조심-2024-서-5752 조세심판원 결정

1. 처분개요

가 . 청구법인은 2018.6.23. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리내국법인으로 아래 < 표 1> 과 같이 경기도 용인시 처인구 OOO 외 7 필지 토지 ( 이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다 ) 를 문중회원인 B 및 OOO ( 이하 “ 명의수탁자들 ” 이라 한다 ) 에게 명의신탁하여 취득․보유하다가 2018.7.3. 이를 제 3 자에게 양도하고 쟁점토지가 3 년 이상 고유목적사업에 사용된 고정자산으로서 그 처분이익이 「법인세법」제 4 조 제 3 항 제 4 호 단서 조항에 따라 「법인세법」상 과세소득에 해당하지 않는 것으로 보아 2019.4.1. 처분청에 2018 사업연도 법인세를 신고하였고 , 명의수탁자들의 경우 쟁점토지의 양도차익에 대하여 비과세로 관할 세무서장 ( AAA세무서장 및 청주세무서장 ) 에게 양도소득세 예정신고를 하였다 .

< 표 1> 쟁점토지 상세내역

○○○

나 . 처분청은 AAA세무서장으로부터 쟁점토지가 청구법인이 명의신탁한 토지로서 청구법인이 실소유자에 해당한다는 과세자료를 통보받아 , 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없고 , 이를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2024.4.1. 청구법인에게 2018 사업연도 법인세 OOO 원 ( 처분청이 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 OOO 원을 직권으로 감액․경정 ) 을 경정․고지하였다 .

다 . 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.7. 이의신청을 거쳐 2024.10.22. 심판청구를 제기하였다 .

3. 심리 및 판단

가 . 쟁점

① 부과제척기간이 임박하여 과세예고통지서 및 납부고지서를 함께 송달한 이 건 처분이 납세자의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분으로 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

② 쟁점토지가 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부

나 . 관련 법령 : < 별지 > 기재

다 . 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면 , 아래와 같은 사실들이 나타난다 .

( 가 ) 청구법인의 규약은 아래 < 표 2> 와 같고 , 청구법인 재산목록상 쟁점선산 및 쟁점토지가 포함된 것으로 확인된다 .

< 표 2> 청구법인 규약 및 재산목록

○○○

( 나 ) 청구법인은 2004 년 1 월경 청구법인의 문중회원인 명의수탁자 등의 명의로 쟁점토지에 대한 소유권등기를 경료하기로 하는 내용의 명의신탁약정을 체결하였다 .

< 표 3> 부동산명의신탁약정서

○○○

( 다 ) 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역은 아래 < 표 4> 와 같다 .

< 표 4> 쟁점토지 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역 ( 일부 발췌 )

○○○

(2) 이 건 부과처분과 관련된 사실관계는 다음과 같다 .

( 가 ) 청구법인은 2019.4.1. 쟁점토지의 양도에 대하여 3 년 이상 고유목적사업에 사용한 토지에 해당하는 것으로서 그 양도차익이 비과세 대상이라는 취지로 2018 사업연도 법인세 OOO 원을 신고하면서 명의수탁자들이 관할 세무서장에게 제출한 2018 년 귀속 양도소득세 예정신고서 및 쟁점토지 매매계약서 등을 첨부서류로 제출하였고 , 명의수탁자들은 쟁점토지 양도에 대하여 고유목적사업에 사용된 고정자산으로서 비과세 대상에 해당하는 것으로 기재하여 관할 세무서장에게 2018 년 귀속 양도소득세 예정신고서를 제출한 것으로 확인된다 .

( 나 ) 처분청은 2021.10.14. AAA세무서장으로부터 명의수탁자들 중 B 명의로 제 3 자에게 양도된 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO, 같은 리 1077-2, 같은 리 1078-1, 같은 리 1078-2, 같은 리 1078-3 및 같은 리 1078-6 토지의 실소유자가 청구법인이라는 과세자료를 통보받았고 , 이후 2024.4.1. 청구법인에게 이 건 법인세 부과처분 납부고지서와 과세예고통지서를 교부송달하였다 .

