조심-2024-서-3112 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1985.1.16. 설립되어 서울특별시 성동구 OOO(성수동 1가)에서 제조업 및 판매업(섬유류 등)을 영위하고 있는 법인이다.

나. 청구법인은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에서 차감하는 임금증가액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 및 직전 사업연도 임금총액에서 제외하여야 한다는 기획재정부 유권해석( 법인세제과-349 , 2022.8.31., 이하 “1차 유권해석”이라 한다)을 근거로 직전 사업연도 퇴직자의 임금총액 및 상시근로자 수를 제외하는 방식으로 2023.3.17. 2016〜2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.5.19. 일부인용하여 청구법인에게 2018∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 환급하였다.

다. 처분청은 이후 기획재정부 유권해석(법인세제과-488, 2023.9.5., 이하 “2차 유권해석”이라 한다)에 근거하여 2018사업연도 및 2020〜2021사업연도 직전 사업연도 퇴직자 수를 포함하여 직전 사업연도 상시근로자 수를 재계산하여 직전 사업연도 대비 당해 사업연도 상시근로자 수가 증가하지 아니한 것으로 보아 상시근로자 수 증가에 따른 가중치를 미적용하여 2024.3.5. 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 2018사업연도 및 2020〜2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

<표1> 이 건 법인세 부과내역

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.10. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

미환류소득에서 공제하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도에 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2023년 3월경 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 산정 시 직전 사업연도 퇴직자들의 임금총액 및 해당 인원수를 제외하여 경정청구를 제기하여 관련 세액을 환급받은 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 등 및 처분청의 심리자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인의 2017〜2021사업연도 법인세 납부세액 변동내역은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 미환류소득에 대한 법인세 납부세액 변동내역

(나) 이 건과 관련한 과세예고통지서에 및 납부고지서 등에 따르면 조사청은 2024.2.6. 청구법인에게 미환류소득 관련 임금증가금액 계산시 직전 사업연도의 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에 포함하라는 2차 유권해석에 따라 미환류소득에 대한 법인세 OOO원을 과세예고통지하였고, 처분청은 2024.3.5. 청구법인에게 <표1>과 같이 이 건 미환류소득에 대한 법인세를 부과한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도의 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제100조의32 제8항 및 제10항을 적용함에 있어 같은 법 시행령 제26조의4 제10항을 적용하도록 하는 법령은 존재하지 아니하는 점, 청구주장과 같이 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에서 제외할 경우 고용을 계속하여 유지하는 기업은 임금증가금액에 대한 가중치가 적용되지 아니하는 반면 퇴직과 고용을 반복하는 기업은 미환류소득 산정 시 상시근로자 수 증가에 따른 가중치를 적용받게 되어 오히려 고용을 계속하여 유지하는 기업보다 세부담 측면에서 보다 유리하게 되어 불합리한 결과가 초래하게 되는 점, 기획재정부에서는 이와 같은 문제점을 고려하여 2차 유권해석을 통해 상시근로자 수가 증가하는 경우 적용하는 가중치(100분의 150, 100분의 200) 적용 시 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 실제 고용이 증가한 법인에게 위와 같은 가중치를 적용하도록 해석하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 조특법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 산정 시 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 청구법인에게 미환류소득에 대한 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제29조의4(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 직전 3년 평균 초과 임금증가분의 100분의 5(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 대통령령으로 정하는 상시 근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 해당 과세연도의 평균임금 증가율이 직전 3개 과세연도의 평균임금 증가율의 평균(이하 이 조에서 “직전 3년 평균임금 증가율의 평균”이라 한다)보다 클 것

2. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시 근로자 수보다 크거나 같을 것

직전 3년 평균 초과 임금증가분 = [해당 과세연도 상시근로자의 평균임금 - 직전 과세연도 상시근로자의 평균임금 × (1 + 직전 3년 평균임금 증가율의 평균)] × 직전 과세연도 상시근로자 수

② 제1항에 따른 직전 3년 평균 초과 임금증가분은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 “정규직 전환 근로자”라 한다)에 대한 임금증가분 합계액의 100분의 5(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 해당 과세연도에 정규직 전환 근로자가 있을 것

2. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시 근로자 수보다 크거나 같을 것

④ 제3항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 정규직 전환 근로자와의 근로관계를 끝내는 경우에는 근로관계가 끝나는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에도 불구하고 중소기업이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 전체 중소기업의 평균임금증가분을 초과하는 임금증가분의 100분의 20에 상당하는 금액을 제1항에 따른 금액 대신 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있다.

1. 상시 근로자의 해당 과세연도의 평균임금 증가율이 전체 중소기업 임금증가율을 고려하여 대통령령으로 정한 비율보다 클 것

2. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시 근로자 수보다 크거나 같을 것

3. 직전 과세연도의 평균임금 증가율이 음수가 아닐 것

⑥ 제5항에 따른 전체 중소기업의 평균임금증가분을 초과하는 임금증가분은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

전체 중소기업의 평균임금증가분을 초과하는 임금증가분 = [해당 과세연도 상시근로자의 평균임금 - 직전 과세연도 상시근로자의 평균임금 × (1 + 전체 중소기업 임금증가율을 고려하여 대통령령으로 정한 비율)] × 직전 과세연도 상시근로자 수

⑦ 제1항 또는 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑧ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 임금의 범위, 평균임금 증가율 및 직전 3년 평균임금 증가율의 평균의 계산방법, 정규직 전환 근로자의 임금 증가분 합계액과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제100조의32(투자‧상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

가. 대통령령으로 정하는 중소기업

나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

다. 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 “기업소득”이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등