산 중 출연자별로 출연받은 재 산 가액을

산 정하기 어려운 재 산 으로서 대통령령으로 정하는 재 산 은 제외한다.

1. 출연받은 재 산 을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충

당하기 위하여 수익용 또 는 수익사업용으로 운용하는 경 우 를 포

함한다. 이하 이 호에서 같 다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은

날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는

경 우 . 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸

리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경 우 로서 제

5항에 따 른 보고서를 제출할 때 납 세지 관할세무서장에게 그 사

실을 보고하고, 그 사유가 없 어진 날부터 1년 이내에 해당 재 산 을

직접 공익목적사업 등에 사용하는 경 우 는 제외한다.

4. 출연받은 재 산 을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이

지 난 날까지 대통령령으로 정하는 바 에 따라 사용하지 아니한 경

우

③ 제1항에 따라 공익법인등이 출연받은 재 산 , 출연받은 재 산 을 원 본

으로 취득한 재 산 , 출연받은 재 산 의 매각대금 등을 다음 각 호의 어

느 하나에 해당하는 자에게 임대차, 소 비 대차( 消費貸借 ) 및 사용대차

( 使用貸借 ) 등의 방법으로 사용 · 수익하게 하는 경 우 에는 대통령령으

로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것 으로 보아 즉 시 증여세를

부과한다. 다만, 공익법인등이 직접 공익목적사업과 관 련 하여 용 역 을

제공받고 정상적인 대가를 지 급 하는 등 대통령령으로 정하는 경 우 에

는 그러하지 아니하다.

1. 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 출연한 다 른 공익법인등

3. 제1호 또 는 제2호에 해당하는 자와 대통령령으로 정하는 특수관

계에 있는 자

(2) 상속세 및 증여세법 시행령(2019.2.12. 법 률 제29533호로 일부

개정된 것 )

제38조(공익법인등이 출연받은 재 산 의 사후관리) ① 법 제48조 제2

항 각 호 외의 부분 단서에서 " 대통령령으로 정하는 재 산" 이 란 제12

조 제1호에 따 른 종교사업에 출연하는 헌 금(부동 산 및 주식등으로 출

연하는 경 우 를 제외한다)을 말한다.

② 법 제48조 제2항 제1호 및 제7호에서 직접 공익목적사업에 사용하

는 것 은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어

느 하나에 해당하는 경 우 는 제외한다)하는 것 으로 한다. 다만, 출연받

은 재 산 을 해당 직접 공익목적사업에 효 율적으로 사용하기 위하여 주

무관청의 허가를 받아 다 른 공익법인등에게 출연하는 것 을 포 함한다.

1. 「법인세법 시행령」 제56조 제11항 에 따라 고유목적에 지출한

것 으로 보지 아니하는 금액

2. 해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에

소요되는 수선 비 , 전기료 및 전화사용료 등의 관리 비 를 제외한 관

리 비

③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 " 직접 공익목적사업 등에 사용하

는 데에 장기간이 걸 리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유 "란

출연받은 재 산 을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또 는

행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것

이 곤란 한 경 우 로서 주무부장관( 권 한을 위임받은 자를 포 함한다)이

인정한 경 우 를 말한다.

④ 법 제48조 제2항 제4호에서 " 대통령령으로 정하는 바 에 따라 사용

하지 아니한 경 우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또 는 사업연도의

종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실

적(매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또 는 수익사업용 재 산

을 취득한 경 우 를 포 함하며, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법 률 」

제14조에 따 른