( 다 ) 청구법인이 2024.4.30. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였으나 , 처분청은 청구법인에게 한 과세예고통지가 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우로서 「국세기본법」제 81 조의 15 제 3 항에 따라 과세전적부심사청구대상이 아닌 경우에 해당하는 것으로 보아 심사제외결정을 하였다 .

(3) 청구법인은 쟁점토지가 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용되었다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다 .

( 가 ) 청구법인은 쟁점①토지를 청구법인의 문중회원인 A 이 경작하여 생산된 농산물로 청구법인 주관 시제에 사용하였으므로 이를 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하면서 경작사실 및 이용내역 확인서를 제출하였다 .

( 나 ) 청구법인은 쟁점②토지가 쟁점선산과 연접한 토지로서 쟁점선산의 유일한 진입로로서 역할을 하였으므로 이를 쟁점선산과 통산으로 보아 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하면서 지적도 , 항공사진 등을 제출하였다 .

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 , 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다 .

( 가 ) 헌법 제 12 조 제 1 항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 적법절차의 원칙을 준수하여야 할 것이고 ( 대법원 2014.6.26. 선고 , 2012 두 911 판결 참조 ), 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는바 , 이는 납세자의 실체적 권리뿐만 아니라 절차적 권리를 보장하는 국면에서도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다 ( 대법원 2025.2.13. 선고 2023 두 41659 판결 참조 ).

( 나 ) 「국세기본법」제 81 조의 15 제 1 항은 과세관청이 과세에 앞서 납세자에게 과세예고통지를 하도록 규정하고 있고 , 제 2 항은 납세자가 과세예고통지를 받은 날부터 30 일 이내 과세전적부심사를 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는바 , 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면 , 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 할 것이다 ( 대법원 2016.4.15. 선고 2015 두 52326 판결 참조 ).

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

제 26 조의 2( 국세의 부과제척기간 ) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다 . 다만 , 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약 ( 이하 “ 조세조약 ” 이라 한다 ) 에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제 25 조에서 정하는 바에 따른다 .

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위 ( 이하 “ 부정행위 ” 라 한다 ) 로 국세를 포탈 ( 逋脫 ) 하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10 년간 [ 「국제조세조정에 관한 법률」 제 2 조 제 1 항 제 1 호에 따른 국제거래 ( 이하 “ 국제거래 ” 라 한다 ) 에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15 년간 ]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제 67 조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10 년간 ( 국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」제 67 조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15 년간 ) 으로 한다 .

1 의 2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10 년간

가 . 「소득세법」 제 81 조 제 3 항 제 4 호

나 . 「법인세법」 제 76 조 제 9 항 제 4 호

다 . 「부가가치세법」 제 60 조 제 2 항 제 2 호ㆍ제 3 항 및 제 4 항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7 년간

3. 제 1 호ㆍ제 1 호의 2 및 제 2 호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5 년간

제 81 조의 15( 과세전적부심사 ) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지 ( 이하 이 조에서 " 과세예고통지 " 라 한다 ) 하여야 한다 .

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과 ( 현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다 ) 에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100 만원 이상인 경우 . 다만 , 「감사원법」 제 33 조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다 .

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30 일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사 [ 이하 이 조에서 " 과세전적부심사 "( 課稅前適否審査 ) 라 한다 ] 를 청구할 수 있다 . 다만 , 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다 .

2. 제 1 항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제 2 항을 적용하지 아니한다 .

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우

(2) 국세기본법 시행령

제 12 조의 3( 국세 부과제척기간의 기산일 ) ① 법 제 26 조의 2 제 9 항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다 .

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세 ( 「종합부동산세법」 제 16 조제 3 항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다 ) 의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한 ( 이하 " 과세표준신고기한 " 이라 한다 ) 의 다음 날 . 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다 .

