조심-2024-중-3606 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1994.10.5. 설립되어 이동통신 기지국용 장비와 부품의 개발․제조 및 판매를 주사업으로 하고 있고, 2000.3.17. 코스닥시장에 상장되었다. A은 청구법인의 대표이사이자 최대주주이고, B은 청구법인의 주주이자 대표이사의 배우자인데, 2017사업연도말 기준으로 A 및 B은 청구법인의 발행주식을 각 35.55%(5,724,309주) 및 5.06%(814,910주)를 보유하고 있다.

나. 청 구법인은 2018.5.25. OOO원 규모의 전환사채를 발행하여 A 주식회사 외 14개 금융회사(이하 “전환사채권자들”이라 한다)가 이를 인수하였는데, 위 사채인수계약의 별지에는 발행된 전환사채 중 35%를 한도로 ‘발행회사 및 발행회사가 지정하는 자(매수인)는 일정한 기한 내에 사채권자가 보유하고 있는 본 사채의 일부를 매수인에게 매도하여 줄 것을 청구할 수 있다’라는 내용으로 청구법인의 콜옵션(이하 “쟁점콜옵션”이라 한다)을 규정하였다.

다. 청구법인은 위 쟁점콜옵션 설정계약에 따라 2019.7.25. 전환사채권자들에게 위 전환사채 중 OOO원(총 전환사채금액의 35%, 이하 “쟁점전환사채”라 한다)에 대하여 ‘A, B(이하 “쟁점지정자들” 또는 “사주부부”라 한다)을 매수인으로 지정한다’라는 내용을 서면으로 통보하였고, 이에 쟁점지정자들은 2019.8.9. 전환사채권자들로부터 위 전환사채를 매수(OOO원, 원금+이자 등)하였으며, 2019.8.9. 및 2019.8.12. 인수한 쟁점전환사채의 전환권을 전부 행사하여 청구법인의 주식 총 770,313주(A 682,278주, B 88,035주, 1주당 OOO원)를 취득하였다.

라. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라고 한다)은 2022.9.22.〜2023.6.30. 기간 동안 청구법인의 2018〜2020사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 쟁점지정자들을 쟁점전환사채의 매수인으로 지정한 행위(이하 “쟁점지정행위”라 한다)가 자산(쟁점콜옵션)의 무상양도에 해당하여 「법인세법」 제52조 에 따라 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 부당행위계산부인 대상이라고 보아, 2023.8.11. 쟁점지정자들이 쟁점전환사채로 취득한 주식수(770,313주)에 쟁점전환사채의 1주당 평가액(OOO원)을 곱한 금액에서 취득가액(1주당 OOO원 = 전환가액 1주당 OOO원 + 이자 1주당 OOO원)을 차감하여 산정한 OOO원(1주당 OOO원)을 익금에 산입(A은 상여로, B은 배당으로 소득처분)하여 법인세를 과세하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

마. 청구법인은 세무조사결과통지를 받은 후 2023.9.8. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 국세청장은 2023.12.6. ‘쟁점콜옵션의 행사자 지정일 현재의 쟁점콜옵션의 가치를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 산정하는 것으로 결정한다’는 재조사 결정을 하였으며, 이에 따라 조사청은 쟁점콜옵션의 가치를 채권평가기관에 의뢰하여 이항모형으로 평가한 가액(1주당 OOO원)으로 쟁점콜옵션의 시가를 재산정한 후, 처분청에 과세자료(부당행위계산부인 금액 OOO원)를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.4.1. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)과 (미환류소득 변동에 따른) 2020사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하고, 2024.4.8. 익금에 산입한 금액을 쟁점지정자들에 대한 상여(A OOO원) 및 배당(B OOO원)으로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.12. 심판청구를 제기하였다.