조심-2023-서-7139 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 아래와 같은 거래 등을 하고 2017～2021사업연도 법인세 등을 신고하였다.

(1) 청구법인은 OOO 서울특별시 OOO 대 OOO㎡(이하 “OOO토지”라 한다)에서 같은 시 OOO소재 OOO으로 본사를 이전하고, OOO 주식회사 b(이하 “이 건 c”라 한다)에 OOO토지를 OOO원에 매각하는 토지매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)과 OOO토지 위에 신축되는 건물 중 연면적 OOO㎡(이하 “재매입건물”이라 한다) 및 그 ㅇㅇ권 면적 OOO㎡(이하 “쟁점ㅇㅇ권”이라 하고, OOO토지 중 쟁점ㅇㅇ권에 대응되는 OOO㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 이 건 c로부터 OOO원(건물 OOO + 토지 OOO원)에 매수하기로 하는 업무시설 선매매계약(이하 “쟁점선매매계약”이라 한다)을 각각 체결한 후, OOO OOO토지에 대한 잔금청산(쟁점토지의 매각 및 쟁점ㅇㅇ권의 선매입 약정을 이하 “쟁점거래”라 한다)을 하면서 쟁점거래를 차입거래로 보아 쟁점토지에 대한 유형자산처 분이익 OOO원(이하 “쟁점처분이익”이라 한다)을 2019사업연도 익금에 산입하지 아니하였다.

(2) 청구법인의 지분은 OOO(OOO%, 이하 “OOO”이라 한다)와 재단법인 OOO(OOO%, 이하 “쟁점ㅇㅇㅇ”라 한다)가 소유하고 있고, 청구법인은 2017～2021사업연도에 쟁점ㅇㅇㅇ에 합계 OOO원의 기부금(이하 “쟁점기부금”이라 한다)을 지급하고 이를 지정기부금으로 계상하였다.

(3) 청구법인은 OOO(이하 “OOO”라 한다)과 체결한 ‘OOO 합의서’에 의거하여 OOO에 2019.5.2. OOO원, 2020.7.31. OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점후생사업금액”라 한다)을 지급한 후, 이를 OOO/기타 계정과목 으로 계상하여 각각 2019사업연도 및 2020사업연도 손금에 산입하였다.

(4) 청구법인은 OOO에 따라 납부하는 OOO 분담금(이하 “ㅇㅇㅇㅇ분담금”이라 한다)을 금액 산정의 기준(전년도 OOO 매출액)이 되는 사업연도의 비용으로 계상하고, 다음 사업연도에 납부고지서를 고지받은 후 기 계상한 비용과 실제 고지된 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 차액을 다음 사업연도의 이익 또는 손실로 계상하였다.

(5) 청구법인은 2016년 3월 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 2016.3.1.～2019.12.31. OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 연간 OOO원씩 총 OOO원에 매입하고, 이 중 OOO(이하 “쟁점ㅇㅇㅇ”이라 한다)을 특수관계인인 주식회사 a(이하 “OOO”라 한다)에 연간 OOO원씩 총 OOO원에 재판매하였다.

(1) OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.8.31.부터 2021.10.26.까지 청구법인에 대한 2018～2020사업연도 법인세에 대한 통합조사를 실시한 결과,

(1) 쟁점거래가 차입거래가 아닌 매각거래에 해당한다고 보아 쟁점토지에 대한 쟁점처분이익을 익금산입하는 것으로,

(2) 쟁점기부금은 특수관계자에게 경제적 합리성이 결여된 사실상 배당금을 지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 손금불산입하는 것으로,

(3) 쟁점후생사업금액은 비지정기부금 또는 접대비로 보아 손금불산입하는 것으로,

(4) ㅇㅇㅇㅇ분담금은 미확정비용인 상태에서 손금에 산입된 것으로 보아 각 ㅇㅇㅇㅇ분담금 납부의 고지일이 속한 각 사업연도를 손금의 귀속시기로 재조정하는 것으로,