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

제 63 조의 15( 과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등 ) ④ 법 제 81 조의 15 제 2 항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제 4 항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보 ( 留保 ) 하여야 한다 . 다만 , 법 제 81 조의 15 제 3 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제 8 항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다 .

(3) 법인세법

제 4 조 ( 과세소득의 범위 ) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다 . 다만 , 비영리내국법인의 경우에는 제 1 호와 제 3 호의 소득으로 한정한다 .

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득 ( 淸算所得 )

3. 제 55 조의 2 에 따른 토지등 양도소득

③ 제 1 항 제 1 호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 ( 이하 “ 수익사업 ” 이라 한다 ) 에서 생기는 소득으로 한정한다 .

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입 . 다만 , 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다 .

제 62 조의 2( 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례 ) ① 비영리내국법인 ( 제 4 조 제 3 항 제 1 호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다 . 이하 이 조에서 같다 ) 이 제 4 조 제 3 항 제 4 호부터 제 6 호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득 ( 이하 이 조에서 “ 자산양도소득 ” 이라 한다 ) 이 있는 경우에는 제 60 조 제 1 항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다 . 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다 .

1. 「소득세법」 제 94 조 제 1 항 제 3 호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

2. 토지 또는 건물 ( 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다 )

3. 「소득세법」 제 94 조 제 1 항 제 2 호 및 제 4 호의 자산

② 제 1 항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제 92 조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제 104 조 제 1 항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다 . 이 경우 같은 법 제 104 조 제 4 항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제 55 조의 2 를 적용하지 아니한다 .

③ 제 2 항을 적용할 때 「소득세법」 제 92 조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액 ( 이하 이 조에서 “ 양도가액 ” 이라 한다 ) 에서 필요경비를 공제하고 , 공제한 후의 금액 ( 이하 “ 양도차익 ” 이라 한다 ) 에서 「소득세법」 제 95 조 제 2 항 및 제 103 조에 따른 금액을 공제하여 계산한다 .

④ 제 3 항에 따른 양도가액 , 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제 96 조부터 제 98 조까지 및 제 100 조를 준용한다 . 다만 , 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연 ( 出捐 ) 받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며 , 「국세기본법」 제 13 조제 2 항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다 .

⑥ 제 2 항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되 , 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다 . 이 경우 제 75 조의 3 을 준용한다 .

⑦ 제 2 항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제 105 조부터 제 107 조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다 . 이 경우 「소득세법」 제 112 조를 준용한다 .

⑧ 비영리내국법인이 제 7 항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제 6 항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다 . 다만 , 「소득세법」 제 110 조 제 4 항 단서에 해당하는 경우에는 제 6 항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다 .

⑨ 제 1 항부터 제 8 항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .

(4) 법인세법 시행령

제 3 조 ( 수익사업의 범위 ) ② 법 제 4 조 제 3 항 제 5 호 단서에서 “ 대통령령으로 정하는 수입 ” 이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 ( 「국가균형발전 특별법」 제 18 조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다 ) 현재 3 년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 ( 제 1 항에 따른 수익사업은 제외한다 ) 에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다 . 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며 , 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다 .

(5) 민법

제 1008 조의 3( 분묘 등의 승계 ) 분묘에 속한 1 정보 이내의 금양임야와 600 평 이내의 묘토인 농지 , 족보와 제구의 소유권은 제사를 주재하는 자가 이를 승계한다 .

(6) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률

제 8 조 ( 종중 , 배우자 및 종교단체에 대한 특례 ) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세 포탈 , 강제집행의 면탈 ( 免脫 ) 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 제 4 조부터 제 7 조까지 및 제 12 조 제 1 항부터 제 3 항까지를 적용하지 아니한다 .

1. 종중 ( 宗中 ) 이 보유한 부동산에 관한 물권을 종중 ( 종중과 그 대표자를 같이 표시하여 등기한 경우를 포함한다 ) 외의 자의 명의로 등기한 경우