법인 보유 주택 종부세는 왜 최고세율인가요? 예외는 없나요?

2026.08.12. 기준 답변입니다. 이후 개정이 있었을 수 있습니다.

질문

법인이 보유한 주택에 대해서는 종부세 기본공제를 적용하지 않고 최고세율을 단일 적용한다고 알고 있는데, 이 규정이 현재도 그대로 유지되는지, 예외로 인정되는 법인 보유주택이 있는지 알려주세요.

결론

법인이 보유한 주택에 대한 종합부동산세는 현행법상 기본공제가 0원이며, 2주택 이하 2.7%, 3주택 이상 **5.0%**의 단일세율이 적용되고 세부담상한도 적용되지 않습니다. 다만, 공공주택사업자·민간건설임대사업자·주택조합·정비사업 시행자·종중 등 종합부동산세법 시행령 제4조의4에서 정한 법인은 예외적으로 개인과 동일한 누진세율(0.5%~2.7%)을 적용받습니다.

근거

  • 종합부동산세법 제8조 제1항 제2호: 제9조 제2항 제3호의 세율(단일세율)이 적용되는 법인은 기본공제액을 0원으로 규정하고 있습니다. 개인의 9억원(일반) 또는 12억원(1세대 1주택자) 공제는 적용되지 않습니다.

  • 종합부동산세법 제9조 제2항: 법인의 주택분 종부세율을 다음과 같이 구분합니다.

  • 제1호: 공익법인등이 직접 공익목적사업에 사용하는 주택만 보유한 경우 및 시행령으로 정하는 경우 → 제1항의 누진세율(0.5%~2.7%) 적용

  • 제2호: 제1호 외의 공익법인등 → 제1항의 누진세율 적용

  • 제3호: 그 외 법인 → 2주택 이하 1천분의 27(2.7%), 3주택 이상 1천분의 50(5.0%) 단일세율 적용

  • 종합부동산세법 시행령 제4조의4 제1항: 제9조 제2항 제1호의 "대통령령으로 정하는 경우"에 해당하여 누진세율을 적용받는 예외 법인을 열거하고 있습니다.

  • 공공주택사업자(「공공주택 특별법」 제4조 제1항 각 호)

  • 「주택법」상 주택조합

  • 「도시 및 주거환경정비법」 등에 따른 정비사업 시행자

  • 민간건설임대주택을 2호 이상 보유한 임대사업자(일정 요건 충족 시)

  • 도시개발법·도시재정비법상 임대주택 건설의무 사업시행자(일정 요건 충족 시)

  • 사회적기업·사회적협동조합(일정 요건 충족 시)

  • 종중

  • 종합부동산세법 제10조 단서: 제9조 제2항 제3호의 단일세율이 적용되는 법인은 세부담상한(직전년도 총세액상당액의 150%)이 적용되지 않습니다.

유의

  • 위 예외 법인에 해당하더라도 보유 주택 중 공익목적·임대용 등 요건을 충족하지 않는 주택이 있다면 해당 부분은 단일세율 적용 대상이 될 수 있으므로, 보유 주택의 용도별 구분이 필요합니다.
  • 공정시장가액비율은 법인도 개인과 동일하게 **60%**가 적용됩니다(종합부동산세법 시행령 제2조의4).
  • 법인에는 1세대 1주택자에 대한 고령자 공제(최대 40%) 및 장기보유 공제(최대 50%)가 적용되지 않습니다.

관련 쟁점

  • 법인이 보유한 주택을 양도할 때 법인세 외에 추가로 부담하는 종합부동산세 상당액이 손금산입 가능한지(법인세법상 손금 여부)
  • 예외 법인 중 민간건설임대사업자 요건(임대주택 2호 이상 및 그 외 주택 보유 제한)의 구체적 충족 여부 판단
  • 법인의 주택 보유 수 계산 시 합산배제 대상(기숙사·미분양주택 등, 종합부동산세법 제8조 제2항) 해당 여부 검토

참고용입니다. 개별 사안·특례·기한 연장은 법령 원문과 세무사 확인이 필요합니다.

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