(5) 청구법인이 쟁점ㅇㅇㅇ를 시가보다 낮은 가액으로 특수관계인에게 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 익금을 재계산하는 등 그 세무조사 결과를 청구법인에게 통지하고, 이에 따라 경정하도록 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 이에 따라 2022.12.5. 이월결손금 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원을 감액경정하고, 청구법인에 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 부가가치세 2018년 제1기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원을 각각 경정‧고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.28. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지가 매각되었지만 쟁점토지에 대한 사용‧수익‧처분 권한 모두 청구법인에게 유보되어 쟁점토지에 대한 지배권리(실질적 통제권)가 이 건 c에게 이전된 바 없고, 위험‧보상이 구매자에게 실질적으로 이전되지 않아 기업회계기준에 따라서도 차입거래로 취급함이 타당하며, 국세청장의 ‘세법해석 사전답변’에 대한 신뢰를 바탕으로 쟁점거래를 「법인세법」(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 차입거래로 인식하였는바, 쟁점거래를 매각거래로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인이 쟁점토지를 실질적으로 양도한 것으로 볼 수 없으므로, 「법인세법」상 청구법인은 쟁점토지에 대한 양도손익을 인식할 수 없다.

1) ｢국세기본법｣ 제14조 제2항 은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고 하여 거래 등의 형식 또는 외관과 그 실질이 일치하지 않는 경우 거래의 ‘실질’에 따라 세법을 적용해야 한다는 실질과세의 원칙을 규정하고 있다.

2) 관련하여 청구법인은 OOO토지 개발사업 진행과정에서 OOO토지(OOO㎡) 전체를 이 건 c에 매각하는 형식을 취하여 쟁점토지의 소유권이 개발과정에서 일시적으로 이 건 c에 이전되었지만, 이는 일반 상업지역에 속하는 OOO토지에 주거복합건축물의 개발이라는 사업목적을 이루기 위한 관련 법령을 충족하기 위해서 불가피하게 선택된 거래 형식에 불과하며(사업목적상 OOO토지 전체를 이 건 c에 매각하는 형식의 토지매매계약을 체결함에 따라 청구법인은 계산서를 수취하고 지체상금을 수령함),

① 앞서 언급한 바와 같이 쟁점매매계약과 동시에 동일가격으로 업무시설 쟁점선매매계약을 체결하여 ‘쟁점토지 거래와 관련하여 청구법인이 실제 얻는 차익’이 없어 쟁점토지의 가격변동에 대한 위험과 보상을 청구법인이 그대로 보유한 점, ② 청구법인은 설계도서 확정 등을 포함하여 업무시설 건축에 깊이 관여하며, 매매대금을 건물의 일부 또는 전부가 완성되는 각 시점에 지급하고, 완공 즉시 그 소유권을 이전받기로 하는 등 실제 자신이 이미 소유하고 있는 쟁점토지 위에 자기 책임하에 업무시설을 건축하는 것과 사실상 동일한 점을 고려할 때, 「법인세법」상 쟁점토지를 실질적으로 양도하여 양도차익을 실현한 것으로 볼 수 없으므로, 쟁점거래는 매각거래에 해당하지 않는다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

<표2> 쟁점후생사업금액과 철도ㅇㅇ기금 비교

(라) 한편, 법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용을 섣불리 접대비로 단정해서는 안 된다는 것이 대법원의 입장인바, 쟁점후생사업금액은 청구법인이 ㅇㅇㅇ업을 영위하는데 필요한 OOO의 OOO을 공급받는 대가로 대법원에 의해 OOO들의 노동조합 지위가 인정된 OOO와 체결한 ‘단체협약, OOO 합의서’에 따라 OOO와 함께 반드시 지출해야 하는 비용이며, OOO 소속 OOO가 출연하여 제작된 OOO프로그램에서 창출되는 광고수익, 재판매수익 등을 주된 수입원으로 하는 청구법인에게 있어서 쟁점후생사업금액은 ㅇㅇㅇ업을 통한 수익창출을 위해 직접적으로 지출할 수밖에 없는 수익과 직접 관련된 비용에 해당하는바, 처분청의 의견처럼 접대비에 해당할 수 없는 것이다(실제 OOO와의 단체협약 협상파행으로 OOO 소속 OOO의 OOO을 공급받지 못했던 사례도 있는바, 청구법인의 수익과 직접 관련된 지출인 쟁점후생사업금액을 접대비로 취급할 수는 없다).

