조심-2024-중-3394 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.10.25. 개업하여 경기도 화성시 OOO에서 서비스업/온라인결제영업대행 영위 중이며 지분은 A 50%, B 50%로 이루어져 있다.

나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.∼2024.2.9. 청구법인에 대한 법인통합조사 및 2023.10.25. ∼ 2024.3.29. 「조세범 처벌법」 제10조 (세금계산서의 발급의무 위반 등) 위반 혐의로 조세범칙조사를 실시하였다.

(1) 그 결과, 조사청은 청구법인에 대하여, 2018 ∼ 2022사업연도에 OOO원의 허위 사업소득 지급명세서를 제출하고, 실제 재화나 용역의 거래 없이 총 OOO원(공급가액, 이하 같다)의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취하였다고 보았고,

또한, 청구법인의 대표자 C는 동일 혐의로 조사 선정된 관련법인인 ㈜D를 통해서 유사한 영업을 수행하며, 조사결과 OOO원의 허위 사업소득 지급명세서를 제출하고, 실제 재화나 용역의 거래 없이 OOO원의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취한 것으로 보았다.

(2) 이에 조사청은 청구법인의 「조세범 처벌법」 제10조 위반 및 대표자의 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2 위반에 대하여 청구법인 및 대표자를 수원지방검찰청에 고발하였고,

가공 및 과다 세금계산서 수취분 매입액과 허위 인건비는 손금부인하고, 과다 세금계산서 발급 매출액은 익금불산입 등을 하여, 법인세와 부가가치세를 경정한다는 경정결의서(안)을 처분청에게 통보하였다.

다. 위와 같은 내용을 통보받은 처분청은 2024.3.28. 세무조사 결과통지 후 2024.3.29. 청구법인에 대하여, 2018, 2020, 2021, 2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원) 및 2018년 제2기, 2019년 제2기, 2020년 제2기, 2021년 제1기 · 제2기, 2022년 제1기 · 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2018년 제2기 OOO원, 2019년 제2기 OOO원, 2020년 제2기 OOO원, 2021년 제1기 OOO원, 2021년 제2기 OOO원, 2022년 제1기 OOO원, 2022년 제2기 OOO원)을 경정·고지하고 OOO원의 법인세 및 부가가치세를 환급 결정하였으며, 가공 인건비(E) OOO원을 기타소득으로, 경비 사적사용 부분 OOO원을 대표자 상여로 각 소득처분하고, 2024.4.8.(2020∼2022사업연도 귀속)과 2024.4.16. (2019사업연도 귀속) 각각 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 발급‧수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 지급명세서 불성실 가산세를 부과한 처분의 당부

②-1 2018사업연도 지급명세서 불성실 가산세 부과 처분이 제척기간을 도과하여 부적법한 처분인지 여부

③ 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하기 전에 이루어진 처분은 절차상 중대한 하자가 있는 부당한 처분이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제75조의7(지급명세서 등 제출 불성실 가산세) ① 제120조, 제120조의2 또는 「소득세법」 제164조 , 제164조의2에 따른 지급명세서(이하 이 조에서 “지급명세서”라 한다)나 같은 법 제164조의3에 따른 간이지급명세서(이하 이 조에서 “간이지급명세서”라 한다)를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에서 정하는 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

2. 제출된 지급명세서등이 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하거나 제출된 지급명세서등에 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 지급명세서의 경우 : 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 100분의 1. 다만, 일용근로소득에 대한 지급명세서의 경우에는 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 1만분의 25로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제120조(가산세의 적용) ⑨ 법 제75조의7 제1항 제2호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 불분명한 경우”란 다음 각 호의 구분에 따른 경우를 말한다.

1. 지급명세서의 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 제출된 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소, 성명, 고유번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호)나 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득귀속연도 또는 지급액을 적지 않았거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우

나. 제출된 지급명세서 및 이자ㆍ배당소득 지급명세서에 유가증권표준코드를 적지 않았거나 잘못 적어 유가증권의 발행자를 확인할 수 없는 경우

다. 내국법인인 금융회사 등으로부터 제출된 이자ㆍ배당소득 지급명세서에 해당 금융회사 등이 과세구분을 적지 않았거나 잘못 적은 경우

라. 「소득세법 시행령」 제202조의2 제1항 에 따른 이연퇴직소득세를 적지 않았거나 잘못 적은 경우

(3) 소득세법

제164조(지급명세서의 제출) ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조 에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일(휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음 달 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

1. 이자소득

2. 배당소득

3. 원천징수대상 사업소득

4. 근로소득 또는 퇴직소득

5. 연금소득

6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

7. 대통령령으로 정하는 봉사료

8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익

(4) 부가가치세법

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

(5) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(6) 국세기본법 시행령

제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일)② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날

(7) 조세범 처벌법

제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위

3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청은 청구법인의 사업구조에 대하여 각각 다음과 같이 설명한다.

