세무조사를 이미 받았는데 또 조사할 수 있나요? 예외 사유는?

결론 — 재조사 금지의 예외는 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호~제7호에 6가지가 열거되어 있고, 제7호의 위임을 받은 같은 법 시행령 제63조의2가 4가지를 추가로 정하고 있어 총 10가지입니다. 다만 판례는 이 예외사유를 엄격히 제한 해석합니다.

근거

1. •법률상 예외 (국세기본법 제81조의4 제2항)

• •제1호: 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
• •제2호: 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
• •제3호: 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
• •제4호: 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항·제80조의2 준용 포함) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사하는 경우 — 결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정
• •제5호: 납세자가 세무공무원에게 직무 관련 금품을 제공하거나 알선한 경우
• •제6호: 제81조의11 제3항에 따른 부분조사 실시 후 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우
• •제7호: 제1호~제6호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

1. •시행령상 예외 (국세기본법 시행령 제63조의2)

• •제1호: 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란을 통한 세금탈루 혐의자에 대한 일제조사
• •제2호: 과세관청 외의 기관이 직무상 작성·취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위한 조사
• •제3호: 국세환급금 결정을 위한 확인조사
• •제4호: 조세범 처벌절차법 제2조 제1호의 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(다만 조세범칙조사심의위원회가 혐의 없다고 의결한 자료는 명백한 자료로 보지 않음)

1. •해석 법리

• •'명백한 자료'는 "조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우"로 엄격히 제한되어야 합니다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결, 인용).
• •예외 해당 여부는 실제로 자주 부정됩니다. 대법원 2023두38998(2025. 12. 4. 선고)은 제1호·국세기본법 시행령 제63조의2 각 호 주장을 모두 배척하고 위법한 재조사로 판단했습니다.
• •반대로 경찰 수사로 관련자 진술·녹취록·수기장부 등 증거가 확보되어 고발의뢰된 사안에서는 제1호 예외가 인정되었습니다.
• •예규도 명백한 탈세제보자료가 있으면 재조사가 가능하다고 회신했습니다(징세46101-111, 1999.1.12.). 과세전적부심사 청구 중이더라도 예외사유에 해당하면 재조사 가능(징세46101-777, 2000.5.27.).

유의

• •부분조사 후 재조사(제6호)의 범위: 판례는 특정 항목만 조사한 경우에도 같은 세목·과세기간을 다시 조사하면 원칙적으로 금지되는 재조사로 보고, 다른 세목·과세기간 조사 중 범위확대로 부득이 부분조사가 된 경우처럼 "당초 모든 항목 조사가 무리였다는 특별한 사정"이 있을 때만 허용합니다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206). 전부조사로 통지했다면 실제 일부만 조사했어도 전부조사로 보아야 한다는 심판 논지도 있습니다. 현행 제6호는 2018. 1. 1. 시행이며, 국세기본법(법률 제15220호) 부칙 제7조에 따라 시행 이후 개시하는 세무조사부터 적용됩니다.
• •재조사 결정에 따른 조사(제4호)는 결정서 주문 범위로 한정되며(2017. 1. 1. 시행, 시행 이후 결정하는 분부터 적용 — 국세기본법(법률 제14382호) 부칙 제4조 제2항), 금품제공(제5호)은 2016. 1. 1. 시행 후 금품제공·알선분부터 적용됩니다(국세기본법(법률 제13552호) 부칙 제3조).
• •애초에 '중복'이 아닌 경우: 세목·과세기간이 다르면 중복조사 자체가 아닙니다(서울고등법원 2024누33978). 자금출처조사와 개인통합조사는 목적·세목이 달라 중복이 아니라고 본 사례도 있습니다(서울고등법원 2024누42590). 또한 부과처분 목적의 직접 접촉·장부검사에 이르지 않는 단순 소명요구·업무감사는 중복조사 금지 대상 세무조사로 보지 않습니다(서울행정법원 2017구합65456 인용).
• •위 조문 인용은 제공된 현행 조문 기준이며, 세부 개정 여부는 법제처 원문으로 최종 확인을 권합니다.

관련 쟁점

• •위법한 재조사에 기한 부과처분의 효력 — 취소사유 인정 범위와 불복 시 주장 구성(참조)
• •세무조사 범위 확대 절차(제81조의9) 위반과 재조사 위법의 구별
• •조세범칙조사로의 전환 시 국세기본법 시행령 제63조의2 제4호 단서(조세범칙조사심의위원회 의결) 검토