(마) 또한, 쟁점후생사업금액은 사업관련성이 충분히 인정되는바, 명확한 법령상의 근거 내지 합리적인 이유 없이, OOO의 OOO이 필수적인 ㅇㅇㅇ업의 특성을 무시하고 쟁점후생사업금액을 비지정기부금으로 취급할 수도 없는 것이다.

(바) 청구법인은 「법인세법」 규정에 따라 합목적적으로 쟁점후생사업금액을 처리했음에도, 단순히 과세에 유리한 세무처리를 하고 있는 일부 다른 ㅇㅇㅇ업자OOO의 방식을 따르지 않았으므로 청구법인의 세무처리는 잘못된 것이고, 과세의 형평에 반한다는 처분청의 의견 역시 납득하기 어렵다.

(2) 청구법인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자로서 지급해야 하는 ㅇㅇㅇㅇ분담금은 당해 사업연도의 OOO 매출액 결산시점에 납부의무가 성립하고 그 금액의 합리적인 계산이 가능하므로, 「법인세법」상 권리의무확정주의에 따라 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 귀속시기는 청구법인이 이를 미지급비용으로 계상한 사업연도로 봄이 타당하다.

권리의무확정주의 하에서 손금의 확정은 통상 (i) 채무가 성립되고 (ii) 동 채무의 성립으로 구체적인 급부를 계상할 원인이 되는 사실이 발생하며 (iii) 채무의 금액을 합리적으로 산정할 수 있는 경우인데, ㅇㅇㅇㅇ분담금은 (i) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자가 OOO 매출액이 있는 경우 반드시 부담해야 하며, (ii) 전년도 OOO 매출액에 최종징수율을 곱하여 계산되는데, 청구법인의 경우는 감경대상이 아니어서 결국 전년도 OOO 매출액에 기본징수율을 곱하여 계산되어 OOO 매출액이 결산으로 확정된 경우 ㅇㅇㅇㅇ 지급의무를 계상할 수 있는 원인 사실이 발생한 것이며 (iii) 기본징수율은 사실상 예측이 가능한 상황이므로 OOO 매출액이 확정된 이상, 청구법인은 당해 사업연도 OOO 매출액에 대응하여 익년 9월에 지급할 ㅇㅇㅇㅇ분담금의 금액을 합리적으로 산정할 수 있으므로, OOO 매출액(익금)이 귀속된 사업연도에 이에 대응되는 ㅇㅇㅇㅇ분담금(손금) 역시 귀속됨이 타당하다.

(3) 청구법인이 OOO에게 쟁점ㅇㅇㅇ를 판매한 거래는 거래 당시의 특별한 사정 등을 고려할 때, ① 경제적 합리성이 결여되지 않고, 처분청이 ② 시가에 대한 입증을 하지 못하고 있는바, 부당행위계산의 부인 대상에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인을 포함한 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 2016년 3월경 ㅇㅇ와 OOO을 체결(이하 “쟁점ㅇㅇ계약”이라 한다)하였고, 청구법인은 쟁점ㅇㅇ계약에 따라, 다른 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ업자OOO와 공동으로 2016～2019년 기간 동안 OOO을 독점적으로 보유하게 되었다.

청구법인은 그 대가로 ㅇㅇ에게 2016∼2019년 동안 총 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)의 OOO를 지급하기로 하였고, ㅇㅇ로부터 ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇ지원금 총 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)을 지급받기로 하였다. 이와 동시에 청구법인 등 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ는 주식회사 d 및 주식회사 e로 구성된 컨소시엄(이하 “이 건 컨소시엄”이라 한다)에 OOOㅇㅇㅇ등(ㅇㅇㅇ ㅇㅇ의 각 자사ㅇㅇㅇ, OOO제외)을 부여하고, 이 건 컨소시엄이 OOO원(부가가치세 별도, OOO원, 년)의 ㅇㅇㅇㅇㅇ료 및 OOO원(ㅇㅇㅇ ㅇㅇ 각 OOO원, 년)의 ㅇㅇㅇㅇ비를 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ에 지급하는 계약을 체결하였다.