(가) 우선 청구법인의 설명은 다음과 같다.

1) 청구법인은 PG(Payments Gateway)사의 업무대행(영업대행 및 기타 기술지원 업무 등) 및 광고대행을 주된 사업으로 하고 있다. 청구법인은 ① PG사인 OOO등(이하 통틀어 “PG사”라 한다)과 각 업무대행계약(이하 “PG대행계약”이라 한다)을 체결하였으며, ② 청구법인의 병의원전용 광고사이트, 카카오페이, G 등에 가맹점 병원의 광고(배너광고)를 게시하고, 그 대가를 수취하는 계약(이하 “광고대행계약”이라 한다)을 가맹점 병원과 체결하였다.

<표1> PG대행계약상 거래 및 수수료 지급구조

○○○

2) 청구법인은 PG사의 영업대행 업무를 수행하고, 그 대가로 대행수수료를 수취한다. PG사는 가맹점을 대행하여 가맹점이 소비자에게 판매한 상품 및 서비스의 판매 대금을 신용카드, 기타 지불수단의 발행자 및 사업자에게 청구하고, 지급받은 대금 중 전자결제대행 수수료(가맹점 수수료 및 장기무이자할부 수수료)를 제한 나머지 금원을 가맹점에 대하여 정산하는 서비스를 제공한다.

<표2> PG사 사업구조

○○○

3) 청구법인은 PG사로부터 가맹점 모집 업무(영업대행), 가맹점에 대한 프로그램의 설치 및 기술지원 업무, 가맹점 관리 업무 등 및 이에 부수되는 업무를 수행한다. 이러한 PG사 업무대행의 대가로서 청구법인은 PG사로부터 대행수수료를 지급받는데, 대행수수료는 ‘모집대행수수료’와 ‘관리대행수수료’로 구성되고, ‘모집대행수수료’의 경우 가맹점이 PG사에게 지급하는 가입비의 일정비율로 산정되며, ‘관리대행수수료’의 경우 가맹점이 PG사에게 지급하는 전자결제대행서비스수수료에서 ‘일반가맹점 모집 조건상 카드수수료 및 할부 수수료를 차감한 금액으로 산정된다.

4) 한편, 본건에서 문제되는 ‘PG사 병원전용 장기무이자할부 프로그램’(이하 ‘본건상품’이라 한다)은 PG사가 병원시장 진입을 위하여 특별히 기획한 단독 상품이다. 일반적으로 장기무이자할부 상품의 경우 가맹점이 장기무이자할부 수수료를 부담하고, 해당 수수료는 할부 개월 수에 따라 비례하여 증가한다. 그러나 본건상품과 관련하여 가맹점은 PG사에게 5%의 단일한 장기 할부 수수료만을 지급할 뿐 별도의 추가적인 수수료를 부담하지 않는다. 가맹점 측으로서는 보다 저렴한 수수료율로 장기무이자할부 결제를 활용할 수 있어, 매출 증대 및 원활한 환자 유치를 기대할 수 있는 것이다.

5) 따라서, 가맹점(병의원)이 본건상품을 이용할 경우, 가맹점은 PG사에 대하여 가맹점수수료(3%) 및 장기할부수수료(5%)(= PG대행수수료 합계 8%)를 지급하고, PG사는 가맹점(병의원)이 지급한 수수료 합계 결제금액의 8% 중 결제금액의 4.5%∼5.5%를 대행수수료 명목으로 가맹점(병의원)을 유치한 청구법인에게 지급하였으며, 청구법인은 관련 매출세금계산서(이하 “PG매출세금계산서”라 한다)를 발행하였다.

6) 청구법인은 본 건 상품의 판매 촉진을 위해 영업자에게 영업수수료를 지급하였다. PG사의 영업대행 업무를 수행하고 수수료를 지급받는 청구법인으로서는, 가맹점이 확대되고 PG사 이용 결제량이 늘어날수록 높은 매출을 올리게 되고, 이에 청구법인은 본건상품을 활용하여 가맹점(병의원)을 확보하고 본건상품을 많이 이용하도록 유도하고자 하는 목적에서 별도의 하위업체인 영업인 또는 영업법인(이하 “영업자”라 한다)에게 영업대행을 의뢰한 후, PG사를 이용한 거래금액의 일정 퍼센트(5%)를, 사업소득원천징수에 필요한 정보를 받아 ‘영업수수료’ 명목으로 지급하였으며, 관련 세금계산서(이하 “PG매입세금계산서”라 한다)를 수취하였다. 청구법인의 영업자에 대한 영업수수료 대금 지급은 청구법인과 영업자 간 계약에 따라 미리 정하여 둔 기준에 따라 이루어진 것이다.

