조심-2024-서-4734 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 1974.12.31. 경기도 안산시 OOO 답 2,139㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하였고, 쟁점토지가 2023.3.14. OOO에 수용되자 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2023.5.9. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2023.11.14. 양도소득세 신고 시 취득가액을 과소하게 산정하였고, 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 이유로 처분청에 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구인이 과소하게 신고한 취득가액을 증액하여 양도소득세를 경정하였으나, 자경농지에 대한 감면 요건은 충족하지 않은 것으로 보아 청구인의 경정청구 일부를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.3. 이의신청을 거쳐 2024.8.20. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 양도소득세 감면대상이 되는 8년 이상 자경농지에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

(2) 조세특례제한법 시행령 (2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금”이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우 : 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피 상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 주민등록등(초)본상 주소이력 일부를 발췌하면 아래 <표1>과 같고, 해당 주소지로부터 쟁점토지까지의 직선거리는 전부 30㎞ 이내이다.

<표1> 주민등록등(초)본상 주소이력

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(나) 쟁점토지 보유기간 동안 청구인의 근무지 내역 등은 아래 <표2>와 같은바, 국세청 전산자료로는 1983년부터 근로소득처 확인이 가능하고, 1976년부터 1982년까지는 청구인 주장을 바탕으로 작성하였다.

<표2> 청구인의 근무지 내역 등

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(다) 청구인이 쟁점토지 자경을 위해 보유하고 있다는 농가창고 소재 OOO 토지는 청구인의 부친 A이 1953년경 매매로 취득하여 2010.11.15. 청구인에게 증여하였고, 카카오맵 위성사진(스카이뷰)에 따르면 2008년에도 농가창고가 있었던 것으로 확인된다.

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(2) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였음을 주장하며 그 근거로 다음의 증빙들을 제출하였다.

(가) 청구인이 보유하고 있는 농가창고의 사진을 다음과 같은바, 농가창고는 쟁점토지와 1.5㎞ 거리에 있으며, 쟁점토지의 자경을 뒷받침할 벼농사용 농자재가 보관되어 있다.

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(나) 청구인이 제출한 농자재 매입내역(조회기간 : 2015.1.1.〜2023.3.6., 거래일자 : 2019.4.25.〜2022.6.26., 전체 5페이지) 자료 일부는 다음과 같다.

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(다) 위의 농자재 매입내역(전체 5페이지) 대부분이 밭농사용 농자재라는 처분청의 의견에 대해 청구인은 벼농사용 농자재를 표시하여 다시 제출하였고, 해당 내역을 정리하면 아래 <표3>과 같다.

<표3> 벼농사용 농자재 매입내역

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(라) 2023.3.6. 경기도 안산시 단원구청장이 발급한 농지대장상 쟁점토지의 자경 확인일자는 2020.7.24.이고, 청구인의 OOO 조합원 가입일은 2020.10.28.로 확인된다.

(마) 청구인의 농지원부 주요내용(최초작성일자 : 2013.8.20.)은 다음과 같다.

2. 농지경작현황

구분 | 전 | 답 | 계 | 필지수 | 면적(㎡) | 필지수 | 면적(㎡) | 필지수 | 면적(㎡) | 소유 | 1 | 477 | 2 | 3,070 | 3 | 3,547 | 자경 | 1 | 477 | 2 | 3,070 | 3 | 3,547

3. 소유농지현황

○ 경기도 안산시 단원구 OOO 답 930.5㎡

- 주재배작물 : 벼, 경작구분 : 자경, 공유자수 : 3, 신규등록일 : 2019.4.16.

○ 경기도 안산시 단원구 OOO 답 2,139㎡(쟁점토지)

- 주재배작물 : 벼, 경작구분 : 자경, 신규등록일 : 2013.8.20.

○ 경기도 시흥시 OOO 전 477㎡(OOO 토지)

- 주재배작물 : 채소, 경작구분 : 자경, 신규등록일 : 2013.8.20.

(바) 쟁점토지의 쌀소득보전직접지불금 지급내역에 따르면 청구인의 부친 A이 2005년부터 2010년까지 쟁점토지 관련 직불금을 수령한 것으로 확인된다.

(사) 쟁점토지 인근 주민 5명이 작성한 경작사실확인서는 다음과 같다.

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(아) 청구인은 인근 농민 B이 청구인에게 농기계를 제공해준 사실에 대한 확인서(2024.4.13.)를 제출하였다.

<확인내용>

청구인은 상기농지 양도시까지 벼농사를 직접 지었으며, 청구인이 쟁점토지에 벼농사를 직접 지을 때, 마을주민들과 같이 볍씨를 공동구매하여 모판공동작업을 한 사실이 있으며, 청구인의 필요시 청구인에게 이양기, 트렉터, 콤바인을 제공한 사실이 있음을 확인합니다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점토지 소재지 인근에서 거주하면서 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 주장한다.

(나) 「조세특례제한법」제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제1항 및 제13항에 의하면 자경농지의 양도에 대해 양도소득세를 감면 받기 위해서는 양도자가 8년 이상 해당 농지가 소재하는 시·군·구, 해당 농지 소재지와 연접하는 시·군·구 안의 지역 또는 해당 농지로부터 직선거리 30㎞ 이내의 지역에 거주하면서 해당 농지를 직접 경작하여야 하는데, 이때 ‘직접 경작’이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 명확하게 규정하고 있으므로 문리대로 해석하여 농지를 직접 경작하였는지 여부를 판단하여야 할 것이고(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8423 판결 등 참조), 양도한 토지를 8년 이상 직접 경작한 사실에 대한 입증책임은 관련 규정에 따라 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다 할 것이다(대법원 1994.10.21. 선고 94누996 판결 등 참조).

(다) 이 건의 경우, 청구인은 1976년경부터 2019년경까지 A(주), B(주) 등의 직원으로 근무하면서 근로소득이 지속적으로 발생하고 있고, 청구인이 제출한 농지원부에 따르면 청구인은 쟁점토지를 포함한 3,547㎡(약 1,075평)에 이르는 농지를 소유하고 있었던 것으로 확인되는바, 청구인이 직장생활과 병행하여 쟁점토지를 포함한 소유 농지를 직접 경작하였음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점, 쟁점토지에 대한 쌀소득보전직접직불금은 2005년부터 2010년까지 청구인의 부친 A이 수령하였고, 생계를 같이 하는 가족의 노동력은 직접 경작으로 인정할 수 없는 점, 청구인이 OOO 조합원에 가입한 시기는 2020.10.28.(쟁점토지가 공공주택지구로 지정․고시된 이후임)이고, 2019년 4월경부터 2022년 6월경까지의 농자재 구입내역이나 죽율동 토지에 소재하는 농가창고 사진은 청구인이 8년 이상 쟁점토지를 직접 경작하였음을 입증하기에 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

(라) 따라서 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상이 아닌 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.