또한, 청구법인은 특수관계인인 OOO에게 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 재판매하기로 하면서, OOO로 연간 OOO원씩, 4년간 총 OOO원을 지급받고, ㅇㅇㅇㅇ료로 연간 OOO원씩, 4년간 총 OOO원을 지급하는 계약을 체결하였다.

(가) 특수관계인과의 거래가 ‘경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것’인지 여부는 판단할 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였는지 여부로 판단한다(대법원 2000.11.14. 선고 2000두5494 판결 등, 참조).

(나) 청구법인은 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ가 체결한 ‘ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇ 발전협의회 운영규정’에 따라 OOOㅇㅇㅇ를 공동구매해야 했고, 위반 시 각 ㅇㅇㅇ에 OOO원의 위약금을 지급하여야 하는데, 통상 ㅇㅇ가 OOO(이하 “ㅇㅇ”라 한다)의 회원단체로서 ㅇㅇ와 함께 OOO와 쟁점ㅇㅇㅇ 협상을 같이 추진하고 있어 OOOㅇㅇㅇ 취득을 위해서는 OOOㅇㅇㅇ등을 반드시 구매해야만 했다. OOOㅇㅇㅇ등 구매비용(OOO원)과 위약금 규모(OOO원)를 단순하게 비교해 봐도 OOOㅇㅇㅇ등을 구매하는 것이 경제적으로 합리적인 행동이었다. 또한, OOO이 낮은 OOO를 직접 OOO할 계획이 없던 상황에서, OOO OOO로서의 입지를 공고히 하기 위해 거래를 타진해온 OOO에 쟁점ㅇㅇㅇ를 재판매한 것은 청구법인에 발생한 손실을 최소화할 수 있는 매우 합리적인 경영상의 선택이었다.

(다) 처분청은 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가를 입증하지 못하고 있다.

1) 처분청은 이 건 컨소시엄이 정상적인 거래를 통해서 주식회사 f(現 g, 이하 “h”라 한다)에 OOOㅇㅇㅇ를 OOO원에 판매하였으므로 동 가격은 청구법인이 OOO에 재판매한 쟁점ㅇㅇㅇ의 시가로 인정될 수 있다는 의견인데, 처분청이 당초 과세처분하면서 당시에는 OOO원을 시가로 산정한 것이 아니라 ‘① 실매입금액 (-) ② OOO금액 (-) ③ 컨소시엄이 f에 이전한 가액’을 시가로 산정한바, 처분청은 어떤 금액을 시가로 볼 것인지에 대해 일관성 없는 주장을 하고 있다.

2) 이 건 컨소시엄이 h에게 판매한 ㅇㅇㅇ의 내용과 청구법인이 OOO에게 판매한 ㅇㅇㅇ의 범위는 동일하지 않으며, 더욱이 청구법인으로서는 OOO와 거래 당시에는 해당 정보를 전혀 알 수 없었다는 점을 비롯해 청구법인은 앞서 처분청의 시가 산정 방식의 부당성을 여러 번 피력한 바 있다. 만약 처분청의 상기 시가 산정 방식을 2016년에도 적용할 경우, 당시에는 이 건 컨소시엄이 OOO와 OOO에 OOO 권리를 OOO원에 매각하였으므로, ㅇㅇㅇ OOO의 시가는 OOO에 불과하여 OOO가 오히려 고가 매수한 결과가 된다. 이에 따르면, 청구법인은 2016년 내지 2019년에 걸쳐 OOO와 동일한 거래를 했음에도, ㅇㅇㅇ 권리를 재유통하는 이 건 컨소시엄의 실적에 따라 2016년은 고가 양도, 2017년 내지 2019년은 저가 양도를 한 결과가 되는 것이다.