7) 결국, 가맹점(병의원)이 PG사에게 지급한 PG대행수수료(8%) 중 결제금액의 4%∼5% 상당의 금원은 PG사, 청구법인을 거쳐 본건상품의 판매 촉진을 위하여 영업자에게 지급된 것으로서, 이와 같은 거래 구조를 통하여 PG사 측은 병원시장에서의 높은 시장점유율을, 청구법인으로서는 가맹점의 확보 및 PG사 이용 결제량 증진을 통한 높은 수익을 각 추구할 수 있게 된 것이다.

<표3> 광고대행계약상 거래 및 수수료 지급구조

○○○

8) 청구법인은 병의원전용 광고사이트, 카카오, G 등에 배너광고를 하여 주고 병원으로부터 광고대행수수료를 지급받고 매출세금계산서를 발행하였다. 또한 PG대행계약의 구조와 마찬가지로, 청구법인은 위 상품의 판매를 촉진하기 위하여 영업자를 통해 가맹점(병원)을 유치하였고, 광고를 유치한 영업자(하위업체)에게 대행수수료로 광고대가의 약 94% 이상을 지급하면서, 사업소득으로 신고하거나, 매입세금계산서를 수취하였다.

9) 이처럼 본건 광고대행계약의 상품은 가맹점(병의원)의 PG가입을 유도하여 PG매출을 증진하기 위한 패키지상품으로 개발한 것으로, 병원 광고를 유치한 영업자에게 쟁점 금액을 지급한 것으로써 회사는 영업정책의 일환으로 적은 마진으로 운영한 것이다.

(나) 처분청의 설명은 다음과 같다.

1) 청구법인은 병·의원을 대상으로 절세컨설팅을 기획하여 ‘병·의원장에게 PG이용수수료 및 광고비를 지출한 뒤, 지출액 전액 병원 경비로 처리가 가능하며, 해당 금액 중 일부를 영업수당 명목으로 페이백 받을 수 있음’을 홍보하는 영업을 수행하였다.

2) 조사과정에서 병원장 가족 등에게 PG이용수수료의 경우 지출한 결제액의 약 5%를, 광고비의 경우 지급한 광고비의 90%를 페이백 해준 내역을 확인하였고, 페이백만큼은 용역의 제공 없이 세금계산서를 수수한 것으로 판단하였다.

3) 조사청에서는 병·의원이 지출한 PG수수료 및 광고비의 대가가 지급된 뒤 결국 병·의원장의 가족 또는 병·의원장이 지급을 요청한 사람(이하 “지정인”이라 한다)에게 되돌아갔으므로, 광고비와 관련된 거래금액에서 페이백된 금액을 제외하여야한다고 판단하고 과다 발급 또는 과다 수취한 금액 및 가공 수취한 금액을 공급대가에서 제외하였다.

<표4> 거래흐름도(처분청 제출)

○○○

(가) 청구법인이 제공한 용역의 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인의 주요 고객은 개인 병원으로 이루어져 있는데, 병원이라는 업종 특성상, 매출 관리 목적으로는 각각의 진료비 청구처와 각 청구처의 청구일에 따라 얼마의 금액을 진료비로 청구해야 하는지 여부, 청구한 금액을 실제 수령하였는지 여부 등을 관리하여야 할 필요성이 존재하며, 매출 증대 목적으로는 고객별, 급여 및 비급여 항목별 매출분석과 기간별 현금흐름을 예측할 필요성이 존재한다.

2) 청구법인은 병원 고객의 특성을 고려하여 ‘전자결제 통합 솔루션’을 개발 및 제공하였다.

가) 청구법인의 대표인 C는 청구법인 외에 F 주식회사(이하 “F”이라 한다)라는 동일 업종의 회사를 함께 운영하고 있었으며, 청구법인과 F이 함께 주요 고객인 개인 병원에게 카드 결제에 대한 정산 등, 일반적인 PG사업자의 서비스를 제공함과 동시에 개인 병원의 매출 관리 어려움에 강력한 도움을 줄 수 있는 ‘전자결제 통합 솔루션’을 개발하였고 해당 통합 솔루션