조심-2024-부-3898 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인(2016년 2월에 "a 주식회사"에서 현재의 상호로 변경)은 2014〜2015사업연도 사이에 b㈜, c㈜, d㈜, e㈜ 등(이하 “쟁점매도인들”이라 한다)과 함께 보유하던 f㈜(자회사 g㈜ 포함하여 이하 “매각대상법인”이라 한다)의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을, h㈜, i㈜(이하 “쟁점매수인들”이라 한다)에 OOO원에 매각(이하 “쟁점주식거래”라 한다)하였다.

나. 쟁점주식거래 과정에서 매각대상법인의 임직원들의 반발이 있자 쟁점매수인들은 원활한 거래를 위하여 매각대상법인의 임직원들에게 특별상여금(청구법인과 쟁점매도인들의 매각대상법인 지분율에 따라 부담, 이하 “쟁점상여금”이라 한다)을 지급할 것을 요구하였고,

이에 따라 청구법인과 쟁점매도인들이 쟁점상여금의 일부를 부담하기로 합의하며 매각대상법인이 자체적으로 부담하는 일부 쟁점상여금을 초과하는 금액을 매각대상법인에 대한 각 지분율에 따라 부담하기로 하였다.

다. 쟁점상여금은 쟁점매수인들이 지급하되, 이를 부담하는 청구법인이 ‘매매대금의 일부’로서 같은 금액을 지급받은 것으로 간주하여 결국 청구법인은 매매대금 약 OOO원에서 매각대상법인 지분율에 따른 쟁점상여금 부담분 약 OOO원을 차감한 약 OOO원을 최종적으로 지급받았고, 쟁점상여금 부담분 약 OOO원을 2015사업연도 법인세 신고 시 다른 쟁점매도인들과 동일하게 전액 손금불산입하였다.

라. 이후 2021년 청구법인 및 쟁점매도인들 중 일부는 쟁점주식거래 과정에서 부담한 쟁점상여금이 「 법인세법 」 상 손금에 해당하므로 기 납부한 법인세를 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점상여금이 손금 요건을 충족하지 아니한다는 이유로 이를 거부하자 쟁점매도인들 중 일부는 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 쟁점상여금을 「법인세법」상 손금요건을 충족하는 것으로 보아 해당 심판청구를 인용하여 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(조심 2022중2885, 2023.12.12., 이하 “쟁점심판결정”이라 한다)을 하였다.

마. 청구법인은 2024.2.2. 쟁점심판결정을 「 국세기본법 」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유로 보아 쟁점상여금을 손금에 산입하여 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구기간이 도과하였다는 이유로 2024.4.3. 이를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점매도인들이 받은 쟁점심판결정을 후발적 경정청구 사유로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인 은 2014〜2015사업연도에 아래와 같이 쟁점매도인들과 함께 보유하던 쟁점주식을 쟁점매수인들에 매각하였고,

(아래 그림을 삽입하기 위한 여백)

<쟁점매도인들 및 각 지분율>

쟁점주식거래 과정에서 매각대상법인의 임직원에게 지급되는 쟁점상여금을 일부 부담하기로 하였으며, 청구법인은 매매대금 약 OOO원에서 매각대상법인 지분율에 따른 쟁점상여금 부담분 약 OOO원을 차감한 약 OOO원을 최종적으로 지급받은 것으로 나타난다.

<쟁점주식거래>

(나) 청구법인은 쟁점상여금 중 약 OOO원을 부담하였고, 2015사업연도 법인세 신고 시 쟁점매도인들과 동일하게 이를 전액 손금불산입하였다.

(다) 이후 청구법인 및 쟁점매도인들 중 일부는 쟁점상여금이 「 법인세법 」 상 손금에 해당하므로 기 납부한 법인세를 환급해달라는 취지의 경정청구를 2021.3.17. 제기하였으나, 과세관청에서 쟁점상여금이 손금 요건을 충족하지 아니한다는 이유로 이를 거부하자 쟁점매도인들 중 일부는 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였다.

(라) 조세심판원 은 쟁점상여금의 손금성을 인정, 해당 심판청구를 인용하여 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(조심 2022중2885, 2023.12.12.)을 한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 2024.2.2. 「 국세기본법 」 제45조의2 제2항에 따라 쟁점심판결정을 근거로 쟁점상여금 약 OOO원을 손금에 산입하여 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 후발적 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구기간이 경과하였다는 이유로 2024.4.3. 이를 거부한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점심판결정에 따라 청구법인의 과세표준 및 세액의 근거가 되는 거래가 다른 것으로 확정되었으므로, 청구법인에게 후발적 경정청구사유가 인정된다고 주장하나, 특정 사건에 있어서 관계 법령의 해석이나 법률적 쟁점에 대한 법원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것으로, 그 이외의 사건에 있어서 과세관청을 기속하는 효력이 없고, 대법원은 후발적 경정청구 사유와 관련하여 판결의 효력은 소송당사자에게 국한되는 것으로 판단하고 있는바(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결, 같은 뜻임),

청구법인이 제시한 조세심판원의 인용 선결정례는 법원의 판결이나 심판 결정이 ‘매출ㆍ매입거래로 직접 연관된 거래상대방’이나 ‘피상속인의 납세의무에 대한 모든 권리와 의무를 승계하게 되는 상속인’ 등 당사자 외 납세자의 과세표준 및 세액에 논리필연적으로 영향을 미칠 수밖에 없는 사례인 반면, 청구법인은 쟁점주식거래의 공동당사자 중 1인으로서 쟁점매도인들과 병렬적 관계에 놓여있고, 공동당사자 모두에게 상호적으로 연관되어 적용되는 법률효과의 근본적인 변경이 있었다고 보기 어려우므로 위 선결정례와 그 사실관계 등을 달리하는 것으로 보이는 점, 후발적 경정청구는 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제5호 , 같은 법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정 당시와 달라진 경우에는 여기에 포함된다고 보기 어려운 점, 쟁점심판결정은 손금불산입한 쟁점상여금이 거래 또는 행위의 존재여부 변경과는 무관하게 「법인세법」상 인정되는 손금에 해당된다고 판단한 것일 뿐, 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부 등이 달라졌다고 보기는 어려운 점( 조심 2024서4636, 2025.7.2., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본 법(2023.12.31. 법률 제19926호로 일부 개정된 것)

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본 법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33276호로 일부 개정된 것)

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우