3) 처분청이 과세를 위한 시가 산정에 대한 입증을 하지 못하는 상황에서 무엇이 시가인지도 모른 채 단순히 청구법인이 특수관계인과 쟁점ㅇㅇㅇ 거래를 했다는 이유만으로 과세처분을 받을 수는 없다.

(라) 부당행위계산의 부인은 조세 정의 및 조세 형평의 취지에서 납세의무자가 신고한 거래내용과 다르게 과세관청에 이를 재구성할 수 있는 권리를 부여하는 것인만큼 무분별하게 남용되어서는 안 되고, ‘거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것인지’에 대한 신중한 검토가 필요하다.

4) 청구법인이 엄연히 별개의 법인인 OOO를 위해 굳이 쟁점ㅇㅇㅇ를 선취득하여 OOO에 재판매할 이유는 전무하며, OOO와 이러한 비상식적인 거래구조를 사전 협의하거나 계획하였다는 점에 대한 아무런 근거도 없다. 오히려 청구법인에 OOOㅇㅇㅇ 구매 의사를 보인 업체는 OOO가 유일했으며, 재판매를 하지 않았다면 OOOㅇㅇㅇ 구매비용은 전액 매몰비용이 될 상황에서 일부 비용을 회수할 수 있었던 것이다. 처분청은 구체적인 근거 없이 단정적으로 마치 청구법인과 OOO 간에 부정한 거래가 있었던 것처럼 사실관계를 왜곡하고 있는바, 이런 의견은 도저히 납득할 수 없는 것이다.

5) 처분청은 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 자회사인 ㅇㅇㅇ OOO 중 OOO 이 ㅇㅇ로부터 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 구매하였으므로, OOO가 직접 ㅇㅇ로부터 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 취득할 수 있었다고 주장하나, OOO은 ㅇㅇ가 아닌 h로부터 재구매한 것이며, ㅇㅇ는 ㅇㅇ와 함께 OOO통합 ㅇㅇㅇ를 판매하였기 때문에, OOO를 포함한 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 자회사들은 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ를 ㅇㅇ로부터 직접 구매할 수 없었기에, 처분청의 의견은 사실과 다르다.

6) 또한, 처분청이 계약서상 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ 구매계약의 당사자는 ㅇㅇ 1인이며, OOOㅇㅇㅇㅇㅇ에 대한 내용은 전혀 없다는 의견이나, 이는 OOOㅇㅇㅇ 계약은 각 계약당사자와 체결함에 따라 보이는 것일 뿐, 실제 OOOㅇㅇㅇ와 OOOㅇㅇㅇㅇㅇ는 입찰 제안 요청부터 협상까지의 전 과정을 ㅇㅇ와 ㅇㅇ가 함께 진행하였다.

가. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 매각거래에 해당한다.

(가) 쟁점토지에 대한 사용‧수익‧처분권은 모두 이 건 c에 이전되었다.

1) 청구법인은 OOO 이 건 c와 쟁점매매계약을 체결하였는데, 쟁점매매계약서에 따르면, 거래종결일 당시 쟁점선매매계약이 유효하게 존재하면 거래가 종결되며, 거래종결일에 이 건 c가 OOO토지 매각대금 잔금을 지급하면 청구법인은 어떠한 담보나 제한없이 OOO토지(쟁점토지 포함)에 대한 ‘적법하고 유효한 소유권’을 이 건 c에게 이전하여야 한다(쟁점매매계약서 제6조, 제7조).

2) 청구법인은 OOO 이 건 c로부터 OOO토지에 대한 지체상금 OOO원과 함께 OOO토지 매각대금 잔금을 수령하는 것과 동시에, 이 건 c에게 OOO토지에 대하여 제한 없는 적법하고 유효하며 완전한 소유권을 이전하였다.

3) 청구법인은 OOO토지를 양도한 후 쟁점선매매계약에 따라 쟁점ㅇㅇ권과 업무시설을 취득하면서, 취득가액을 쟁점ㅇㅇ권과 건물분으로 안분하여 쟁점ㅇㅇ권에 대해서는 계산서를